科研16s/ITS测序分析服务

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下载科研16s测序分析示例报告2019版

针对肠道菌群研究,谷禾进行了一系列的研发和优化,为菌群研究人员提供全套的技术服务。

目前,与谷禾合作的老师们已在各自研究的领域不断发表文章。下面挑选近期几篇文章和大家分享,涵盖了水体,小鼠,土壤多个领域。

最近合作发表文章示例展示:

水体样本


01 研究背景

迅速的工业化、城市化和人口增长导致河流污染和水生生态系统的退化。几十年来,许多研究评估了水生生态系统的健康状况,并监测和恢复了河流和湖泊的功能。然而传统的生物指示物种,例如无脊椎动物和硅藻,在严重污染的河流中面临更高的灭绝风险。因此,需要新的敏感和可靠的指标来识别和监测污染严重的河流,如黑臭河的变化。

02 主要图表

03 主要结论

研究揭示了不同污染水平的城市河流细菌群落的多样性、组成、共生模式和功能的变化。不同黑臭水平的细菌群落组成和共生关系明显不同,但细菌群落多样性的变化在黑臭水平上没有明显差异。此外,在严重污染的河流中,细菌群落功能受到抑制。与能量代谢以及异生物降解和代谢相关的基因丰度显著降低。

二 小鼠肠道样本

01 研究背景

抑郁症是一种精神疾病,导致显著和持续的情绪和兴趣下降。不健康的饮食或生活方式会导致抑郁。抑郁症的发病率逐年上升,预计到2020年将成为仅次于心脏病的第二大人类疾病。研究发现抑郁症患者表现为脑、内分泌、免疫和肠脑功能异常,脑-肠轴向功能障碍可能是抑郁症的主要病理机制。越来越多的证据表明,膳食补充益生菌可改善重度抑郁症患者或面临社会压力的人的压力引起的抑郁和抑郁行为或情绪。

02 主要图表

03 主要结论

结果表明马乳酒样乳杆菌ZW3可以通过调节色氨酸代谢紊乱,保护下丘脑-垂体-肾上腺轴,抑制由慢性轻度不可预见性应激引起的炎症,从而改善抑郁症。此外,饲料中添加马乳酒样乳杆菌ZW3可使慢性轻度不可预见性应激抑郁小鼠肠道微生物区系更加平衡。ZW3增加了小鼠粪便中的抗炎和抗应激微生物丰度,如放线菌、拟杆菌、毛螺菌科、红蝽菌科、双歧杆菌科和阿克曼氏菌等,降低了与疾病和应激呈正相关的微生物,如小鼠粪便中的变形菌。

三 土壤样本

01 研究背景

多环芳烃(PAHs)是广泛存在于土壤中一类持久性有机污染物,具有毒性、致突变性和致癌性,可通过食物链进行生物积累,威胁人类健康。

表面活性剂强化植物修复技术(SEPR)是一种高效、经济的有机污染土壤修复技术。植物促进微生物降解是去除污染土壤中多环芳烃的主要贡献。PAHs的去除是由于污染土壤中微生物群落组成改变和PAHs降解微生物数量的增加所致。此外,微生物群落中PAHs的降解是土壤中PAHs消散的主要因素。因此,有必要研究土壤中残留多环芳烃的生物可利用部分和其它组分,以便更好的了解污染土壤中多环芳烃组分的动态变化。

02 主要图表

03 主要结论

1∶1的混合比例SDBS-Tween 80表面活性剂增强了菲和芘的修复。DHO活性分析表明,DHO是一种重要的酶,生物有效分数的变化是菲和芘消散的主要指标。混合表面活性剂促进多环芳烃从结合态、残余组分向生物有效组分的转化。此外,混合表面活性剂增加了多环芳烃降解细菌和降解相关基因的丰度,从而促进了多环芳烃的生物有效组分的降解。

以上几篇文章从建库、测序到分析均由谷禾提供完整的技术服务。

合作服务整体流程如下:

部分分析内容一览表 :

点击以下链接下载查看示例报告

http://www.guhejk.com/scireport20190606.pdf

写文章神器-谷禾学术搜索

随着高通量数据分析数据的大量产生

生物信息数据库及系统生物学已越来越重要

大量的数据库和网络服务

又使得使用者面临被数据淹没的危险

如何有效的组织和利用这些信息

也成为生物信息研究的重点

为了构建一个统一的生物信息框架

来有效的统一和组织以及

分析这些不同来源、类型的数据和信息

谷禾对生物信息的数据结构和信息构成进行了基础的分析

并对海量生命科学概念构建统一的本体库

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命名为谷禾学术搜索
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主要以生命科学医学为主的

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搜索栏中可以搜索中文关键词

自动转化成对应的英文关键词

功能如下:

搜索界面首页如下:

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例如:在搜索框内输入关键词“microbiome”,可以看到能搜出来19121篇文章,只用时0.043秒。点击文章标题可以查看全文,关联Sci-hub可以下载PDF全文

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例如:在搜索框输入“DNA extraction”可以直接搜到关键词的相关句子,搜出来的结果关联度很高而非一般搜索引擎那样出现一大堆无用信息

  指定区域搜索如下:

例如,在搜索“DNA extraction”的时候,我们在后面的第一个下拉菜单选择 “Methods”(方法),第二个下拉菜单选择 “Middle sentence”(中句),那么它只会在方法部分出现该关键词的文章中搜索,同时只搜中句。我们可以看到除了指定搜索内容,还可以指定搜索的句子长短

  支持中文搜索:

有时候突然单词不会拼了,或者不知道该用哪个词的时候,这种情况应该遇到过吧?没关系,别急着找翻译软件,试试直接在搜索框内输入中文,例如 “小鼠 粪便”,我们可以看到同样能搜到英文文献

按作者检索展示如下:

有时候看到一篇文献觉得很精彩,于是想找该作者的其他研究成果,这里又可以用到谷禾学术搜索啦,先从句子版切换到完整版(Normal version)。例如,在Authors前面的框内输入“Yigong Shi”,该作者相关的88篇文献就全搜出来啦!

按单位检索展示如下:

例如,在“Authors affiliation”输入“Zhejiang University”,相关文章 61683 篇文章就都搜出来啦。

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数据库:

文献范围包括生命科学,医学,环境科学等,内容包括摘要2600万,全文650万,句子2.4亿,最后更新时间为 2019-5-6

谷禾的优势

一体化服务

我们在高通量测序行业服务长达7年,无论是科研设计的思路,实验技术支持还是数据分析甚至整个流程的把控都有了非常丰富的经验。

专门面向肠道菌群相关科研实验的完整肠道菌群检测方案

专注于解决肠道菌群实际研究中的各种问题并进行全方位针对性优化。

为研究者提供从项目系统、取样、DNA提取、质控、扩增、测序、科研数据分析、肠道菌群参考数据集、人工智能模型分析并给出全面的科研分析报告。

取样便捷稳定

取样:检测方案为客户提供肠道菌群专用取样盒,没有经过训练的普通人也可以完成稳定可靠的取样。稳定可靠的保存液可在室温下有效完整保存样品DNA至少60天。

GIF

简便的样品取样,助力肠道菌群研究

稳定存储样品,提供常温运输能力

运输条件:全程常温运输

取样管内稳定液经过海量样本测试,并通过大量样本的极端条件重复测试。测试结果表明君验的样品保存可在常温下有效保存超过1个月,4度保存6个月以上。

专利提取技术

实验过程用到严格的提取,建库技术(包括发明专利提取技术、高保真酶、循环数控制、空白和对照试验、独立barcode控制数据切分、凝胶电泳+荧光定量双重质检)。
DNA提取:用户仅需将取样管通过普通快递寄回,实验室按照严格测试和优化的粪便DNA提取试剂盒进行DNA提取。

质控:因粪便样品易受环境因素和污染干扰,实验室对每一批次样品设置空白和阳性对照,从提取过程到扩增完成均进行全面对照质控。

扩增:经过多年数万例样本的测试,君验将PCR扩增循环数控制在24个循环之内,尽最大可能减少偏差。

测序平台和技术

测序:使用Illumina高通量测序平台,提供高达10万reads的高质量测序,提供达远超饱和的测序深度

Illumina Hiseq / Novaseq 高通量测序

2*150 bp

Q30 质量大于93%

平均10万reads,最低5万reads

肠道菌群样本70%到种

致病菌95%特异性

扩增引物

V4区:

515F:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA

806R:GGACTACHVGGGTWTCTAAT

V3-V4区:

341F5′ -ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3′

806R5′ -GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′

注:一般情况下默认是测V4区,如果特殊要求测V3-V4区也可以做,周期会相应延长至一个月。

数据分析全覆盖

科研数据分析:提供完整全面的16s菌群分析流程和图表内容,基因功能和代谢途径预测以及个性化图表和自助分析平台帮助。

肠道菌群参考数据集:近20万例肠道菌群样本数据针对性构建的肠道菌群参考数据库远超Greengene或SILVA的覆盖度,提供史无前例的分辨精度。

人工智能分析模型:肠道菌群的复杂程度以及不同样品之间的巨大差异已无法使用简单的统计模型来解析,专业的人工智能专家对数万例样本和40多种疾病深度模型分析之后的结晶,精细化区分各种环境及影响因素的干扰,数量化评估每个特征的贡献。

报告图表部分展示:

以上所有包括前面文章中的图表都可以做,包括在科研服务内,不额外收费,另详细内容可见示例报告

业内优势的价格

 低至 150 元 / 样

在线系统沟通和下载报告非常方便

项目系统:检测方案将为每一位合作者建立项目系统,全程了解样品和项目情况,并可直接与相应人员沟通。

项目进度管理系统为项目提供从项目需求到样品接收以及实验过程和测序分析、售后全程管理和人员责任。 
不用担心测完之后的售后问题,项目系统是永久登录的。售后全部都是服务到发文章为止~

附件1 16s多样性测序分析材料方法 V4区 MATERIALS AND METHODS 20180413

2 comments so far

卢老师Posted on10:20 上午 - 7月 26, 2018

请问西安有代理或业务员吗?

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