收样安排
春节前实验室的收样时间截止1月31日，客户的样本必须在12月29日前送到实验室会安排节前上机。春节期间2月1日至2月10日实验室无法收样。
报告交付
1月23到29日收到样本交付期限为节后2月12日；
原定2月5号出具报告的样本报告将延后于2月12号出具。
2019年春节期间样本接收及报告交付安排
杭州谷禾信息技术有限公司
2019年1月14日
收样安排
元旦期间实验室的收样时间截止12月29日，客户的样本必须在12月29日前送到实验室。元旦期间12月30日至1月1日实验室无法收样。
报告交付
如收到样本交付期限落在元旦期间或样本收到的时间内含元旦假日，将根据放假的时间自然顺延，具体交付时间再沟通确认；
原定1月1-2号出具报告的样本报告将延后于1月3号出具。
2019年元旦期间样本接收及报告交付安排
谷禾健康
收样安排
国庆期间实验室的收样时间为 9 月 30 日，客户的样本必须在 9 月 30 日前送到实验室。国庆期间 10 月 1 日至 10 月 7 日实验室无法收样。
报告交付
如收到样本交付期限落在国庆期间或样本收到的时间内含国庆假日 7 天，将根据放假的时间自然顺延，具体交付时间再沟通确认；
原定 10 月 2-3 号出具报告的样本将在国庆期间完成检测上机，报告将延后于 10 月 9 号出具。
V20181010
修正苹果手机使用微信浏览器查看提示信息无法点开的问题
开始启用v3.3疾病预测模型，疾病之间干扰会更加少
修正认知障碍风险提示总览与详情部分分值不一致问题
V20180913
修正疾病总分计算中对于年龄的识别错误，原来部分低年龄段样本由于年龄识别判断bug会因为不符合年龄段的疾病风险导致疾病分值偏低。
修正后部分样本的疾病分值会提高，相应的健康总分也会更新。请以修正后的分值为准。
V20180808:
打印版增加个体食物推荐列表
雌激素水平评估修正完善
v20180801:
在线版更新
修正说明？点击不消失问题
修正侧边菜单栏窗口尺寸变化异常问题
加强报告主菜单栏阴影，便于快速识别
修正儿童总分计算偏低问题
修正管理版后台不同报告版本跳转问题，正确识别菌群版
v20180725：
打印版更新
修正建议文字清晰度
修正指标范围清晰度
在线版更新
增加40岁以上绝经女性非卵巢雌激素水平评估指标
更新健康人群队列数量，增加0~7岁健康儿童参照人群数量
v20180718：
更新在线绑定页面，减少问题填写
v20180714：
打印版更新
重新设计版式，全面更新以页面模式展示
增加厚壁菌、拟杆菌比例
增加香浓指数和菌种数量
更新疾病风险分值分布图，以实际验证人群检验模型和风险分值分布
在线版更新
以分栏式页面展示不同内容
新增分项健康评估分值
使用v20180710疾病模型，大幅增加结直肠癌、肝病等人群数量，部分疾病检出率大幅上升，总体分值相对统一
v20180615：
在线版更新
增加菌群详情部分，在页面中给出具体门、纲、目、科、属、种对应注释具体菌及丰度
修正部分文案错误
去除血清素缺乏建议中的药物建议
v20180610：
在线版更新
重新增加抗生素抗性中beta-内酰胺类药物的抗生素抗性风险评估
v20180510：
在线版更新
胃病调整，增加检测模型敏感度，增加胃癌样本
新增菌群检测版本，仅提供菌群信息
v20180420：
疾病模型更新，部分疾病使用深度神经网络模型，使用7万例样本进行基础网络构建。迁移学习提升少样本疾病预测可靠性。
v20180310：
在线版更新
增加个体化食物推荐
增加自闭症疾病风险评估
v20180114：
菌群注释大幅增加人体致病病原菌增加至340种，并全部注释到种，已去除25种分辨精度不足的菌
v20171210：
增加菌群详情，提供完整的菌群构成丰度和菌注释
v20171116：
更新疾病预测模型，提高疾病检出率，增加疾病风险预防提示，将潜在风险人群分值提升至0.3~0.5区段
v20170730：
更新疾病预测模型，使用新的机器学习方法，减少疾病之间相互干扰
v20170503：
暂时下线肥胖、慢性疲劳综合征以及季节性过敏和骨质疏松，因样本数量尚不足以使模型获得稳定预测，转入alpha测试阶段
调整肝病风险，精细化预测乙肝、肝功能异常、肝癌
增加营养部分，加入各种氨基酸、加入维生素A、B族维生素、D
v20170415：
君验专业版上线
完整提供菌群构成、疾病风险和营养构成三大模块
在线版更新
重新排版并增加说明和背景知识
增加疾病风险评估的准确度及人群分布图
v20161013：
增加血清素代谢及睡眠质量
增加人群分布，扩增为2.4万人
v20160715：
疾病增加胃病、肾病、肝病、胆病、心脑血管疾病、抑郁症、老年痴呆
v20160322：
增加疾病风险评估
首批疾病包括：IBS、IBD、结直肠癌、II型糖尿病以及自体免疫疾病
肥胖、慢性疲劳综合征以及季节性过敏
另外初步测试骨质疏松
v20151005：
增加代谢和6种营养成分分析内容
增加抗生素抗性评估内容
v20150712：
首个正式在线评估版上线
提供菌群多样性及菌群失调
健康人群分布
具体菌群情况
v20150510：
首批1万例临床病理样本检测完毕，疾病模型及人群菌群分布初步构建完成。
谷禾是中国乃至全球领先的肠道菌群和精准健康检测公司，专注于肠道菌群检测及其在健康临床领域的实际应用。
肠道菌群复杂多样，与众多环境及疾病因素息息相关，解析肠道菌群与健康的关系需要针对大量不同人群、环境和条件下的菌群样本及研究。为推动肠道菌群的健康及临床应用，谷禾基于自身检测和数据分析优势设立开放基金，希望联合来自各个领域和方向的研究人员以及合作者，帮助完成大样本队列的实验和检测以及后续的深度分析。最终早日实现肠道菌群在现实生活和临床应用中的落地。
基于上述目的和定位，支持方向为人体肠道菌群研究，具有实际临床意义或健康检测价值的实验设计或设想。不仅限于科研人员，也面向公众、团体和机构。
方向可以包括：传染病、肿瘤、慢性病、药物、营养或发育等，并不仅限于疾病或诊疗，也可包括饮食、生活方式、生长发育或认知心理等方向。
注意：本基金仅支持人体肠道菌群研究，且研究目标为实际应用导向。
基金为长期开放，随时申请，申请通过后签订项目合同，并随时公布入选项目清单，并会同时定期公布项目进展情况。
项目会分三个阶段，根据项目进展情况逐步推进，由谷禾专家团队评议是否进入下一个阶段。
基金不直接提供资金，谷禾会免费提供包括：
另外根据样本采集和招募需要，谷禾可提供在线信息登记和为样品提供参与者提供菌群检测报告。
三个阶段分别是：
第一阶段为100例探索阶段
第二阶段为300~500例大样本验证阶段
第三阶段为500~1000例临床或实际应用阶段
随时申报，申请书递交后1周内回复，项目是否支持由谷禾专家团队评议。
每个课题根据不同阶段，研究年限为1~3年。
开放课题申请书可通过下方链接在线申请填写。
申请关键需要明确研究目标，必须具备实际临床或检测应用价值。
申请人需要明确说明具备的研究条件，包括人群队列召集或样本获取途径，样本收集周期等，另外已有部分样本或数据的研究优先支持。
有下列情况之一者不予受理：
（一）申请书填写不合要求；
（二）不符合资助范围；
（三）申报材料不齐全；
（四）申报材料填写不真实。
本开放基金所涉及具体研究方案、样本原始数据、发表论文知识产权均归申请人所有，谷禾仅对样本数据具有使用权。
谷禾不要求论文署名，仅要求相关研究发表论文中注有致谢。
所有研究样本及样本贡献人员个人信息均需脱敏。
1、申请人通过在线提交申请书
2、谷禾专家委员会审议，通过则签署开放基金项目合同书
3、签署合同书后1周内谷禾发放第一批50例取样盒，申请人在3个月内完成先期测试和实验
4、发放第二批50例取样盒，申请人在3个月内完成第一阶段取样和调查
5、如申请人申请进一步开展第二阶段，谷禾专家委员会在2周内完成第一阶段数据的评估，确定第二阶段研究规模并发放一半的取样盒
6、申请人在4个月内完成该批次的测试和实验研究，发放剩余取样盒，第三阶段依次类推，阶段周期延长为6个月。
项目实施过程中，申请人须符合伦理原则，严格遵照伦理审查规范。
项目进行期间调整或更换课题申请者必须经谷禾批准。
项目启动后，申请人有责任和义务建立完整的数据和课题档案，包括课题执行中的各类报表、各种原始实验记录、图表、数据、光谱原件及论文，并在课题结束后整理齐全交谷禾归档保存。
项目实施过程中，申请人须在项目阶段周期内开展研究和课题，无正当理由逾期或无进展者，谷禾将停止资助。
基金支持不得用于与申报课题无关的方向，如不严格执行谷禾可拒绝提供的技术和服务支持。
项目名称 |
申请人 |
单位 |
项目阶段 |
启动日期 |
肠道菌群特征用于心梗及脑梗风险监测 |
何煜舟 |
浙江省中医院 |
第三阶段 |
20170513 |
轮状病毒与诺如病毒感染腹泻儿童肠道菌群改变差异研究 |
谢晓丽 |
成都妇女儿童中心医院 |
第一阶段 |
20180328 |
HP根除成功与否儿童治疗前肠道菌群特征差异 |
谢晓丽 |
成都妇女儿童中心医院 |
第一阶段 |
20180325 |
儿童食物过敏性慢性腹泻肠道菌群特征调查 |
谢晓丽 |
成都妇女儿童中心医院 |
第二阶段 |
20180403 |
胃癌患者肠道菌群特征及与结直肠癌患者差异 |
沈健 |
浙江省人民医院 |
第一阶段 |
20180428 |
皖南地区胃癌、结肠癌肠道菌群特征研究 |
徐振宇 |
皖南医学院弋矶山医院 |
第一阶段 |
20180518 |
多组学整合分析肠道菌群在妊娠糖尿病及合并症患者发病中的作用 |
孙嘉 |
江南大学食品学院 |
第二阶段 |
20180525 |
便秘，肥胖以及糖尿病人群复合特征菌群 |
樊沅峰 |
中国康纳斯 |
第一阶段 |
20180718 |
人牙囊原虫感染对儿童肠道菌群的影响 |
田利光 |
中国疾病防控中心 |
第一阶段 |
20180803 |
直肠癌局部肠道菌群的培养组学及基因组学研究 |
左志贵 |
温州医科大学结直肠癌临床研究中心 |
第一阶段 |
20180818 |
君验肠道菌群健康检测是面向全年龄段人群检测人体肠道菌群构成和健康状态的专业检测服务。
使用新一代高通量基因测序技术，提供精确全面的肠道菌群构成分析。
该版本为消费者提供了便捷精准的探索自身肠道菌群的方式，背后是谷禾多年技术研发和专业肠道菌群检测的支持。
健康评估总分
肠道年龄评估（将上线）
肠道菌群检测
肠道菌群平衡指数、菌群多样性指数
有害菌、有益菌丰度
超过7万5千种肠道菌群丰度
与疾病相关菌异常检测
致病菌检测：艰难梭菌、沙门氏菌、志贺氏菌、弯曲杆菌
检测技术：高通量基因测序
检测样品：粪便
检测基因：16S rDNA
技术平台：Illumina Hiseq
测序深度：5千
有效期：2年
检测周期：2周
肠道菌群种类数量从200~2000种，个体差异巨大
粪便取样简单无创，棉签变色即可
在家就可取样，无需前往医院，手机电脑查看或打印报告
高通量基因测序技术精确检测肠道菌群
致病菌涵盖：艰难梭菌、沙门氏菌、志贺氏菌、弯曲杆菌
16万例人体肠道菌群样本数据库，可精确到种
谷禾提供菌群16s/ITS扩增子的测序和分析科研服务
针对肠道菌群研究，谷禾进行了一系列的研发和优化，为菌群研究人员提供全套的技术服务。
君验科研肠道菌群检测是2017年杭州谷禾信息技术有限公司正式推出，专门面向肠道菌群相关科研实验的完整肠道菌群检测方案。
专注于解决肠道菌群实际研究中的各种问题并进行全方位针对性优化。
为研究者提供从项目系统、取样、DNA提取、质控、扩增、测序、科研数据分析、肠道菌群参考数据集、人工智能模型分析并给出全面的科研分析报告。
我们提供：
项目系统：检测方案将为每一位合作者建立项目系统，全程了解样品和项目情况，并可直接与相应人员沟通。
项目进度管理系统为项目提供从项目需求到样品接收以及实验过程和测序分析、售后全程管理和人员责任。
取样：检测方案为客户提供肠道菌群专用取样盒，没有经过训练的普通人也可以完成稳定可靠的取样。稳定可靠的保存液可在室温下有效完整保存样品DNA至少60天。
简便的样品取样，助力肠道菌群研究
稳定存储样品，提供常温运输能力
DNA提取：用户仅需将取样管通过普通快递寄回，实验室按照严格测试和优化的粪便DNA提取试剂盒进行DNA提取。
质控：因粪便样品易受环境因素和污染干扰，实验室对每一批次样品设置空白和阳性对照，从提取过程到扩增完成均进行全面对照质控。
扩增：经过多年数万例样本的测试，君验将PCR扩增循环数控制在24个循环之内，尽最大可能减少偏差。
测序：使用Illumina高通量测序平台，提供高达10万reads的高质量测序，提供达远超饱和的测序深度。
科研数据分析：提供完整全面的16s菌群分析流程和图表内容，基因功能和代谢途径预测以及个性化图表和自助分析平台帮助。
肠道菌群参考数据集：16万例肠道菌群样本数据针对性构建的肠道菌群参考数据库远超Greengene或SILVA的覆盖度，目前世界最完整的专业人肠道菌群参考数据库，提供史无前例的分辨精度。
人工智能分析模型：肠道菌群的复杂程度以及不同样品之间的巨大差异已无法使用简单的统计模型来解析，专业的人工智能专家对数万例样本和40多种疾病深度模型分析之后的结晶，精细化区分各种环境及影响因素的干扰，数量化评估每个特征的贡献。
附件1 16s多样性测序分析材料方法 V4区 MATERIALS AND METHODS 20180413
谷禾精准健康检测报告包含三个主要部分：肠道菌群、疾病风险、营养饮食
下面我们来详细解释报告是如何生成以及背后的技术和原理，以及如何解读报告。
我们首先使用24317例核心人群的肠道菌群基因测序数据构建了核心参考数据集，包括：
并对这些菌的特征序列进行详细物种注释。
这为我们对肠道菌群的构成和致病菌的检测奠定了基础，相较于目前的Greengene和SILVA132数据库的85%水平，我们的肠道菌群数据库涵盖了超过98%的人体肠道菌群。
基于这一标准化菌群特征参考数据集，我们进一步收集样本，并构建了如下样本人群队列
谷禾对全部样本和来自临床的病例进行了数据清洗和整理，并通过深度特征工程结合已有的基因组、药物、代谢等信息提取和构建深度菌群特征。
对每种疾病、营养指标都采用包括深度学习和基于决策树的人工智能模型进行预测和分析。
为了获得稳定可靠的预测效果，我们在模型构建和样本选择上经过多次迭代更新，针对肠道菌群数据开发了一系列优化方法，最终达到极高的准确度。
精准健康检测报告中首先给出了健康总分，总分100分，越高越好。
分值综合评估了菌群状况、疾病风险以及营养饮食的情况。存在疾病风险、有致病菌检出或饮食营养不合理都会降低健康评分。
健康总分的评价范围为：
>95:最健康
90~95:健康典范
80~90:很健康，针对性改善就好
70~80：健康但请注意生活方式和饮食
60~70：亚健康及营养饮食不合理
50~60：疾病高风险
40~50：疾病急需医疗关注
<40:多项疾病高风险，菌群严重破坏
基因测序是直接对肠道菌群的16s进行测序，因而获得了极为准确和详尽的菌群构成特征。
通过对这些菌群数据的进一步分析，我们对肠道菌群部分给出如下结果：
下图给出了主要的菌群状况评估：
说明：报告中的分值包括两种数值类型，一类是0~100的分值，另一类是0~1的分值。
其中0~100表示的是在人群中的分布水平，比如70表示位于人群70%的水平。
肠道菌群平衡是根据有害菌和有益菌的比例分布确定的。
其中有益菌主要为乳杆菌和双歧杆菌。
有害菌的定义如下：
目前的有害菌包括致病菌和条件致病菌，以及属内主要菌种为致病菌的属。为便于统计，我们在计算的时候统一按照属层级进行计算比例。下表是我们归属于有害菌的属。
另外报告中还会给出详细的主要菌属的丰度和人群分布情况。更加详细的数据表可以点击
下载完整菌群构成表
此外报告专门将常见益生菌和有益菌列出：
根据我们大量人群样本数据的统计和分析，我们从菌的层面提取了和不同疾病相关的菌，并监测其是否超标，超标标准为超出99%的人群或低于1%人群。
然后对每一种疾病分为病人和健康人两组队列，使用机器学习方法提取相关特征，使用深度神经网络进行模型训练，并在新样本人群中进行准确度的检验。
目前我们疾病风险检测部分包括16类主要疾病，根据疾病检测准确度和稳定性，我们将检测疾病的水平分为三个等级：诊断级、预防级和提示级。
最终报告中，疾病风险以0~1的分值出现，并根据分值分为不同的提示级别，见下图：
根据每种病的分值，0~0.3归为低风险，0.3~0.5评估为注意，0.5~0.7为中等风险，超过0.7为高风险。
目前报告中提供的疾病均经过大量病例样本检验并且准确率超过90%，虽然不作为疾病的诊断依据，但是其分值的高低仍然具有很强的指示作用。
如果您某种疾病的风险值低于0.3以下表明菌群状态提示疾病风险较低，不同身体条件和生活方式下会有0.05的波动。
如果您某种疾病的风险值位于0.3~0.5之间我们认为属于病前期阶段，通过饮食调理和相应的注意就可以降低风险。
如果您某种疾病的风险值位于0.5~0.7之间表明您可能患有该疾病或处于疾病风险阶段，我们建议您最好前往医院相关科室进行一下检查，如果不便前往医院也可根据建议先进行饮食调理和相应的注意，一般一个月后再进行一次检测查看疾病风险是否下降到正常范围，如果仍然较高甚至升高建议您最好前往医院复查。
如果您某种疾病的风险值超过0.7表明您有很大可能已患有该疾病，且分值越高表明风险越高。因此我们强烈建议您去医院进行相应检查并听从医生建议。
注意：本检测目前尚不属于医疗诊断，疾病分值作为提示，低分值不代表完全没有疾病，只表示风险较低，也可能存在一定的未检出。高分值只表示存在很大疾病风险，疾病的确诊和精确诊断需要通过进一步的医疗检查确认。
根据谷禾大规模人群饮食和营养元素调查的数据，通过机器学习模型构建基于肠道菌群的营养饮食和微量营养物质的水平评估模型。
报告中量化了包括主要饮食成分、主要氨基酸以及维生素和微量元素的水平。
其中的分值为在人群中的分布水平，代表的是您的单项营养水平位于人群中的位置，一般最佳的营养分值为70左右，过高或过低都可能不均衡。
最佳的营养状况是各项营养水平相对一致，均衡是评判健康的主要标准。
上述营养指标根据我们对人群长达6个月的追踪发现，营养饮食的指标相对稳定，反应的是最近2周左右的一段时间平均的饮食摄入水平。
由于营养物质和微量元素随当日饮食会迅速变化，包括血液指标也会迅速改变，而肠道菌群反应的营养饮食状况受取样前一天的饮食的影响在15~30%左右，所以建议取样前一天尽量保持近期正常的饮食。
而营养指标的根本性改变通常需要改变饮食2周以上会有明显的变动，而维持该水准需要保持2个月以上的饮食习惯。
基于上述检测的营养饮食指标和疾病风险状况，我们结合不同食物的营养成分构成使用机器学习和统计方法计算了每种食物的推荐指数，从-100到+100。
注：低于2岁以下婴儿，本食物推荐表仅做参考，也可作为母乳喂养妈妈的饮食参考。
以上报告版本为2018年3月v0.0.5版，疾病检测模型一般3个月左右会快速更新迭代一次以使用更大样本量来提升检测准确度和检出率。
谷禾菌群测序是通过对细菌的16s v4可变区域进行扩增测序，来对肠道菌群的种属和丰度进行检测。
肠道菌群DNA样本使用德国eppendorf公司的自动化移液工作站完全全自动提取和PCR分液后进行PCR扩增。
再经过凝胶电泳和荧光定量PCR双重质检，最终进入上机基因测序。
严格的质量和扩增管控：
我们的测序平台使用美国Illumina公司的Hiseq测序平台，也是目前世界上最主要的新一代高通量基因测序平台。
下面的视频是美国人类肠道菌群计划使用美国Illumina公司的测序平台进行测序分析的视频，其背后的技术和原理与谷禾相同。
以下是谷禾测序检测的数据参数：
检测技术及方法：
自主粪便肠道菌群取样和提取方法
Illumina Hiseq高通量测序
Q30质量大于93%
平均10万reads，最低5万reads
细菌16sDNA，V4区，引物：F515-R806
70%到种，致病菌95%特异性
最低质检标准1万reads
肠道菌群是由活菌构成的生态群体，如果储存和运输不当菌群结构就会发生变化，进而导致菌群测序不准确。
因此便捷可靠的取样和存储是肠道菌群检测的第一步。
谷禾经过多年肠道菌群检测实践和研发，开发出适用于肠道菌群取样和常温储存的取样管，可以采集并稳定DNA，用于定量肠道菌群组成分析。
下图是取样装置：
整个取样盒包括：无菌棉签、取样管（内含裂解液和稳定液）、回寄袋
每个取样管上均有唯一条码。
主要特征
谷禾取样管的独特特点使得取样变的异常简便，下面是取样演示：
仅需使用棉签从厕纸上沾取粪便，然后洗脱到取样管的保存液中即可，使保存液可见粪便颜色即表示取样量足够。
取样储存管性能
下面来看一下取样管在不同条件下的保存效果，我们使用凝胶电泳来检测不同保存处理条件下提取菌群DNA的状态：
可以看到，使用谷禾保存管的DNA样品即便在存储至60天仍然没有出现明显的DNA降解情况。
配合谷禾肠道菌群取样保存管，适用于提取极低当量菌群DNA。
具备以下特点：
下图可以看到我们使用谷禾提取方法与MoBio试剂盒比较以及重复提取的菌群相关性。另外同时比较了使用谷禾取样管保存不同天数后的提取菌群结果。