Tag Archive 浅宏基因组 微生物 技术

微生物浅宏基因组科研测序服务

产品介绍

宏基因组测序方案是针对16s分辨率和宏基因组高成本之间的一个折中方案，通过降低测序深度，每个样本100万reads左右，但是物种的分辨率并没有一般宏基因组（普遍5~10G数据量）差很多。 不通过拼接组装，直接基于kraken2等kmer，或MetaPhlAn2等标记基因的参考基因组方法进行种属丰度分类。结合其到菌株的物种分类和丰度数据可较16s方案下的PICRUST更加准确的预测基因构成。

产品特点

比较适合想要获得更全和更精细分类精度而同时不需要获得完整基因组序列和重建菌群基因的，浅宏基因组测序就可以成为很好的选择，其成本低，分析简便快速，同样能获得宏基因组的基本丰度数据。

适用范围

不过浅宏基因组也有其适用范围，根据样品类型的不同，一些样品可能包含 >99％的人类宿主DNA，这不仅增加了序列成本，而且给测量带来了不确定性。
在许多研究中也会采取在进行宏基因组测序文库的准备之前去除宿主DNA的方法。但是，在去除宿主DNA后，可能没有足够的微生物基因组DNA用于宏基因组测序，这通常需要最少50ng的输入。

浅宏基因组较适合于宿主DNA含量较低的样本如：人类粪便、水体、土壤等；

不太适合：口腔唾液、肺泡灌洗液、血液等人体体液类样本。

我们可以免费提供针对粪便及环境样本助力临床/科研取样。
人体口腔、痰液、腹水、脑脊液、尿液、皮肤、阴道分泌物等高寄主细胞含量样本可根据我们的处理方案简单处理后大幅降低宿主DNA比例。

参数介绍

测序平台：Illumina Novaseq，PE150，默认：100万reads/样

2-3周左右出报告

报告内容

测序深度分析

当测序深度达到50万reads以上，浅宏基因组与深度测序宏基因组在主要物种构成的丰度已经基本一致。如下图所示：

谷禾优势

样本需求量低：公司研发实现了低当量微生物样本提取和建库，保证提取丰度以及片段完整性同时，样本量需求低于同行其他公司要求；对于样本获取困难的样本，也可以选择微量建库，样本量可低至10ng。

免费取样盒和针对性取样建议：粪便及环境样本提供取样盒助力临床/科研取样，人体口腔、痰液、腹水、脑脊液、尿液、皮肤等高寄主细胞含量样本可根据我们的处理方案简单处理后大幅降低宿主DNA比例。

 严格标准的实验流程：自动化样品处理平台辅助，每轮设置阳性对照，上轮检测样本对照，阴性对照。评估污染，轮次比对，最大化减少误差，保证样本重复性和稳定性

Illumina测序平台：宏基因组测序（PE150）采用先进的Illumina Novaseq测序平台，快速、高效地读取高质量的测序数据、结合样品特点和数据的产出，充分挖掘环境样品中的微生物菌群和功能基因

大数据分析流程质量流程控制严格：优化的数据质量控制，包括过滤比对质量低、非特异性扩增、覆盖度低、低复杂度的序列，从而快速准确获得样本中微生物信息及其丰度信息，最大化提高质量数据

分析内容丰富全面：物种分析，基因预测与分析，多样性和相似性分析，功能分析，网路互作分析，代谢网络，关联分析等

完整详细的报告：提供质检实验报告，分析统计报告，分析报告解读，原始数据

 高效个性化服务：在线项目系统方便您及时查看项目动态和下载报告以及与分析人员高效交流，免费支持个性化图表修改以及重新分组出报告。

 价格低，周期快：包括提取，测序到分析，最快2周出报告。

大数据分析团队和多中心大项目分析经验（团队主要源自浙江大学，包括生物信息学，计算机，微生物以及统计分析等专业，积累了多年的大健康项目多中心项目分析经验，有助于多样本，多表型，多组学联合分析

若需要进一步了解咨询，可以致电联系我们

科研路漫漫，谷禾与您常相伴！