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CNAS L23010
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谷禾健康
统计和科学编程已迅速成为科学中的一项必要技能，而这一般都需要用到——R语言。
R语言以其简单易学、免费开源的特性，正在各个领域发挥着越来越重要的作用。
由于其强大的统计计算和数据可视化两大功能，可以说在生信领域， R语言是干活的法宝。
本文分享的是来自一些自学R语言的研究人员认为有用的技巧，希望能为已经上路的R语言的自学者，看不到清晰道路的R语言小白、以及广大想要学习R语言的生物科研人员提供一些帮助。
注意：
这10条技巧并不是提供使用 R 的技术指导，而是提供了构建或磨练 R 编程技能的实用策略。
学习 R 就是学习一门新语言，包括词汇、语法、句法，甚至可能是一种新的思维方式，打开一个新的世界。
可以这样说，学习 R 语言很困难，因为它涉及经常报错，所以这个学习的过程要做好准备，识别这些错误，并最终学习如何修复。
▸不怕犯错，永远没有完美
即使是最有经验的人，仍然会犯错误、忘记函数参数，或转向互联网搜索以刷新他们可能已完成多次的任务。
R 语言的流畅度不是永远不会收到错误消息，而是当你收到错误消息时感觉有能力修复它们（图 1）。当然，有些 bug 的发生并不是因为输入错误的代码，而是因为对函数参数或输出的误解。
虽然避免错误消息是很好的第一步，但确保脚本完成预期任务的最佳方法是：
仔细阅读文档，一次运行一行代码。
学习正确的编程实践的一个好方法是看书。书的一个优点是它们通常代表专家的声音、社区的技能，或两者兼而有之。大多数学习 R 编程的好书都包含代码示例，你可以使用这些示例来提高技能。
▸不管哪本书，都要运行代码示例并检查输出，积极分享
当书本后面没有答案时，开始或加入阅读小组会很有帮助，而且更有趣（后面第八条会讲到加入 R 社区）。与同事一起尝试练习，并利用彼此作为网络来提出问题、比较方法并通过复杂的任务进行集体思考。
教科书解决方案也定期在个人博客或网站上在线共享。在线发布自己的解决方案可以让你能够获得反馈，使整个 R 社区受益（参见第9条）。
▸专业书籍可以成为提升特定领域技能的绝佳资源
R 用户其实很幸运，你们已经拥有大量高质量的已出版书籍作为学习资源，其中包括:
RStudio 网站
( https://www.rstudio.com/resources/books/ ) 上精选的十多种书籍，以及无数其他作者由知识渊博的 R 贡献者提供。
比较推荐的 R 一些书籍包括“R for Data Science”和“Advanced R”，它们通过tidyverse介绍了 R 的现代方法（参见第5条关于风格）。
▸确立目标，按需去学
根据你学习 R 的目的，去看涵盖与你兴趣相符的，更具体主题的书可能会有所帮助。
例如，如果你打算将 R 用于高级统计，可以去看这类书，如《使用 R 的生态学中的混合效应模型和扩展》或《广义相加模型：R 简介》，每个都鼓励对核心编程和统计技能的深刻理解。
如果你想用 R 来画出高质量的 Web 图形，从而传达结果，可能会需要看《Interactive web-based data visualization with R, plotly, and shiny》，其中涵盖了先进的基于 Web 的数据可视化技术的介绍。
那么到底应该买多少本书？
应该选修哪些编程的课程？
是不是需要很大的金钱成本？
……
别担心，下一章节我们提供一些免费资源供参考。
幸运的是，许多高质量的R资源在线免费提供，涵盖了你可能所需的一切。
▸电子书，网站
例如，许多电子书在线免费提供，包括RStudio网站上的电子书。为了更快地参考，RStudio还提供了几个单页备忘单，每个备忘单都涵盖了一个特定包或编程任务的基本知识，可以作为很好的提醒。
如果你觉得看书枯燥，不容易看懂，那么也可以参考一些别的形式：
▸互动教程、视频课程、博客等
在Coursera、edX和freeCodeCamp等网站上也有许多关于R、统计和数据科学的免费课程，The Carpentries的免费培训材料，甚至YouTube和Twitch等网站上的免费视频教程。
一些地区和全球R团体，如R-Ladies和ROpenSci（更多信息请参见第8条），提供多种语言的博客文章、研讨会和资源。此处维护了R-Ladies博客列表(https://github.com/rladies/awesome-rladies-blogs); 包括Julia Silge和Danielle Navarro等。
其他精选的免费资源列表可以在inSileco博客和r-directory网站上找到。
无论是通过博客、互动教程还是视频课程，如果有一种在线方式你觉得最适合的，那么很可能会有这种方式的R资源，只需要搜索一点就可以找到。
▸对于R技术领域的更多具体培训，许多机构提供免费教程、研讨会和在线课程。
例如，魁北克生物多样性科学中心（QCBS）R研讨会系列以英语和法语提供了关于数据可视化、线性模型、多元分析等的介绍性和高级研讨会，并在其网站上免费提供PPT、代码和配套书籍。
爱丁堡大学的编程俱乐部为生态学家和环境科学家提供广泛的课程，从数据处理和统计到地理空间分析和机器学习。
EcoDataScience是一个以加州大学圣巴巴拉分校为中心的组织，提供一系列生态相关研究技术的技能分享和培训。
以上这些只是高质量学习小组的几个例子；可以与你所在的机构、公司或同事联系讨论，获得最相关或最方便的建议。
▸用“只是为了好玩”的项目来练习
如果你有时间和灵活性，一个很好的培养技能的方法就是通过“只是为了好玩”的项目来练习R。
– 想学习如何使用ShapeFile进行映射吗？
尝试制作一张你最喜欢的城市的海报，作为墙壁艺术印刷。
– 通过API抓取数据？
尝试在Spotify上找出最受欢迎的艺术家的共同品质。
– 文本分析？
尝试使用R的文本挖掘包来比较你喜爱的书籍或电视节目的情感关联。
– 定制数据可视化？
尝试使用ggplot形状和美学来复制你最喜爱的艺术作品（参见Twitter上的#RecreationThurday）。
▸ 低风险环境更解压
仅仅为了好玩，项目可以成为培养关键技能的非常有价值的环境。
低风险的环境会减轻你成功的压力，但当你成功时，会给你新的产品和工作代码，供你下次尝试类似的任务时参考。
▸ 用各种活动，趣味竞赛的方式边玩边学
参与有趣的社区活动、Twitter挑战或R编码竞赛（更多信息，请第8和9条）将帮你建立坚实的基础，为你的编程道路打开大门，同时选择你喜欢的项目。
如果你更愿意让你的R学习更多的“任务”工作，你可以对现有的项目进行低压力的增加，从而获得新的技能。
尝试通过向现有图添加自定义文本注释来练习HTML呈现，或者通过创建用于交互式数据探索的闪亮应用程序，来升级日常工作流程。
在改进现有工作的同时，寻找扩大技能的机会将有助于你成为更全面的R用户。
培养和维护项目的编程方法和组织系统有助于你和他人的代码清晰一致。
▸ 在开始编程项目时，需要考虑你的心态
如果在开始新任务时对所有未来步骤都进行了精心规划，那么你就可能会从使用虚拟程序代码开始项目中获益。
*虚拟程序代码是计划完成的操作的简单语言描述列表，在文档中写出，然后逐行翻译为代码。
这种方法的一个好处是，它允许你从头到尾对项目进行概念化，并为你将要编写的每一行代码提供一个离散的目标。
如果说，你更喜欢边做边学，可能更喜欢直接编写代码，观察每一行的输出，并在文本中注释最后一行完成的内容，以较小的增量达到最终目标。
在这两种情况下，对代码进行注释是很重要的，确保将来能够理解当前的想法。
▸ 接下来，需要决定在编码时使用什么样式
在本文中，编程风格是编写代码时使用的特定函数、包和语法策略的集合。如果你认为R是一种语言，可能会认为你的风格是一种方言；两种风格看起来可能不同，但它们的含义是相同的。
在R中，主要的样式划分通常围绕着：你是使用基本R的典型样式，还是采用R的管道方法以及其他tidyverse原则。
3 种代码样式的示例
虽然这些样式并不相互排斥，但它们包含不同的函数集，通常适合不同的语法策略来构造代码。根据你的背景，你可能更喜欢其中一种语法。
例如，如果有在C++或Java等程序中编写代码的经验，则顺序或嵌套语法可能会让你熟悉，而管道函数可能会使代码读起来更类似于用英语编写的句子。
（请参阅tidyverse样式指南：https://style.tidyverse.org/)
在大多数情况下，只要适合你的，什么样式都可以。
当然，匹配协作者中最常见的代码风格或规程中的标准，对阅读、共享和排除代码故障很有帮助。
有时，可能需要切换样式，以便于最好地完成某项任务，但选择尽可能保持样式一致将有助于确保你和其他人可以解释代码。
▸ 最后，将文件放入严格的目录结构中非常重要
R生态系统提供了许多工具来促进项目组织。大多数集成开发环境（IDE）都有“项目目录”的概念；这对于领先的R IDE、RStudio和大多数其他（例如，VScode和Atom）都是如此。
还可以使用包来简化项目目录中的文件路径命名方案。根据你所在的领域，文件夹组织结构可能会有所不同，但随着项目列表的增长，对系统进行批判性思考将简化生活。
此外，保持适当的项目组织将有助于你学习“版本控制”的实践，这是一种跟踪更改和备份代码的系统，正在成为跨科学领域的专业标准。
R的大多数功能都捆绑在特定于任务的包中，但很难知道哪些包存在，哪些包最适用于某些任务。
在R中，用户开发包的主要存储库是CRAN，即the Comprehensive R Archive Network，综合R存档网络。
虽然软件包也可以来自其他来源，但CRAN软件包具有通过R’s install.packages功能轻松访问，确保软件包已在多个平台上测试的优势。
当搜索完成特定任务所需的新包时，最好从CRAN的任务视图开始(https://cran.r-project.org/web/views/).
任务视图允许用户按主题浏览已发布的包，包括多元统计、时空分析、元分析等。任务视图浏览器列出每个主题的相关包，并提供指向每个特色包的扩展文档的链接。
该资源对于R初学者以及正在寻找应对新挑战的方法的更有经验的R用户非常有用。
自学R时，你可能会遇到自己还不知道如何解决的问题。
在这些情况下，寻求帮助可能会为你节省大量时间，缓解头痛。
知道如何以有针对性的方式寻求帮助，这样你就能够查明问题的根源，并且在理想情况下，帮你避免将来出现类似问题。
▸ 如何以有针对性的方式寻求帮助？
当你第一次遇到问题时，复制和粘贴遇到的错误到搜索引擎中，可能会让你访问Stack Overflow、GitHub或R-bloggers等网站。
-通常情况下，有人会遇到与你相同的问题，并且可能会找到你可以使用的解决方案。
-如果没有的话，你可能需要发布自己的求助。
在这种情况下，有一些指导原则可以使帖子更高效：
在寻求帮助时，可复制的示例至关重要。你的目标应该是尽可能少地展示你的问题，并且在发布你的问题之前需要花一些时间隔离有问题的代码。
最有用的方法是在示例中生成一个玩具数据集，或者使用内置于R中的数据集（请参阅R中的data），并逐步删除代码中与要解决的问题无关的部分。
还应该在最小可复制示例中附带有关R会话和相关包版本的信息。所有这些步骤都可以通过reprex软件包实现。
▸ 水平提高后，帮助他人
随着技能的提高，你可能会发现自己处于一个可以帮助他人的位置。
在Twitter或Stack Overflow这样的地方回答问题是回馈R社区的好方法。
你甚至可以回过头来回答你自己过去问过的问题，这样你的帖子标记为“已解决”，并为下一个遇到同样问题的人留下一个有效的解决方案，帮助自己的同时也能给他人带来便利。
建立R语言流利性的最佳方法之一是与他人一起学习。
R社区充满活力，为学习R技能举办了会议、聚会和定期在线活动。
一个很好的起点是寻找你所在的区域的R用户或建立兴趣小组，经常举办技能分享、讲座、编程实践会议。
当然，你也可以虚拟加入R社区。The R for Data Science（R4DS）社区为学习者和导师提供了分享研究技能和协作的空间。R4DS Slack频道拥有超过10000名成员，成员可以通过讨论频道寻求帮助、分享胜利、网络等。
如果你不属于任何特定群体，R社区在许多社交网络上也很活跃。
R通常在Twitter上与#RStats标签讨论如下图。
一些常见科学编程语言的Twitter讨论流行度
社区的一个很好的切入点可能是以下帐户：
@rstudio、@Rbloggers、@icymi_r、@RLadiesGlobal、@R4DS、@rOpenSci
在Facebook和Reddit等网站上也存在一般和特定领域的R组。你甚至可以参加在线活动，如Twitch上的数据科学节目“切片”，观看专家们在R编程挑战（以及其他语言）中的竞争。
关注多产的R博客也是了解R的好方法；一些推荐的R博客作者包括Maëlle Salmon、Jacqueline Nolis、Miles McBain。
在线找到社区都是了解新功能、了解最新软件包、遇到其他地方可能看不到的提示和技巧的好方法。
最重要的是，保持积极性，继续编写代码。
R的开源文化为代码共享提供了丰富的资源。
▸ 阅读和运行来自公开来源的代码，对于发现新函数、优化处理速度和向专家学习非常有价值
一些R项目，如#TidyTuesday R社交数据可视化项目，鼓励在线代码共享，以帮助用户获得和磨练技能。
其他活动，如每年一度的RStudio Shiny竞赛，为用户制造的R产品提供了一个友好竞争的渠道，最终免费提供代码，允许用户阅读、下载和复制获奖应用程序。
如果你发现一个特别好的R产品提供了代码，请自己逐行运行代码，以了解每一行或函数的确切意思，具体起到什么作用。你可能会学到一个新的功能，可以应用于自己的项目，或者有许多方法可以完成相同的任务。
▸ 已发表的论文提供了另一个R代码源代码，以实现更多以研究为中心的目的
现在，许多学术期刊要求出版物中包含公开可用的数据和代码，其中许多（尤其是自然科学领域）都是用R编写的。通过从已发表的文献中下载材料，你可以了解所在领域的专家如何进行分析，使用哪些软件包，以及他们如何组织代码。
▸ 学会分享：在线共享你的R代码
当然，代码共享是双向的；除了从其他人那里获取公开可用的材料，您还应分享您自己的材料。
代码共享的通用平台包括GitHub、GitLab和开放科学框架（OSF）。
在线共享你的R代码将进一步增强R社区的开放性，并帮助你成为一名更加专注的代码编写者。
发布代码可能会让人感到害怕，但请记住，对科学界来说，可用代码总是比不可用代码更有价值。
如果你的代码没有完全优化或完全干净，不要过分在意。如果它能运行起来，可能会教给别人一些新的东西，是值得分享的。
R是一个非常棒的工具，可以用于统计、数据操作、可视化等，但它不一定是编程旅程的终点。
▸ 流利的R语言帮你获得未来适用于其他程序、语言或领域的技能
例如，为Shiny Applications设计用户界面(ui)将帮助你建立前端web开发的基础，R的各种文本插件(例如ggtext包)将帮助你练习HTML语法，R的向量操作(apply和purrr::map函数族)将构建概念框架以转移到其他编程语言，如Julia或Python。
▸ 这是双向的：如果你已经掌握了其他编程语言的技能，它们也会帮助你学习R语言
当你继续将编程技能应用于更广泛的任务时，你可能会发现对于某些任务，不同的工具会更有效或更合适。
在这些情况下，你在学习R时建立的信心和技能可能是下一次编程努力的有用跳板。
通过学习R获得的知识，以及你通过自学获得的经验，将使你受益远远超过你手头的任务。
学习R语言，可能是一个充满挫折、自我怀疑和缺乏继续动力的过程。在这里列出的10条是帮助你克服挑战、掌握新技术的最佳策略，甚至可能在这一过程中获得一些乐趣。
也希望可以帮助初学者，无论是研究生、业余爱好者还是渴望学习新工具的研究人员。
当然也不需要一次尝试所有这些规则，也不局限于这十条，你只需要找到最适合你的方法即可。
主要参考文献：
Lawlor J, Banville F, Forero-Muñoz N-R, Hébert K, Martínez-Lanfranco JA, Rogy P, et al. (2022) Ten simple rules for teaching yourself R. PLoS Comput Biol 18(9): e1010372. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1010372
谷禾健康
在谷禾肠道菌群健康检测中，我们会看到结果报告中关于维生素的评估如下：
摄入水平建议保持在70-80分之间最佳，如果单项指标低于5表明摄入比例在人群中属于最低的5%，评估为缺乏，如上图中维生素B2；低于15评估为偏低，如上图中叶酸；达到或超过95则表明该项指标可能摄入比例偏高，可适当减少摄入；其余则为正常范围。
上图可以看到，像维生素C这项指标分值在38，虽然正常但相对于最佳来说是偏低的。
一些小伙伴可能会存在这样的疑惑：
为什么肠道菌群检测可以评估维生素？
这些维生素指标的分值代表着什么含义？
肠道菌群和维生素之间有什么样的关联？
它们如何影响人体健康/疾病？
如何判断维生素是否缺乏？
该如何补充？
…
本文就以上问题进行详细解答，同时也包括维生素-微生物群之间的相互作用，维生素维持肠道菌群稳态和减少肠道炎症以预防癌症的机制，产生维生素的益生菌，补充调节维生素的方式包括饮食、益生菌等。
在阅读本文之前，可以先了解一下各类常见的维生素功能，缺乏导致的症状。
每个维生素的详细介绍可以点开以下查看（请在谷禾健康微信公众号找到这篇文章查看）。
维生素B1（硫胺素）
维生素B2（核黄素）
维生素B3（烟酸）
维生素B5（泛酸）
维生素B6（吡哆醇）
维生素B7（生物素）
维生素B9（叶酸）
维生素B12（钴胺素）
以上每个都有关于该维生素的详细介绍，包括：
—正文—
维生素是一种微量营养素，在人体的生长、新陈代谢和发育中起着至关重要的作用。
在谷禾肠道菌群健康检测报告中，维生素分值即代表该维生素的膳食摄入水平和菌群代谢能力（报告中显示的分值是经过一系列计算得到的一个相对值）。
其中B族维生素很多需要通过肠道菌群对初始原料进行代谢之后才会产生，因此肠道菌群相应的基因和代谢途径的丰度水平也会直接反映这些维生素的摄入水平。
我们知道维生素的缺乏可能引起一些不良后果，导致维生素缺乏的原因有很多，摄入不足，吸收不良等都会导致维生素缺乏。
我们日常主要从饮食中获取维生素，肠道是主要吸收部位。例如，维生素 A 主要在近端空肠吸收，维生素 D 在远端空肠吸收最佳，维生素 E 和 K 主要在回肠吸收。因此，肠道功能受损可能会影响维生素的吸收。当然，影响维生素吸收的其他原因还包括年龄，某些疾病，药物等因素。
那么肠道菌群和维生素之间有什么关联？
肠道菌群是人体生理和健康的重要决定因素。肠道菌群帮助吸收营养，并参与维生素代谢。
肠道有益菌：乳酸菌和双歧杆菌，可以重新合成B族和K族维生素，为宿主提供约30%的每日摄入量。与从食物中获得的维生素不同，微生物产生的维生素主要在结肠中吸收。接下来了解一下具体哪些菌群，如何产生维生素。
前一章节我们知道，除了通过饮食提供维生素外，人体肠道中的细菌也可以产生一些维生素，如果吸收得当，可以部分满足人体的需要。
可以把这些细菌微生物想象成小小的维生素工厂。细菌确保为自己和与他们共生的微生物朋友提供维生素，同时也会为人体提供维生素。
合成的B族维生素的菌群较多
研究人员估计了人体肠道细菌可以提供维生素每日参考摄入量的百分比，得出的结论是可以提供：
40-65% 的人体肠道菌群具有合成 B 族维生素的能力。两种最常见的合成维生素是维生素B2和B3，预测分别有 166 和 162 个生产者。
可以合成 B 族维生素的细菌以及B 族维生素缺乏对肠道健康的影响
doi.org/10.3390/microorganisms10061168
大部分肠道菌群都参与维生素的合成
随着基因组注释方法的不断完善，研究人员可以预测维生素代谢途径并评估维生素生物合成潜力。通过检索 UniProt 数据库，研究人员发现：
厚壁菌门是维生素的主要代谢相关菌，其次是变形菌门，再然后是拟杆菌和放线菌。这四种菌群是人体肠道菌群的主要组成部分，占总菌群的60%-90%.
下表列出了参与合成B族维生素的肠道菌群，以及相应的代谢机制。
以上是肠道菌群对维生素产生的影响，而维生素和肠道菌群之间的作用是双向的，维生素也会影响肠道菌群，下一章节我们详细了解维生素对肠道菌群的影响。
维生素通过调节免疫力、细菌生长和新陈代谢来改变肠道微生物群的组成。
例如，膳食补充剂中的维生素 B、C、D 和 E 通过有利于双歧杆菌、乳酸杆菌和罗斯氏菌等有益菌属的肠道黏膜扩张和定植，在很大程度上有助于微生物组的组成。
肠道微生物组和宿主之间的微量营养素交换
doi: 10.1002/biof.1835
一项研究调查了 96 名健康志愿者，结果表明：
补充维生素 B2 后肠道微生物的种类数量显着增加；联合补充维生素 B2 和 C 导致Sutterella显着减少，但Coprococcus数量增加；
维生素C显着提高肠道微生物的α多样性；
服用维生素D后，促进放线菌的生长和抑制拟杆菌的生长。
补充维生素对人体肠道菌群的影响
doi.org/10.3390/nu14163383
/ 维生素A /
维生素 A 的充足状态可能与微生物多样性增加有关。在小鼠实验中，普通拟杆菌（Bacteroides vulgatus ）在维生素 A 缺乏期显着增加。维生素 A 缺乏导致的粘膜反应受损，粘蛋白和防御素 6 表达减少，可能使病原菌更容易穿透肠道屏障。
维生素A缺乏使厚壁菌门中毛螺菌_NK4A136_群、厌氧菌、颤杆菌的数量减少，毛螺菌的含量也降低；然而，Parasutterella呈上升趋势。TLR4 可能参与了维生素 A 调节微生物群的过程。
/ B族维生素 /
研究人员在一个小的成年志愿者群体中进行了一项试点研究，该群体补充了过量核黄素（100mg），持续14天。他们发现，在补充期间，每克粪便中的Faecalibacterium prausnitzii数量增加。作者还注意到厌氧菌Roseburia 增加，大肠杆菌减少。
其他关于B族维生素对肠道菌群的影响详见：
/ 维生素C /
补充维生素 C 可减少肠杆菌科细菌的数量，增加乳酸杆菌的丰度，抑制有害菌的生长，促进有益菌的增加。
也有研究表明，维生素 C 服用4周导致 α 多样性增加，短链脂肪酸浓度增加。
/ 维生素D /
维生素 D 和肠道微生物群的相互作用对免疫稳态至关重要。补充高水平的维生素 D 增加了普氏菌，减少了韦荣氏菌和嗜血杆菌。
婴儿饮食中补充维生素 D 对早期微生物组成的变化有重要影响，而儿童缺乏维生素 D 会导致细菌多样性降低。
最近的一项研究表明，维生素D的活性代谢物1,25-二羟基胆钙化醇，维生素D受体的配体(VDR)，影响美国不同地区老年人肠道菌群的α -和β -多样性。
研究人员报告了通过食物频率问卷评估的微量营养素摄入量与孕妇微生物群组成之间的相关性。他们观察到，高脂溶性维生素，特别是维生素D的膳食摄入量与微生物α多样性降低有关（P值<0.001），维生素D和视黄醇与变形菌相对增加有关，变形菌门是一个已知包含多种病原体并具有促炎特性的门。
/ 维生素E /
维生素E对变形菌有抑制作用，而维生素E（和纤维）的摄入量较低与Sutterella水平较高相关，据报道，自闭症和某些胃肠道疾病婴儿的Sutterella水平大量增加。
体外维生素E 可以防止几种人类病原体的生物膜形成，特别是金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌。
/ 维生素K /
一项动物实验表明，缺乏维生素 K 的小鼠的肠道中，瘤胃球菌、毛螺菌科、Muribaculaceae的含量较多。
关于维生素对人体肠道微生物组直接影响的研究
doi.org/10.1016/j.nutres.2021.09.001
饮食是维生素的主要来源，通过饮食补充维生素也会影响菌群。
注：由于测试饮食干预效果所需的随机试验的样本量和持续时间，相关发病率的研究具有挑战性。此外，由于特定的营养素不是孤立地消耗的，而是作为饮食模式的一部分，并且饮食成分之间相互作用，因此饮食带来的实际影响可能只有作为一个整体考虑时才会变得明显。
因此这里我们主要考虑饮食模式，例如地中海饮食等饮食方式。
地中海饮食是营养均衡饮食的典型代表，其特点是大量且频繁地摄入重要的纤维来源（谷物、蔬菜、豆类、水果和坚果）和具有抗氧化特性的化学成分（维生素、类黄酮、植物甾醇、矿物质、萜烯和酚类）。
同时地中海饮食还富含复杂和不溶性纤维含量。我们知道，大量摄入膳食纤维可促进肠道中有益菌群的生长，例如增加拟杆菌、普雷沃氏菌属、罗斯氏菌属、瘤胃球菌属、普拉梭菌等菌属的丰度，从而在肠道中产生高水平的短链脂肪酸，包括丁酸盐。
响应地中海饮食而增殖的细菌可以充当“基石”物种，也就是说它们对于稳定的“肠道生态系统”至关重要。这些变化主要是由于膳食纤维和相关维生素和矿物质的增加，特别是维生素C、B6、B9、铜、钾、铁、锰和镁。
总之，维生素似乎是微生物-宿主间代谢相互作用的重要媒介。
越来越多证据表明，维生素缺乏会导致肠道菌群紊乱，进而引发肠道疾病，甚至促进炎症和肿瘤的发展。下一章节详细讨论，维生素-微生物群相互作用对健康/疾病的影响。
最近的几项观察表明，微生物群失调和维生素缺乏是相互关联的。
维生素对宿主健康的影响
doi.org/10.1016/j.nutres.2021.09.001
这种关系可能直接影响宿主健康：例如，克罗恩病恶化与参与抗炎介质核黄素、硫胺和叶酸生物合成的微生物基因减少有关。
此外，2型糖尿病受试者在与微生物介导的维生素代谢相关的基因丰度谱中显示出显著变化。
营养不良儿童的微生物群显示，参与B族维生素代谢的多种途径（包括烟酸/NADP生物合成）显著减少。
在经历饮食振荡以诱导急性短期维生素A缺乏的灵长类小鼠模型中，Hibberd等人观察到细菌群落结构和宏转录组的调节，其中Bacteroides vulgatus是显著的应答者，在缺乏维生素A的情况下其丰度增加。有趣的是，B.vulgatus是在人类肠道微生物群的灵长类小鼠模型中鉴定的一种生长差异物种。
所有这些观察结果表明，维生素缺乏可能会改变肠道微生物群，从而影响人体健康。
下面我们以肠道疾病和精神类疾病两大类疾病为例，来具体了解维生素-微生物相互作用及其在疾病中的影响。
维生素 A 和 D 分别在近端和远端空肠吸收。维生素E和K主要在回肠吸收；微生物产生的维生素主要在结肠中吸收。维生素缺乏会加重肠道炎症，甚至通过多种机制促进癌症。
肠道菌群->维生素->肠道疾病中的作用
慢性 IBD 发生和发病机制中的关键作用是微生物（尤其是共生菌群）对宿主黏膜免疫功能的影响。同时，肠道微生物群和慢性炎症已被证明与肿瘤发生密切相关。
维生素具有调节肠道菌群和保护肠道的功能。因此，维生素和微生物群的相互作用可能在 IBD 和结直肠癌的治疗中具有巨大的潜力。
维生素A通过促进黏膜愈合、促进产生ASCFA的相关菌增加、降低UC相关菌的水平来达到治疗UC的效果。
费氏丙酸杆菌ET-3 产生维生素 K2 的前体，即 1,4-二羟基-2-萘甲酸 (DHNA)，可激活芳烃受体 (AhR) 以改善结肠炎并调节肠道微生物群。
维生素 D 的缺乏会增加拟杆菌门、变形杆菌门和螺杆菌科的丰度，降低厚壁菌门和去铁细菌的丰度门，并且还影响 E-钙粘蛋白表达并减少耐受树突状细胞的数量。
然而，在治疗 IBD 时，维生素 D 与利福昔明的共同给药会影响肠道菌群和利福昔明的疗效。维生素 D 促进A. muciniphila的生长以保护肠粘膜屏障，这些作用对于对抗结直肠癌的发展尤为重要。
研究表明，维生素 E 及其代谢物在调节肠道菌群、减少炎症和抑制癌变方面具有巨大潜力。此外，维生素 Eδ-生育三烯酚 (δTE) 及其代谢物δTE-13′-羧基色原酚 (δTE-13′) 增加了肠道中的乳球菌和拟杆菌，并抑制炎症因子的产生。
维生素->肠道菌群->肠道疾病中的作用
▸维生素在IBD和结直肠癌中的作用不容忽视
大量临床研究表明，缺乏维生素 B 和维生素 D 的人群中结直肠癌的患病率较高。同时，IBD 的长期不愈合使患者面临更高的结直肠癌风险。维生素 D 水平低的 IBD 患者疾病严重程度和预后较差。
▸为什么肠道炎症容易导致癌症高风险？
在炎症背景下，敲除 IKKbetaβ（炎症与癌症之间的联系）可减少由于上皮细胞凋亡增加而导致的癌症发生。在一项关于结肠炎相关癌前癌 (CApC) 的研究中，IL-6 反式信号转导的存在增加了炎症性致癌的风险。如果不及时治疗，由肠道菌群紊乱和维生素缺乏引起的肠道炎症最终可能发展为癌症。
维生素 A 在肠道炎症和癌症中的作用
维生素 A 及其活性代谢物视黄酸 (RA) 在人体免疫系统中发挥着关键作用，并可能对辅助 T 细胞的分化产生影响。
炎症下：视黄酸从保护转变为破坏作用
在非炎症条件下，视黄酸能够抑制 IL-6 受体的表达和 Th1/Th17 的产生。
在炎症条件下，视黄酸从对粘膜的保护作用转变为破坏作用；这反映在活动期 IBD 患者黏膜中视黄酸水平显着升高，伴随着 CD4 和 CD8 分泌的 IL-17 和 IFN-γ 的上调。
维生素A及其代谢物：发挥抗炎作用
维生素 A 及其代谢物通过阻断 Th1 和 Th17 的激活，抑制 IL-17、INF-γ 和 TNF-α 的产生而显示出抗炎作用。同时，它们可以通过与TGF-β协同作用，提高Foxp3的水平，发挥免疫功能，从而促进抗炎因子的发挥。
一项数据显示，低水平的维生素 A 会激活核 NF-kB 并促进胶原蛋白的形成，从而加剧结肠炎的炎症。补充维生素后，肠道炎症明显缓解。
全反式维甲酸 (AtRA) 可降低 UC 和结直肠癌患者结肠黏膜分泌的 TNF-α 和一氧化氮合酶 2 (NOS2) 蛋白的表达。
维生素A保护肠黏膜屏障，其潜在机制是拮抗LPS的肠道破坏作用
在一项关于维生素 A 缺乏对结肠炎和结直肠癌发展的影响的检查中，研究人员使用葡聚糖硫酸钠 (DSS) 诱导小鼠结肠炎；此外，偶氮甲烷 (AOM) 预注射和 DSS 结肠炎的组合诱导了结直肠癌。缺乏维生素的小鼠肠道炎症水平较高，黏膜愈合较慢，免疫反应增强，更容易发生结直肠癌。
AtRA具有抗癌作用，结直肠癌中AtRA 水平降低
在结直肠癌小鼠模型中，肠道细菌引起的炎症影响 AtRA 代谢；这导致其水平下降。在 UC 及其相关结直肠癌的临床样本中发现 AtRA 代谢酶活性降低和 AtRA 水平降低。同时，AtRA通过激活CD8 + T细胞发挥抗癌作用；这为 CAC 的治疗提供了新的见解。
视黄醇和视黄醇结合蛋白（RBP）的结合激活致癌基因STRA6，促进结直肠癌的发生；Holo-RBP/STRA6 通路可通过促进成纤维细胞的致癌作用进一步发挥致癌作用。
在一项关于维生素 A 缺乏对结肠炎和结直肠癌发展影响的动物实验中，当维生素 A 处于低水平时，小鼠体内的维生素 A 脂滴会被降解，免疫反应会增强，结肠炎症会加重，癌变进程将加快。
维生素 B12 和叶酸在肠道炎症和癌症中的作用
IBD 患者缺乏维生素 B12 和叶酸的原因有很多，包括回肠和空肠微生物过度生长、维生素 B12 摄入不足或身体需求增加、维生素肠道破坏增加或吸收能力降低、某些药物（如甲氨蝶呤或柳氮磺胺吡啶）的不良反应、一些病理原因例如蛋白丢失性肠病、肝功能异常、回肠相关病变或手术切除、肠瘘等。
维生素 B12 缺乏不会影响健康的肠道微生物群组成；然而，它会导致实验性结肠炎中肠道菌群失调，并促进条件致病菌的生长。出乎意料的是，维生素 B12 缺乏减少了结肠组织的损伤；这可能与抗炎细胞因子 IL-10 的增加有关。
对甲基缺乏饮食 (MDD) 的潜在作用进行了一项研究，该饮食可降低维生素 B12 和叶酸的血浆浓度，并提高同型半胱氨酸水平，对 DSS 诱导的小鼠结肠炎的影响。喂食 MDD 的 DSS 治疗小鼠比其他治疗组患有更严重的结肠炎。
尽管超氧化物歧化酶和谷胱甘肽过氧化物酶活性保持稳定，但 caspase-3 和 Bax 的水平受到影响。除Bcl-2表达增加外，炎症相关标志物如胞质磷脂酶A2和环氧合酶2的表达也有明显增加趋势；这伴随着金属蛋白酶组织抑制剂（TIMP）3蛋白的表达降低。因此，维生素 B12 缺乏可能会加重实验性 IBD 的炎症程度。
高维生素 B12 水平可通过减少 DNA 甲基化来降低结直肠癌的风险
在结直肠癌患者中，与低血清维生素 B12 组相比，高维生素 B12 组的肿瘤区域和外周血单个核细胞 (PBMC) 中长散布的核元素 1 (LINE1) 甲基化被证明是降低的；肿瘤区域的LINE1甲基化水平也低于周围的非肿瘤区域。
氧化应激是结直肠癌发病机制之一；此外，叶酸和维生素 B12 的水平与体内抗氧化剂谷胱甘肽的水平呈正相关。提高 AOM 诱导的结直肠癌中的叶酸和维生素 B12 水平显示出显着的抗凋亡、抗氧化应激和抗 AOM 细胞毒性。
在对 4517 名 IBD 患者的系统评价和荟萃分析中，补充叶酸被证明可以降低 IBD 患者的结直肠癌风险并防止结直肠癌发展。
有趣的是，有证据表明缺乏甲基供体营养素叶酸、胆碱、蛋氨酸和维生素 B12 会抑制 Apc 突变小鼠的肿瘤发展。总而言之，维生素B12和叶酸在肠道疾病中的作用需要更深入的研究。
维生素 D 在肠道炎症和癌症中的作用
流行病学和动物实验表明，维生素 D 缺乏是 IBD 和 结直肠癌的高危因素。维生素 D 补充剂有助于降低疾病严重程度，可能通过多种机制，包括调节免疫细胞运输和分化，以及抗菌肽合成。
维生素D可以维持肠黏膜屏障的正常功能，提高机体的先天性和适应性免疫
1α，25-二羟基维生素 D3（骨化三醇）是维生素 D 的活性形式，可与 TGF-β 结合，提高 IL-2 水平，调节 T 细胞抑制炎性细胞因子的产生，增强 Foxp3 + Treg 细胞的存活和功能。
维生素D受体（VDR）是维生素D调节免疫和发挥抗炎作用的重要途径
相关资料显示，VDR对肠道有保护作用；它可以通过调节 JAK/STAT 通路来维持肠道稳态并预防癌症。
在 IBD 患者 中，结肠上皮中VDR的含量明显低于正常人。在实验性结肠炎模型中，与缺乏 VDR 的小鼠相比，表达 hVDR 的转基因小鼠的结肠炎症较少。用 hVDR 转基因恢复上皮 VDR 表达可减轻严重结肠炎并降低死亡率。内在机制是 VDR 通过抑制 NF-κB 活化发挥抗凋亡作用，以保护肠道屏障缓解结肠炎。
肠道菌群通过犬尿氨酸通路（合成维生素），在精神健康方面发挥作用
关于肠道细菌在心理健康方面的作用的关键方面，是它们通过犬尿氨酸通路参与调节色氨酸代谢。微生物群能够合成犬尿氨酸途径 (KP) 的酶促辅助因子，如维生素 B2 和 B6。
犬尿氨酸是主要的色氨酸代谢途径，其中 95% 的这种氨基酸被代谢为各种免疫和神经调节犬尿氨酸/色氨酸分解代谢物 (TRYCAT)，在大脑中，犬尿氨酸途径主要在神经胶质细胞中分隔。
犬尿氨酸通路在精神、神经退行性和神经系统疾病中的作用是至关重要的，包括重度抑郁症，双相情感障碍，精神分裂症，阿尔茨海默病，亨廷顿病和帕金森病，与 HIV 感染相关的痴呆，手术后认知能力下降，肌萎缩侧索硬化(ALS) 等。
精神病理学和炎症中维生素缺乏与高同型半胱氨酸血症有关
精神病理学和炎症中维生素缺乏的另一个关键机制与高同型半胱氨酸血症（hHcy）有关，这可能是由叶酸、维生素 B6 和 B12 缺乏引起的。
高同型半胱氨酸血症和维生素 B 缺乏在重度抑郁症、精神分裂症、双相情感障碍、自闭症、焦虑症和痴呆症（包括阿尔茨海默病和帕金森病）中起关键作用。
同型半胱氨酸（Hcy）是在蛋白质消化过程中获得的另一种氨基酸蛋氨酸代谢过程中形成的氨基酸和中间体。该反应需要维生素 B12 作为酶促辅因子和叶酸衍生物（5-甲基四氢叶酸）作为甲基供体。
注：Hcy-同型半胱氨酸，是人体内含硫氨基酸的一个重要的代谢中间产物，可能是动脉粥样硬化等心血管疾病发病的一个独立危险因子。
此外，Hcy 可以在需要维生素 B6 作为酶辅因子参与的途径中转化为半胱氨酸。
因此，Hcy 被认为是叶酸和维生素 B12 缺乏的敏感标志物。
高同型半胱氨酸血症导致神经和精神病理学的机制包括：
促进免疫炎症反应、增加肠道和血脑屏障通透性、NMDA受体激动和神经毒性、诱导神经元凋亡、氧化应激、线粒体功能障碍和由于甲基化受损导致的单胺能神经递质合成失调。
目前对体内维生素水平的检测例如：
抽取血液检测其中维生素的含量水平，可以判断是否存在维生素的缺乏情况。
其他，例如通过肠道菌群健康检测，也可以查看近期体内维生素状况。
与通过血液进行维生素检测不同，肠道菌群的评估更加反映一段时间 ( 一般2周左右 ) 的长期状态，如部分B族维生素无法在体内留存，需要每日补充，血液检测波动较大。
注：菌群会受检测前一天饮食的影响，造成15~30%的菌群改变，同样也会反映在营养状况的评估上，因此建议检测前一天尽量保持近期正常饮食 ,这样能更好的反映真实的营养饮食状态。
在了解补充维生素的干预措施之前，我们先从肠道菌群的角度，来了解一下影响维生素合成吸收的因素。
人类基因的变异与肠道结构和微生物组组成有关。人类肠道微生物群中存在不同的维生素 B 生物合成途径支持人类遗传变异影响维生素 B 合成的观点。
维生素的合成吸收不仅需要靠饮食补充，还与吸收相关。而维生素的吸收涉及到相关基因，例如：
MTHFR 基因的突变会影响我们产生加工维生素 B9的酶——亚甲基四氢叶酸还原酶。
亚甲基四氢叶酸还原酶是叶酸代谢通路中的一种重要的辅酶，亚甲基四氢叶酸还原酶基因缺陷，容易造成叶酸在体内的代谢障碍，MTHFR基因最主要的两种突变为C677T、A1298C基因多态性。该两种位点同时突变可显著降低MTHFR活性进而降低叶酸水平。
VDR基因（维生素 D 受体）：维生素 D（来自阳光、食物或补充剂）经过转化步骤后，活性形式骨化三醇 (1,25(OH)2D3 ) 可以通过VDR在细胞内发挥作用，是打开或关闭基因的转录因子。该基因突变可能导致维生素D缺乏引起的佝偻病。
维生素缺乏是一个严重的问题，尤其是在老年人中。随着年龄的增长，营养需求会随之变化。
由于食物中的维生素B12 需要胃酸及胃蛋白酶的作用才能释放出来被吸收，而老年人胃酸及胃蛋白酶分泌减少，就会影响维生素B12 的吸收。
患有维生素B12缺乏症的老年人可能出现神经精神或代谢缺陷。
一些药物会改变营养物质的吸收或代谢方式。例如，抗惊厥药也会减少叶酸的吸收。
肠道菌群通过各种代谢途径影响维生素的合成，例如拟杆菌属、肠球菌属和双歧杆菌属等人类肠道共生菌可以从头合成维生素 K 和大多数水溶性 B 族维生素，这在前面第二章节的表已经详细阐述。
在 B 族维生素合成中暴露于抗生素的反应因使用的抗生素类型而异。例如，在饮食中添加青霉素和金霉素会增加雄性大鼠的肝脏维生素 B2 浓度，以及 B2 和 B3 在尿液中的排泄。然而，链霉素和放线菌酮的施用降低了肝脏中维生素 B9 和 B12 的浓度。维生素合成对抗生素暴露的混合反应尚不清楚，但它们可能是由肠道微生物群的选择性改变引起的。
自由基是含有不成对电子的化学物质，可以诱导氧化应激。一个这样的例子是一氧化氮，它与金属离子形成复合物，包括钴，维生素 B12 的一种结构成分，因此使其无法用于细菌维生素 B12 的生物合成。此外，维生素生产者（如脆弱拟杆菌）暴露于过氧化氢等自由基会抑制其生长 ，从而降低维生素的生物合成能力。
维生素主要在小肠中吸收，其生物利用度取决于食物成分，相关相互作用等。
饮食和膳食的组成会通过影响肠道转运时间和/或混合胶束的肠道形成来影响某些维生素的吸收。
饮食中足量的水和膳食脂肪对于分别吸收水溶性和脂溶性维生素至关重要。
*水溶性维生素包括：B族维生素，维生素C；
脂溶性维生素包括：维生素 A、D、E 、K.
doi: 10.7717/peerj.11940
由于脂溶性维生素可以溶解在脂肪中，因此与膳食脂肪一起食用时最容易被吸收。例如，一种富含维生素 A 的小胡萝卜，如果单独食用，将在食物中获取维生素 A，但如果它是在含有一些膳食脂肪的食物成分中（比如说，橄榄油），将增加体内维生素 A 的吸收。
食物的性质（物理状态）也会影响维生素的吸收效率。例如，存在于可消化性较差的纤维植物材料中的类胡萝卜素已被证明相对于维生素A表现出较低的生物利用度。
当我们看到维生素缺乏的时候，可能希望通过饮食来补充相应缺乏的维生素，下表列出了常见的维生素的食物来源，可供参考。
此外，宿主饮食作为肠道中细菌的底物，其对肠道微生物分布的影响已被广泛研究。含有益生元和其他膳食营养素（如微量营养素和多酚）的饮食可以显着影响有益细菌的生长，包括维生素生产菌。
一些维生素，如核黄素，可作为氧化还原介质并刺激营养缺陷菌（如Faecaibacterium prauznitsii）的生长。
在即将形成共生关系的环境中，限制这些基质会增加微生物和微生物与宿主之间的竞争。
除了通过饮食直接补充之外，我们还可以通过补充益生菌来调节维生素水平，从而改善疾病。
双歧杆菌
在健康成人中补充益生菌菌株青春双歧杆菌DSM 18350、青春双歧杆菌DSM 18352 和假链双歧杆菌DSM 18353，导致粪便中叶酸浓度显着增加。
乳酸菌
乳酸菌通过不同的机制抑制炎症过程，包括调节IBD患者肠道菌群紊乱、保护肠道屏障和黏膜的正常功能、调节人体免疫反应等。乳酸菌通过产生核黄素（维生素 B2）和叶酸发挥抗炎和抗氧化作用。
产维生素的乳酸菌不仅对急性肠炎有抗炎作用，还能有效缓解复发性结肠炎。此外，在与美沙拉秦合用过程中，可有效降低不良反应，提高疗效。
研究人员发现注射产生叶酸的乳酸菌会缓解 5-FU 引起的肠炎小鼠的腹泻，改善结肠组织的结构和功能。这一发现降低了癌症化疗期间发生的肠黏膜炎症的严重程度，并提高了药物有效性；因此，这提高了患者的生活质量。
此外，乳酸菌 和 5-FU 的联合使用可减少 5-FU 引起的血细胞计数减少，并使患者获得完整的治疗周期。
产维生素的益生菌在肠道疾病中的作用
doi.org/10.3390/nu14163383
研究人员从 150 个收集的人类粪便样本中分离出三种产生核黄素和叶酸的益生菌；他们用它们来治疗乙酸引起的大鼠结肠炎。他们发现这些益生菌可以保护结肠黏膜，促进溃疡性病变的愈合；此外，它们具有抗炎和抗氧化应激作用。
一种新分离的具有产生叶酸能力的细菌——清酒乳杆菌LZ217，具有促进丁酸产生和改善肠道菌群组成的作用。
Akkermansia muciniphila 是肠道中的一种常见细菌，可调节 CLT 以保护肠道免受炎症和肿瘤侵袭；它还产生维生素 B12 以缓解 IBD 患者的维生素缺乏症。
研究发现，丙酸杆菌菌株 P. UF1 合成维生素 B12；这对肠道免疫和肠道健康有积极的调节作用。
大肠杆菌通过产生维生素来缓解 IBD. 使用大肠杆菌生产两种产生β-胡萝卜素的菌株来治疗维生素A缺乏症。这些结果显示出巨大的临床潜力。
维生素 A 及其代谢物与短乳杆菌KB290 的组合提高了 CD11c + MP/CD103-DC 比率；因此，这在结肠炎的治疗中起着积极的作用。
此外，肠道中的分段丝状细菌 (SFB) 可以产生 AtRA，以抵消感染对肠道的损害。
益生菌对维生素D及其受体活性有积极作用，如鼠李糖乳杆菌GG（LGG）和植物乳杆菌（LP）；同样在沙门氏菌结肠炎模型中，使用 VDR (-/-) 小鼠验证 LGG 对 IBD 的缓解作用是通过 VDR 信号通路。
此外，胆汁盐水解酶 (BSH)活性罗伊氏乳杆菌NCIMB 30,242 可调节血浆中的活性维生素 D 水平。磷虾油 (KO)、益生菌罗伊氏乳杆菌和维生素 D 的混合物显着降低病理评分和炎症因子的释放，促进黏膜愈合并减少机会性感染的发生。
经益生菌 VSL#3 预处理后，VDR 水平显着提高，共同保护肠黏膜，防止损伤；这对预防CRC的发展起到一定的作用。
用从韩国泡菜中分离的乳酸菌条件培养基处理 HCT116 细胞或肠类器官后，其分泌的蛋白质 P40 和 P75 与 VDR 的表达增加有关；它们还增强自噬反应，共同具有抗炎作用。肠道微生物合成的石胆酸 (LCA) 充当连接 VDR 与微生物的桥梁，从而提高维生素 D 水平。
益生菌配方有助于抑郁症患者维生素水平的增加
一项随机对照试验中，重度抑郁症患者接受了多种益生菌配方，其中含有双歧杆菌W23、乳双歧杆菌W51、乳双歧杆菌W52、嗜酸乳杆菌W22、干酪乳杆菌W56、副干酪乳杆菌W20、植物乳杆菌W62、唾液乳杆菌W24、乳酸乳杆菌W19。
此外，益生菌组和安慰剂组的患者接受了相同剂量的维生素 B7。在两组中，抑郁症的临床参数都有所改善，然而，益生菌干预组与安慰剂组相比，仅在微生物 β 多样性方面存在差异，临床结果指标没有差异。有趣的是，尽管两组都接受了相同剂量的生物素，但接受益生菌的那组维生素 B6 和 B7 的合成上调。
多种益生菌相结合通过增加叶酸和维生素 B12血浆水平，改善精神疾病
八周的个性化饮食与含有多种益生菌的菌株相结合：婴儿双歧杆菌DSM 24737、长双歧杆菌DSM 24736、短双歧杆菌DSM 24732、嗜酸乳杆菌DSM 24735 、德氏乳杆菌、保加利亚乳杆菌DSM 24734、副干酪乳杆菌DSM 24733、植物乳杆菌DSM 24730 、嗜热链球菌DSM 24731 (VSL#3)，在健康老年人中增加了叶酸和维生素 B12 血浆水平并降低了 Hcy 血浆水平。
此外，益生菌的添加导致粪便双歧杆菌浓度增加，这种变化与叶酸和维生素 B12 水平呈正相关。
在精神病患者中引入高同型半胱氨酸的评估和治疗可能非常有价值，益生菌可能成为治疗工具之一。
维生素是相互关联的、具有协同作用的微量营养素，当它们处于适当的平衡状态时，它们的全部潜力就会得到充分发挥。
因此，在食用益生菌和发酵食品时，应考虑维生素生产者与代谢者之间复杂的相互作用。
除了以上方式干预菌群之外，也可以通过良好的生活方式调理菌群，从而使维生素达到一个相对健康稳定的水平，减少各类疾病风险。
▸在服用维生素的同时可以服用益生菌吗？
可以。在大多数情况下，服用益生菌不会影响其他补充剂的效果。
一项 2021 年对临床试验的系统评价发现，益生菌可以改善健康人群的微量营养素水平，特别是维生素 B12、叶酸（维生素 B9）、钙、铁和锌。
2017 年的一项非随机临床试验发现，服用益生菌和铁补充剂的参与者比不服用益生菌的铁吸收明显更多。
有研究表明，维生素 D 和益生菌之间存在协同关系。
随机对照试验发现，维生素 D 补充剂与益生菌一起可以改善多囊卵巢综合征患者和同时患有冠心病的糖尿病患者的各种心理健康参数、一般健康状况、代谢和炎症标志物。
2019 年对随机对照试验的系统评价和荟萃分析发现，维生素 D 强化酸奶（富含益生菌嗜酸乳杆菌）有助于改善维生素 D 和胆固醇水平、代谢功能和身体测量值。
然而以上研究都没有单独研究维生素 D 和益生菌的作用，因此尚不清楚结果是否与两者的综合影响有关。
研究人员认为，无论有没有维生素，服用益生菌的时间很重要。作为一般规则，服用益生菌的最佳时间是空腹，大约在进食前 30 分钟。
研究人员担心胃酸的存在会影响益生菌的生存能力。在餐前或餐后几个小时服用时，当胃酸自然降低时，益生菌可以进入肠道，从而提高其生存几率。
何时服用维生素取决于维生素的种类。复合维生素通常最好在早上第一时间服用，非常适合搭配早餐前的益生菌。脂溶性维生素，如 A、D、E 和 K 以及一些矿物质，包括铁和镁，最好与食物一起服用。否则可能会导致胃部不适。
▸应该从食物中补充维生素还是通过维生素补充剂？
2020 年的一篇文献综述发现，与浓缩补充剂相比，许多微量营养素在其全食物形式中的生物利用度更高。因此提倡补充方式以食物为先。
一般认为，对于健康人来说，营养均衡的饮食可以提供身体需要的维生素，不需要额外补充，但对于可能存在免疫功能、肠道健康、吸收不良等问题的人群，可以考虑维生素补充剂进行补充，具体补充剂量请遵医嘱。
下表是维生素易缺乏的高风险人群：
▸可以长期服用维生素补充剂吗？补充过量会带来副作用吗？
一般健康人不需要长期服用维生素补充剂。
对于服用复合维生素片，多余的维生素会被排出体外，因此不用过于担心会带来危害。但是如果长期十倍以上的用量，对身体是有危害的。
doi: 10.7717/peerj.11940
在发现维生素缺乏的症状的时候，我们可能希望通过补充相应的维生素补充剂来改善健康。然而服用任何补充剂之前，我们应该寻找其根本原因而不是直接根据症状盲目补充。
通过肠道菌群健康检测可以了解维生素缺乏状况，且可以根据各类菌群丰度来推断维生素的菌群代谢状况。如果是由于菌群的代谢异常，可能直接补充并没有太大效果，这时候优先调节菌群或许是更好的选择。
如果维生素指标都显示正常没有缺乏（如下图），保持常规饮食不需要刻意补充。还想要更健康，指标更接近70的话，可以在数值略小的指标上，针对性地通过饮食进行补充调理。
如果维生素指标中出现个别指标缺乏或偏低（如下图），可以通过饮食针对性地进行改善调整，如果已经出现对应症状，例如缺乏维生素A，同时出现干眼症或者夜盲症等相应的症状，可以使用相应的维生素补充剂进行干预，或者根据菌群代谢通路判别，通过菌群调理进行相应干预。
如果维生素指标中出现缺乏或偏低的指标较多，则需要选用复合维生素，各类维生素之间可能存在协作关系，同时配合饮食、菌群进行干预。
选择补充剂，应优先考虑生产规范良好的产品，比如说可以查看是否有“OTC”标志。
注：本账号内容仅作交流参考，不作为诊断及医疗依据。
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谷禾健康
儿童呼吸系统疾病，包括呼吸道感染、反复喘息和哮喘，是儿童及其以后年龄发病和死亡的重要原因。
而哮喘是其中比较典型的一种，哮喘是全球最常见的慢性疾病之一，是一种复杂的、异质性的免疫介导的紊乱集合，以气道重塑和慢性气道炎症为特征。
▸ 哮喘的危险因素
哮喘的发病机制仍不清楚，但该疾病与多种遗传、环境、感染和营养因素有关。
哮喘的许多危险因素，包括生命早期的抗菌素暴露、配方奶喂养、以及母体接触抗生素怀孕期间，集中在产前和产后早期，儿童过敏性哮喘的发生可能与微生物和免疫发育关键时期的早期肠道微生物群落有关。
动物模型提供的证据表明，生命早期肠道微生物群的组成可能会影响呼吸道免疫以及对哮喘和呼吸道感染的易感性。
在这里我们总结了婴儿（0-12 个月大）肠道微生物群组成与儿童（0-18 岁）呼吸道疾病（即呼吸道感染、喘息或哮喘）之间的关联。
谷禾健康希望通过研究数据，找到更利于儿童健康的菌群数量与种类，有助于为未来的干预研究提供信息和构建更好的健康。
本文主要内容
●生命早期的肠道微生物
●生命早期肠道微生物群对儿童呼吸道疾病的影响
●早期肠道微生物的调理方法
●青少年哮喘的预防与治疗
每个人都可以被视为一个岛屿，由各种栖息地组成，这些栖息地被微生物群落定殖，并遵循创造和塑造当地组合多样性的规则。
不同婴儿身体部位的微生物群组成
Milani C,et al.Microbiol Mol Biol Rev.2017
该图显示了婴儿微生物群组成的关键门在不同身体部位和生命早期不同阶段的相对丰度的全局概览。同心饼图示意性地表示个体间的可变性。
肠道微生物群是体内最大和最多样化的微生物群，包含数十亿细菌（主要生物）、古细菌、真核生物和病毒。
肠道菌群定植从出生时就开始了，在生命的最初几年是高度动态的，在1-3年后趋于稳定。
婴儿肠道核心微生物群
Milani C,et al.Microbiol Mol Biol Rev.2017
该图显示了涉及婴儿细菌核心微生物群的基于 16S rRNA 基因的树。树枝的颜色表示婴儿肠道微生物群的六个主要系统发育组。显示树的每个分支的关键婴儿肠道细菌分类群的电子显微镜图像。
相对于成人或年龄较大的儿童（>1岁）的肠道菌群，婴儿肠道菌群的多样性较低，菌群结构通常不稳定且高度动态。
双歧杆菌通常大量存在于婴儿，特别是母乳喂养的婴儿中，因此被认为是婴儿肠道微生物群的关键成员 。
尽管从婴儿肠道微生物群的初始组合到成人肠道微生物群的建立期间，个体水平的差异很大，但婴儿肠道微生物群可分为六种主要类型。
这种婴儿肠道微生物群的类型是根据肠道微生物群的组成和优势菌群的出现来确定的。详细地说，这些主要群体包括以下：
第1类，由肠杆菌目组成；
第2类，由拟杆菌目和疣微菌目组成；
第3 类，包括Selenomonadales以及梭菌目Pseudoflavonifractor、Subdoligranum和Desulfovibrio的成员；
第4类，包括所有巴斯德氏菌目；
第5类，包括大多数梭菌目;
第6类，包括梭状芽孢杆菌属、厌氧菌属和粪杆菌属、乳酸杆菌属和双歧杆菌属。
Bifidobacterium, Veillonella,
Streptococcus, Citrobacter,
Escherichia, Bacteroides, Clostridium
以上这些菌群在不同个体中主导婴儿肠道微生物群，它们在成人肠道微生物群中也很丰富。
▸ 梭状芽孢杆菌
梭状芽胞杆菌属的成员最近被重新分类为几个属，它们都属于梭状芽胞杆菌纲。这些物种通常存在于婴儿肠道微生物群中的微生物类群中。
▸ 拟杆菌
拟杆菌属。拟杆菌属的成员是成人肠道微生物群的主要成分，尽管它们也可能存在于婴儿肠道微生物群中，它们的存在似乎受到母乳低聚糖（HMO）的调节，其方式类似于双歧杆菌。
母乳低聚糖（HMO）——是母乳中第三丰富的固体成分（仅次于脂肪和乳糖），含量为5~15g/L，具有调节免疫，帮助大脑发育及调节肠道菌群等功能，有助于婴幼儿成长发育。
在小鼠实验中，已显示拟杆菌属的肠道定植。是宿主免疫系统识别和选择的结果，通过Toll样受体 (TLR) 和其他特定微生物-宿主相互作用。该属的成员被归类为能够代谢宿主产生的聚糖（例如HMO和粘蛋白）以及复杂的植物多糖（例如淀粉、纤维素、木聚糖和果胶）的糖破碎细菌。
●拟杆菌的作用
由于细胞外蛋白酶的作用，拟杆菌属物种通常具有蛋白水解活性。拟杆菌属成员利用的其他关键代谢功能包括胆汁酸的去结合。
在拟杆菌属中，脆弱拟杆菌被描述为可以产生多种荚膜多糖的成员，称为多糖A(PSA)，是肠道菌群定植、宿主-微生物串扰或免疫调节的重要介质。
在各种拟杆菌属物种中，预计荚膜多糖会改变细胞表面的物理特性，并在宿主细菌共生中发挥关键作用。
▸ 韦荣氏球菌和链球菌
韦荣氏球菌和链球菌是婴儿肠道微生物群的一个次要成分。
这些细菌具有糖分解作用，利用其他婴儿肠道细菌(如链球菌和双歧杆菌)的碳水化合物发酵的最终产物(如乳酸)产生丙酸，形成重要的营养链。
这种短链脂肪酸被认为是肠道菌群的有益产物，因为它表现出抗炎特征，影响葡萄糖和能量稳态，增加胰岛素敏感性。
链球菌属的特定成员也构成婴儿肠道核心微生物群的一部分，并且是婴儿肠道中最早建立的细菌之一，可以在出生后的最初24小时内被识别出来。
▸ 乳酸杆菌
已知乳酸杆菌存在于婴儿肠道微生物群中，尽管它们在大肠中的数量低于上述细菌属，但在分娩后不久就存在。
乳酸杆菌的后续研究表明，与阴道分娩婴儿相比，剖腹产婴儿在生命的前6个月内的不同时间点的乳酸菌属检出率显著降低。
▸ 阿克曼氏菌
阿克曼氏菌自生命早期就存在于人类肠道中，但是水平非常低，阿克曼氏菌的存在与肠道完整性相关，已知其相对丰度和绝对数量会随着年龄的增长而迅速增加，特别是在断奶后。
小鼠实验证实了阿克曼氏菌对肠道屏障功能的影响，并证明其给药可防止饮食引起的肥胖。最近，还提供了涉及通过特定菌毛相关蛋白的TLR信号传导的机制解释。
临床、母体、喂养方式和环境因素共同塑造了生命早期的肠道微生物群。 对身体更方面都产生了一定影响。
考虑了生命早期肠道微生物群与儿童呼吸道疾病（包括呼吸道感染）之间的关联，在这里汇总了一些之前对肠道菌群与呼吸道疾病直接关联的研究。
肠道微生物的测量：通常通过收集粪便样本来测量，并且可以从多样性和丰度方面进行广泛描述。多样性描述了社区内不同分类群的数量。
探索哮喘或特应性喘息的研究
Alcazar CG,et al.Lancet Microbe.2022
探索呼吸道感染的研究
Alcazar CG,et al.Lancet Microbe.2022
喘息是与感染、过敏或后来的哮喘诊断相关的呼吸道症状。我们发现较高的α多样性与的喘息之间存在关联，这主要发生在阴道分娩的婴儿中。
α-多样性是指每个样本检测到的分类群数量，而β-多样性表示样本之间的组成差异。更细微的比较确定了不同分类水平下细菌或真菌的特定相对丰度。
大型研究（>700 名参与者）报告说，高 α 多样性对哮喘和喘息有保护作用。
探索了α-多样性与哮喘或特应性喘息之间的直接关联：与较低的α-多样性相比，生命第一年较高的肠道微生物群α-多样性与1岁时没有特应性喘息显著相关，并且在5岁和6岁时没有哮喘。
一项研究报告称，5周龄时肠道微生物群成熟度增加，肠道微生物群成熟度下降与6-11岁的哮喘高风险相关；还有两项研究报告了12个月时未成熟的肠道微生物群与5-6岁时哮喘风险增加之间存在一定关联。
基于细菌类群组成随时间的变化探索了健康参与者肠道微生物成熟度，并将该微生物群成熟度与儿童呼吸道疾病参与者的微生物群成熟度进行了比较。
总体而言，有证据表明双歧杆菌在3个月前婴儿的粪便中的相对丰度较低，与1岁时的呼吸道感染和4-5岁时的哮喘有关。
在3-12个月时的粪便样本中粪杆菌属、罗氏菌属和瘤胃球菌的丰度较低，与1-6岁时的哮喘和特应性喘息有关。
注意
然而，存在重要的研究限制，包括异质的结果定义和随访时间、残余混杂、小样本量以及异质的生物信息学和统计方法，大多数研究没有报告效果估计。
还有一些研究报告说，在1周龄时，非共生肠道细菌（如克雷伯氏菌和肠球菌）的相对丰度较高与1岁时的呼吸道感染有关； 3 个月时链球菌的相对丰度与 5 岁时的特应性喘息有关；1岁时Rothia或Dialister的高相对丰度与4-5岁时哮喘相关。但是具体作用机制目前还不清楚。
▸ 双歧杆菌增强呼吸道的免疫
双歧杆菌属（Bifidobacterium）是出生后4个月内儿童肠道中最丰富的细菌之一。并且已被证明通过体外和体内的表面相关分子和微生物群衍生代谢物调节个体的全身免疫反应。
在哮喘和呼吸道感染小鼠模型中，特定的双歧杆菌已被证明会影响呼吸道疾病的易感性。
一项研究表明，婴儿双歧杆菌的肠道定植可调节Th1和Th2反应之间的平衡，从而减少诱导小鼠模型中特应性哮喘的症状。
Th1（辅助型T淋巴细胞1）主要是增强吞噬细胞介导的抗感染免疫，特别是抗胞内病原体的感染。
Th2（辅助型T淋巴细胞2）Th2细胞的主要效应是辅助B细胞活化，其分泌的细胞因子可以促进B细胞增殖、分化和抗体的生成。
另一项研究报告称，当受到流感病毒的攻击时，与肠道丰度较低的小鼠相比，肠道丰度较高的双歧杆菌和拟杆菌的小鼠通过增强的CD8 T细胞和调节良好的巨噬细胞反应来提高流感存活率，从而防止过多的气道中性粒细胞流入。
▸ 梭状芽胞杆菌降低呼吸道炎症
Faecalibacterium、Ruminococcus、Lachnospira、Roseburia和Veillonella属于梭状芽孢杆菌类，在4-6个月大的儿童肠道中丰度较高。
已经描述了Roseburia和Faecalibacterium的潜在免疫调节机制，它们产生丁酸盐。
丁酸盐——一种在动物和体外模型中具有抗炎特性的细菌代谢物。
研究发现上呼吸道感染与婴儿粪便样本中丁酸梭菌的丰度降低有关。梭状芽胞杆菌可促进调节性T细胞产生并抑制炎症细胞因子，其中一些与人类全身感染有关。因此，丁酸梭菌对婴儿对感染的免疫反应的潜在抑制作用需要进一步研究。
另一项研究表明，给无菌小鼠接种毛螺菌属、韦荣氏菌属、粪杆菌属和罗氏菌可改善这些小鼠成年后代的气道炎症，但是这些细菌在呼吸系统疾病中的机制作用了解还是较少。
▸ 韦荣氏球菌刺激免疫分化
在我们的研究中，韦荣氏球菌，特别是小韦荣氏球菌（Veillonella parvula），与上呼吸道感染呈正相关，尤其是剖宫产婴儿。Veillonella parvula常见于口腔菌群中，它在口腔和肠道生态系统中都可以观察到。
一项针对120名荷兰婴儿的前瞻性研究发现，在1周大的婴儿中使用 16S V4 rRNA 测序发现了大量的韦荣氏菌操作分类单位，这与出生后第一年的呼吸道感染数量增加有关。
在研究中，Veillonella parvula在人体肠道中产生丙酸盐，这可能会刺激产生IL10的调节性T细胞分化；在小肠中，它会诱导产生IL-8、IL-1β、IL-10和 TNF- α37来影响呼吸道以至于全身的免疫。
▸ 棒状杆菌为呼吸道的致病菌
在剖宫产婴儿中，较高的棒状杆菌属（Corynebacterium）物种相对丰度与较高的上呼吸道感染风险相关。
棒状杆菌属物种通常被列为呼吸道中的致病菌。病例系列表明，痰中的假白喉棒状杆菌是肺部感染的驱动因素，一项来自法国的鼻咽微生物组病例对照研究发现，与健康对照组相比，病毒性呼吸道感染患者的假白喉棒状杆菌富集。
在3个月和1岁收集的粪便中，Faecalibacterium、 Roseburia和Ruminococcus相对丰度较低，与1-6岁的哮喘和特应性喘息相关。
3个月时Lachnospira的相对丰度较低，但1岁时的相对丰度增加也与1-6岁时哮喘和特应性喘息相关。
一项研究显示3个月时Veillonella的相对丰度较低与1岁时的特应性喘息相关，而两项研究报告称3个月和1岁时Veillonella的相对丰度较高与5岁时的哮喘和特应性喘息相关。
✦真菌与哮喘的关系
三项研究探索了真菌和哮喘之间的关系。
在一项研究中，在 1 个月大时测量的念珠菌和红酵母菌的相对丰度较高，而马拉色菌类群的丰度较低。
在另一项研究中，3月龄时Pichia kudriavzevii的相对丰度增加，与4-5岁时的哮喘和特应性喘息相关。
第三项研究却发现真菌成熟度与6岁儿童哮喘之间没有关联。
肠道菌群对哮喘的影响至少部分是由细菌代谢物介导的，这些代谢物可能会影响身体远端的免疫反应。
✦短链脂肪酸降低哮喘致敏性
在人类气道炎症中具有保护作用的最知名代谢物是 短链脂肪酸。1岁时粪便中含有大量丁酸盐和丙酸盐的儿童的特应性致敏性显著降低，并且在3至6岁之间不太可能患哮喘。
✦组胺和氧化脂质影响肺部炎症
与非哮喘志愿者相比，哮喘患者粪便样本中分泌组胺的细菌数量显著高于非哮喘志愿者。
此外，分泌组胺的细菌数量与疾病严重程度相关。然而，在过敏性气道炎症模型中，细菌来源的组胺降低了支气管肺泡液中的总细胞数和肺匀浆中IL-4、IL-5和IL-13的量。
相反，在蟑螂抗原小鼠气道炎症模型中，用12,13-diHOME（一种氧化脂质）对小鼠进行腹腔内治疗会减少肺部调节性T细胞的数量并增加肺部炎症。
建议
越来越多的证据表明细菌在哮喘中的作用，但需要进一步的研究来更清楚地定义所涉及的最重要的物种，并了解哮喘背景下的细菌生态失调是否是疾病的原因或影响。
有必要进行更详细的机制研究，以充分了解生命不同阶段肺和肠道微生物群组成和代谢与特定类型的哮喘炎症之间的复杂关联。
最后，未来的工作应该集中在继续详细描述在哮喘中介导细菌与宿主之间交流的细胞和分子机制。
通常用于预防或治疗不一定由特定病原体引起的感染的抗生素可以有效地消耗肠道微生物群。患有 NEC的新生儿感染肠道微生物的风险很高，抗生素通常用于预防或治疗这些感染。
NEC——新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）为一种获得性疾病，是多种原因引起的肠黏膜损害，使之缺血、缺氧，导致小肠、结肠发生弥漫性或局部坏死的一种疾病。
对于儿童炎症性肠病的治疗，使用单一抗生素对有并发症的患者有益，例如瘘管和脓肿，而广泛的抗生素组合可能会改善临床结果。
注意
在幼儿中使用抗生素存在很大风险。大量证据表明，抗生素会影响我们抵抗感染的能力、免疫系统的功能以及我们加工食物的能力。
肠道微生物群的破坏可能导致长期的健康后果，包括维生素产量减少、营养吸收减少以及糖尿病、哮喘、肥胖和感染风险增加。
口服益生元和益生菌是影响生命早期肠道微生物群发育的最常见方法。
益生元被定义为“选择性刺激肠道微生物群中一种或多种微生物属或物种的生长和活性，从而为宿主带来健康益处”的化合物，而益生菌被定义为“赋予宿主健康益处的活微生物”。摄入足量时会对宿主产生健康影响。
目前可用的益生元包括人乳低聚糖、菊粉、低聚果糖和低聚半乳糖；可用的益生菌包括双歧杆菌和乳酸杆菌属。
✦益生元和益生菌的作用
通过调节肠道微生物群，益生元对宿主产生健康影响。益生菌通过对粘膜和上皮的竞争性粘附、粘膜 IgA反应、抗菌物质的分泌、促炎途径的下调、抗炎细胞因子的产生和免疫系统的调节来增强肠道上皮屏障。
最近的研究表明，益生菌可以预防儿科疾病和障碍的进展，包括过敏、胃肠道感染、肥胖，甚至上呼吸道感染。
干预研究进一步表明，益生菌可以减轻某些疾病的严重程度，但对每种疾病的最佳干预仍然知之甚少。
虽然益生菌在某些情况下可以缓解过敏症状，但它们通常不能有效调节肠道微生物的组成。有证据表明，嗜热链球菌和双歧杆菌的组合可有效预防儿童抗生素相关性腹泻。
此外，合成生物学使益生菌和共生微生物的工程具有新的治疗功能。例如，融合蛋白HSP65-6P277的表达减少了非肥胖糖尿病小鼠中1型糖尿病的发病，而在非肥胖糖尿病鼠中口服重组乳酸乳球菌可改善糖耐量并显著减少胰岛素炎。
建议
尽管益生元和益生菌的应用前景不错，但在未来的研究中，应讨论益生菌和益生素的施用时间、不同菌株和菌株组合的效果、工程、安全性以及这些益生菌与益生素组合是否更有效的确定。
营养素可以通过塑造微生物菌群的组成，对婴儿肠道微生物的定植模式产生短期和长期影响。
越来越多的证据表明，摄入的膳食成分与炎症性肠病、2型糖尿病和动脉粥样硬化的发展有关。肠道菌群的最大变化发生在固体食物的引入，这表明饮食应被视为肠道菌群的核心决定因素。
✦饮食疗法
有趣的是，在中医中，早就有“药食同源”的概念。该概念的一个方面是食物是一种药物，适当的饮食或某些食物可以维持身体的平衡和健康，并预防或减轻某些疾病的发展。
在现代医学中，饮食改变越来越被认为是一种通过改变肠道微生物群来改变全身炎症的相对简单的方法。
早期肠内营养 (EEN) 是一种饮食疗法，已被用作儿童克罗恩病的一线疗法，通过用仅由液体营养素组成的配方代替正常饮食成分，旨在使炎症标志物正常化并诱导临床缓解。
✦高膳食纤维可以减轻呼吸道疾病
此外，另一项研究报告称，喂食高纤维饮食的小鼠可以产生独特的肠道微生物群，从而导致短链脂肪酸乙酸酯水平升高。
高纤维或醋酸盐喂养通过减少与人类哮喘和小鼠哮喘模型相关的某些基因在小鼠胎肺中的表达，显著抑制过敏性气道疾病。
此外，发现肠道微生物不仅与哮喘有关，而且还降低了与哮喘严重程度和炎症表型相关的气道微生物群的多样性和群落组成。
抗炎特性
此外，最近的一些研究证明，膳食纤维具有抗炎特性，这可以部分解释纤维对肠道微生物菌群的影响。 使用临床前模型的几项研究表明，可发酵纤维补充剂通过微生物群诱导的特定抗炎代谢物产生的变化来改变疾病结果。
然而，还需要更多的研究来增加我们对不同饮食如何塑造微生物群和改变健康结果的理解。
粪便微生物群移植（FMT）被定义为将健康供体的粪便悬浮液输注到受体患者的胃肠道中，以恢复肠道微生物群的正常多样性和功能。
粪菌移植的方式：粪便微生物群可通过结肠镜检查、鼻胃管或鼻十二指肠管、灌肠剂或口服胶囊置于患者体内。
由于肠道微生物群宏基因组测序的技术进步以及对其组成和功能的日益了解，粪菌移植近年来引起了越来越多的兴趣和关注。尽管粪菌移植仍然知之甚少，但它不再被认为是一种“替代”和最后的医疗实践，现在作为一种具有生物学合理性的有价值的疗法正在获得主流接受。
此外，这种疗法已被证明能够重建正常运作的微生物群落。通过为患者提供来自合适供体的平衡微生物群，纠正了在艰难梭菌感染 (CDI)发病机制中起重要作用的不平衡肠道微生物菌群。
在一系列关于复发性CDI的研究中，85%接受粪菌移植的患者出现症状缓解。此外，考虑到肠脑轴和肠道微生物之间的相互作用，粪菌移植被认为是治疗某些精神疾病的可能方法，例如自闭症谱系障碍。
建议
然而，粪菌移植的微生物组成尚未完全确定。因此，需要澄清与改善临床结果相关的微生物结构或功能特征，以确定优选的组合。
未来的研究应侧重于确定“健康”微生物菌群的范围以及制定评估最佳组成的标准。
5岁至14岁的哮喘患病率约为10%，使其成为全球儿童时期最普遍的慢性病。尽管下呼吸道感染带来了巨大的健康负担，但目前还没有专门针对它们或儿童哮喘被广泛许可的预防策略，所以暂时只能用一般呼吸道疾病的方法来预防。
✦注意空气卫生
注意室内的清洁和空气流通，因为空气中的灰尘和细菌是哮喘病发的主要致敏原，所以应该勤加打扫，减少空气中的尘埃。尽量减少暴露于空气污染的室内和室外。
✦良好饮食习惯
坚持每天喝水，喝水是排出身体毒素的最佳的方法。在日常生活中注意饮食习惯，一日三餐要按时就餐，少吃油腻。
✦良好生活，避免螨虫
哮喘病人要在日常生活中每天要保持良好的生活态度，放松心情。不要在家里养猫、狗、花、鸟等。经常晾晒被褥、换洗床单，避免螨虫孳生。
✦加强自我管理
对于5岁及以上被诊断为哮喘的儿童或青少年，提供哮喘自我管理计划，包括书面的个性化行动计划和教育。
说明污染会引发或加剧哮喘，并在个性化的行动计划中包含尽量减少暴露于室内和室外空气污染的方法。
注：哮喘好发于青少年和儿童，一旦患病，如防治不当，很容易反复发病，随着发病频度的增加，病情会逐渐加重，必将严重影响生活质量和学习工作能力，给个人家庭和社会造成沉重负担。
我们结合当前的研究与认知，提出了一些适用于儿童和青少年新诊断哮喘或当前治疗无法控制哮喘的治疗建议。
✦药物治疗
•SABA
β2受体激动剂（SABA）是一类能够分布在气道平滑肌上的β2受体产生支气管扩张作用的哮喘治疗药物。这类药物属于支气管扩张药，是哮喘急性发作（气道痉挛）的首选药物，能够迅速改善哮喘急性发作时的呼吸困难、咳嗽等的症状。
对新诊断为哮喘的儿童和年轻人（5至16岁），可以提供SABA作为缓解疗法。
对于患有哮喘的儿童和青少年（5至16岁），他们很少出现短暂的喘息和正常的肺功能，也可以考虑单独使用SABA缓解疗法进行治疗。
•ICS
吸入性糖皮质激素（ICS）是目前控制哮喘病的气道炎症最有效的药物，以定量气雾剂、干粉剂或溶液吸入。
在哮喘炎症表型中，通常接受高剂量吸入性皮质类固醇 (ICS) 的中性粒细胞性哮喘患者表现出较少的细菌负荷，其中嗜血杆菌和莫拉菌属、变形杆菌门的成员相对富集，而链球菌的相对丰度降低。
ICS已经成为目前哮喘治疗的第一线治疗，对病人是最为重要的治疗，任何哮喘患者，只要诊断正确，都应该接受ICS的治疗，这是一个长期维持治疗，可以起到气管局部抗炎的效果，改善病情，预防哮喘急性发作。
为儿童和青少年（5至16岁）提供儿科低剂量ICS作为一线维持治疗。
就诊时出现明显表明需要维持治疗的症状（如导致夜间醒来）或单独使用SABA无法控制的哮喘也应使用ICS治疗。
✦风险分层
同时使用风险分层来识别预后不良风险增加的哮喘患者，并使用此信息优化他们的护理。
根据诸如不依从哮喘药物、心理社会问题和反复发作的哮喘计划外护理等因素进行风险分层。
总体而言，有观察证据表明，在生命的第一年，肠道共生细菌属的低α多样性和相对丰度与随后的呼吸系统疾病，尤其是哮喘有关。因此在婴儿早期关注和了解肠道菌群状况对于后面哮喘发生和预防非常重要，进一步研究哮喘患者的肠道和下呼吸道微生物群可能有助于开发更有效的方法来预防和治疗哮喘。
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谷禾健康
在过去的几十年里，生物技术和计算技术的巨大进步彻底改变了我们对微生物群落的理解。特别是，基于16S rRNA和宏基因组测序的研究进一步验证了一个事实，即微生物群不是静态的实体，而是动态的生态系统，身在其中的组成成员之间，以及成员与环境之间，都在以各种方式进行相互作用。
在这些研究过程中产生了大量的关于微生物相互作用的机制和环境依赖性的数据，也出现了许多专门储存单一类型或进行了部分分类整合的数据库。但由于是以不同的标准去整理的数据，所以很难共享。
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本文研究人员提出了一套体系，用于微生物组数据管理，简称FAIR (findable, accessible, interoperable, and reusable)，即可查询、可访问、可交互和可重复使用。这些原则于2016年首次正式提出。
首先基于可查询和可访问的原则，需要数据库，它能存储现有数据也能继续转化新的数据。这个平台可以是自己从零开始设计，可以是使用现成的数据库构建工具作为辅助(比如mako软件)，也可以是直接使用已有的数据库，比如GloBI。
关于数据获取，文中列出了一些资源，都是目前广泛使用或者比较独特的，如下表：
其次基于交互性和可重复使用的原则，需要将大数据拆分为一个个子集，每一个子集都应该是能满足大量用户的第一需求或者说是第一想了解的信息点。基于此，研究人员提出了四类元数据作为起点：
1. 微生物实体
应提供参与相互作用的每种微生物的物种（和菌株，如果相关）名称。
示例：
2. 相互作用的推理方法
使用不同的方法来指示高度相关的元数据。
示例：
3. 相互作用的上下文语境
一些环境背景，如生物群落（例如，宿主相关的、合成的）。
示例：
4. 属性，用于定义互作关系的类型
如合作、对抗、关联、成对或高阶等。
示例：
最后，文章中给出了依照FAIR体系研究微生物互作关系的可拓展性。
如下图，通过研究微生物相互作用和相关性(A部分)而产生的多种类型的元数据(B部分)，这些元数据(DT)，例如真菌细菌或噬菌体细菌的培养实验数据(DT1)，扩增子序列或OTU计数的相关性(DT2)，两个或两个以上物种基因组尺度代谢网络的通量平衡模型(DT3)，直接比对到特定数据库(DT4)。
遵循FAIR里的四个原则来解析微生物互作内容(C部分)，解析结果如D部分，得到一个可能的相互作用网络关系图谱。
同时，C部分的内容可以横跨不同领域，为不同领域的专家提供信息，例如E部分，建模者可以更容易确定具体的互作以便真实的模拟生态动力学，而实验人员可以评估是否有新的互作在其他宿主或上下文中被报告。
以上内容，是研究人员基于自身经验归纳总结的，研究人员也指出在此概述的实践、标准和示例并不是详尽无遗的，文章旨在促进进一步讨论如何改进微生物相互作用及其属性数据的访问和可用性。希望能进一步的激励各位科学家，共同创建一个共享开放的，拥有统一标准的微生物相互作用资源站。
参考文献：
Pacheco AR, Pauvert C, Kishore D, Segrè D. Toward FAIR Representations of Microbial Interactions. mSystems. 2022 Aug 25:e0065922. doi: 10.1128/msystems.00659-22. Epub ahead of print. PMID: 36005399.
谷禾健康
在过去的几十年里，肥胖患病率的持续快速增长。成为了许多国家的主要医疗保健问题，尤其是在2019年新冠状病毒时代以来。
肥胖是包括心血管疾病在内的一系列疾病不断扩大的风险因素。2型糖尿病、慢性肾病、非酒精性脂肪肝病, 负重过大导致的关节炎，甚至许多癌症都与肥胖有关。
▸ 肥胖的定义
肥胖定义为身体脂肪过度积累到可能对健康产生不利影响的程度。
一般使用体重指数（BMI；体重（千克）除以身高（米）的平方）进行评估。
我国规定的BMI正常范围在18.5-23.9之间，24-27.9为超重，超过28则为肥胖。
肥胖不是单纯的体重增加，而是体内脂肪组织积蓄过剩的状态。肥胖是指一定程度的明显超重与脂肪层过厚，是体内脂肪，尤其是甘油三酯积聚过多而导致的一种状态。
主要原因是由于能量摄入过多或机体代谢的改变而导致体内脂肪积聚过多造成体重过度增长并引起人体病理、生理改变或潜伏。
▸ 引起肥胖的因素
肥胖是一个多因素问题，不仅限于饮食或缺乏运动的原因，还包括遗传、环境和心理社会因素，这些因素通过能量摄入和消耗的生理介质起作用。
肠道微生物组是这些环境因素之一；大约 20年前，在小鼠研究中已经确定了脂肪储存和肠道微生物组之间的联系。粪便微生物群移植研究提供了更切实的证据。
本文结合了最新的学术研究和谷禾健康数据库，涵盖了不同的角度，既关注单个细菌的作用，也特别强调整个微生物组的组成，以试图解开肠道微生物组与肥胖的关系。
让人们更好地了解肥胖以及其发病机制，在此基础上提出一些预防和治疗肥胖的建议，使人们拥有更健康的生活。
本文主要从以下几个方面讲述
●肠道微生物对肥胖发病机制的影响
●菌群代谢物对肥胖的影响
●健康与肥胖人群中的细菌比例
●肥胖与肠道微生物的研究分类
●微生物多样性与人体健康有关
●肥胖与肠道微生物的未来研究方向
●预防和治疗肥胖的一些建议
学术专业用词缩写
PRR—模式识别受体
NOD2—核苷酸结合寡聚化结构域2
FXR—法尼醇X受体
TLR5—TOLL样受体5重组蛋白CDI—复发性艰难梭菌感染
BSH—胆盐水解酶
GLP1—胰高血糖素样肽-1
GPR—G蛋白偶联受体
01
肠道微生物对肥胖发病机制的影响
研究肥胖的发病机制，有助于我们更好地了解肥胖，并以此制定相应的治疗方案。实验研究发现肠道微生物对肥胖的发病机制存在一定的影响。
许多研究已经确定了肠道微生物群与宿主免疫系统之间的关联。其中一个发现是肥胖与肠道微生物引起的慢性低度炎症有关。
肠道微生物群和肠道细胞之间的密切接触是由微生物相关分子模式介导的，这些分子模式可以与上皮细胞和免疫细胞中的模式识别受体 (PRR) 结合。
这些识别受体属于先天免疫系统，控制炎症和免疫反应。PRR还可以检测宿主细胞释放的损伤相关分子模式。
✦革兰氏阴性菌中的脂多糖易引起炎症
脂多糖 (LPS)是革兰氏阴性菌外膜的一种特有成分，由脂质和多糖构成，似乎会引起小鼠的低度炎症。
在这里列举了一些常见的革兰氏阴性菌：
大肠杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌
肺炎杆菌、布氏杆菌
需要注意的是，大部分革兰氏阴性菌对人体都有害
在一项人体研究中进行了类似的观察，其中能量摄入与内毒素血症和伴随的炎症有关。
事实上，与健康对照组相比，在患有2型糖尿病的受试者中，革兰氏阴性菌的数量明显更多。
脂多糖通过脂多糖分化受体14(CD14)和辅助受体 toll样受体 (TLR4）引起炎症，这反过来又导致脂肪细胞产生的促炎细胞因子增加。
●饮食在脂多糖中起重要作用
果胶可抑制脂多糖诱导的单核细胞或树突状细胞中的TLR4活化，而果糖或高脂肪饮食导致含有脂多糖的变形菌增加，瘦素信号与饱腹感和能量平衡紊乱有关，因此失调。
在此列举了一些高果糖高脂食物：
1.蜂蜜和市面上一些甜的饮料果糖含量较高；
2.淀粉类：经油炸加工的馅饼、油条、葱油饼、油糕等食物中，含有大量脂肪与糖分；
2、肉类：用糖汁、糖煎、糖烧的方法进行烹调的红烧肉、炸鸡等，也为高糖高脂食物；
3、奶油制品食物：如奶油蛋糕、奶茶、泡芙等甜品，主要原材料为淀粉与黄油等物质，所以也有较高的糖分与脂肪。
同时还表明，分泌型脂蛋白脂肪酶（LPL）抑制剂血管生成素样蛋白4（一种禁食诱导的脂肪因子）可被微生物群抑制，进而导致分泌型脂蛋白脂肪酶活性增加和白色脂肪组织中的脂肪储存。
✦肽聚糖影响体内平衡
另一个例子是肽聚糖，它是细菌细胞壁的一种成分，对人体内平衡很重要。
核苷酸结合寡聚化结构域2 (NOD2) 是肽聚糖的产物，是一种位于上皮细胞和免疫细胞内的胞质 ，能够感知胞壁酰二肽。
这种胞质对于病原体入侵和几种炎症性疾病期间的免疫反应至关重要，从而调节粘膜细菌定植。
// 一些关于NOD2的研究案例
NOD2缺乏的小鼠在高脂饮食期间显示出脂肪组织、肝脏炎症和胰岛素抵抗增加。因此经常用于糖尿病研究。
在具有功能性NOD2受体的肥胖小鼠中，胞壁酰二肽识别显示可减少脂肪炎症和胰岛素抵抗，而不会减轻体重或改变肠道微生物群组成。
上述案例在一定程度上可以说明NOD2对于减轻肥胖和肠道微生物群稳定具有一定作用。
✦Toll样蛋白受体影响免疫
——Toll样受体5（TLR5）重组蛋白是免疫系统的关键成分，还是单体鞭毛蛋白的传感器，可以检测细菌感染并启动宿主抗菌的防卫反应。
肠道微生物群也通过位于上皮细胞上的TLR5与免疫系统相关联。
免疫系统通过TLR5感知肠道微生物群的组成和肠道微生物群的定位，以避免共生肠道微生物群传播到肠外器官、产毒成员的过度生长以及机会性病原体的过度生长和入侵。TLR5检测鞭毛蛋白会导致白细胞介素-22的产生，从而预防与肠道炎症相关的疾病。
// 关于TLR5影响免疫在小鼠中的研究
与野生型无菌小鼠相比，TLR5缺陷小鼠的胰岛素抵抗和肥胖水平增加。肠道微生物群从这些TLR5缺陷小鼠转移到野生型无菌小鼠也导致这些野生型小鼠代谢综合征的相似特征转移。
一项调查缺乏TLR5受体的小鼠的研究，观察到鞭毛蛋白特异性免疫球蛋白的丢失导致鞭毛细菌增加，包括许多变形杆菌，以及粘膜屏障破坏和炎症增加。
肠道微生物影响宿主免疫的推定机制
Levin E,et al.Therap Adv Gastroenterol.2022
部分肠道微生物群的鞭毛蛋白和脂多糖可以与toll样受体重组蛋白结合，而细胞内NOD2感知肽聚糖。几种短链脂肪酸的产生可以与GPR41和GPR43（2种特异性短链脂肪酸受体）结合，导致PYY（肽YY（一种新的胃肠道激素，具有抑制胃肠运动和胃酸分泌等作用））和GLP-1（胰高血糖素样肽-1）的表达增加。
胆汁酸激活TGR5和FXR（一种胆汁酸的受体）），影响脂质和葡萄糖代谢。脂肪酸，如HYA，调节TNFR2，参与上皮屏障恢复。吲哚通过GLP-1调节和AHR的激活以及与PXR 的结合影响宿主。
注意
事实上，与瘦的人相比，肥胖的人往往有的粪便鞭毛蛋白、更少的粪便抗鞭毛蛋白IgA和更高水平的慢性肠道炎症。
02
菌群代谢物对肥胖的影响
短链脂肪酸
短链脂肪酸(SCFA)主要是微生物厌氧发酵的衍生终产物，对宿主具有多种影响。它是一组少于六个碳的羧酸，包括乙酸盐、丙酸盐和丁酸盐。这些短链脂肪酸及其比例在几种不同的组织中具有多种有益的作用。
✦短链脂肪酸有利于肠道环境的稳态
短链脂肪酸被认为是人类宿主的能量来源和能量调节剂，但它们也有助于维持肠道环境的稳态。短链脂肪酸的细胞外活性主要由G蛋白偶联受体(GPRs)介导。
这些受体在多种细胞上表达，包括肠上皮细胞、脂肪细胞、肠内分泌L细胞、先天免疫细胞和体细胞感觉神经节的神经元。
✦短链脂肪酸会影响饱腹感
短链脂肪酸参与L细胞产生的肽YY和胰高血糖素样肽1(GLP1) 激素的调节。这两种激素都调节神经系统的饱腹感，GLP1在葡萄糖刺激的胰岛素敏感性和分泌中也起作用。
饱腹感也由丙酸盐通过激活脂肪细胞中的游离脂肪酸受体3(FFAR3)来控制，因为这些脂肪细胞会产生瘦素。微生物衍生的丁酸盐和丙酸盐都会诱导肠道糖异生，进而诱导对葡萄糖和能量稳态的有益影响。
✦短链脂肪酸促进能量消耗
研究显示丁酸盐通过游离脂肪酸受体2(FFAR2)的活化刺激棕色脂肪组织的活化，从而显著促进能量消耗。并且脂肪积累被丁酸盐诱导的白色脂肪组织中的游离脂肪酸受体2活化抑制。最后，丁酸盐通过降低肠屏障的通透性来减少上皮细胞中的细菌易位。
在肠道内，短链脂肪酸的产生通过各种中间体发生。不同的物种，在产生这些中间体和最终产物的每个步骤中使用不同的酶，都参与了这个过程。
●2型糖尿病中产丁酸盐菌丰度较低
在2型糖尿病中，许多研究看到的一个共同趋势是，糖尿病患者的丁酸盐生产者（如Roseburia和Faecalibacterium）的丰度低于对照组，这可能取决于饮食。
在肥胖症中也可能如此，短链脂肪酸的过量生产可能会导致更高的能量可用性和摄入量。
事实上，一项比较肥胖与瘦的受试者的研究表明，肥胖者的总短链脂肪酸水平较高，但必须指出，肥胖与丙酸盐水平特别相关。
胆汁酸
胆汁酸是胆汁的重要成分，在脂肪代谢中起着重要作用。 胆汁酸主要存在于肠肝循环系统并通过再循环起一定的保护作用。
许多研究报告了肠道微生物组、胆汁酸和肥胖或肥胖相关疾病之间存在联系。
初级胆汁酸通过两种途径在肝细胞中产生：
产生大部分胆汁酸的经典途径是由细胞色素P450中的胆固醇7α-羟化酶启动的。
替代途径由细胞色素P450中的27α-羟化酶启动。
注：细胞色素P450——一个很大的可自身氧化的亚铁血红素蛋白家族，属于单氧酶的一类，因其在450纳米有特异吸收峰而得名。它参与内源性物质和包括药物、环境化合物在内的外源性物质的代谢。
7α-羟化酶和27α-羟化酶都属于细胞色素P450中的成员。
经典途径中的一种中间体胆固醇7α-羟化酶与总血浆甘油三酯浓度相关，表明肝胆汁酸合成对于调节肥胖者的血浆甘油三酯水平很重要。
胆汁酸的作用途径
产生的初级胆汁酸是胆酸、鹅去氧胆酸和猪胆酸。这些初级胆汁酸与甘氨酸或牛磺酸结合。餐后，这些结合物被分泌到胆汁中并释放以促进膳食脂肪的溶解和吸收。
此后，肠道微生物群使用胆盐水解酶（BSHs）去结合初级胆汁酸。
Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp., Enterococcus spp.和Methanobrevibacter spp.，这些细菌中都含有这些胆盐水解酶。
接下来，这些去结合的初级胆汁酸随后被转化为次级胆汁酸。
注：这是通过肠道微生物群的脱氨基作用和7α-羟化酶的脱羟基化来完成的。
在最后阶段，胆汁酸被回肠远端吸收，完成肠肝循环。产生的次级胆汁酸是脱氧胆酸和石胆酸。这些胆汁酸参与调节能量消耗，以及炎症和葡萄糖代谢和脂质代谢。
这表明这些胆汁酸在肥胖的病理生理学中非常重要，因为与肥胖相关的肠道微生物群的改变包括胆汁酸池大小和组成的变化。
✦不同胆汁酸具有不同的作用
不同的胆汁酸对各种肠道受体具有不同的亲和力，例如与膜结合的蛋白偶联受体(TGR)以及法尼醇X受体(FXR) 。
注：TGR5—是一种G蛋白偶联受体,不仅是胆汁酸的受体，也是多种选择性合成激动剂的受体。
法尼醇X受体（FXR）：一种胆汁酸受体，被特定胆汁酸代谢物激活后发挥转录因子作用，参与调控胆汁酸的合成和肠肝循环，影响机体的糖脂代谢。
在小鼠中，已经表明肠道菌群通过FXR受体促进饮食诱导的肥胖。
在脂肪组织中，脂肪细胞分化受FXR通过促进过氧化物酶体增殖物激活受体γ活性，进而调节脂肪酸储存和葡萄糖代谢。
在棕色脂肪组织中，能量消耗因胆汁酸与TGR5结合而增加，随后产生的环磷酸腺苷会增加参与能量稳态的甲状腺激素活化。
在巨噬细胞中，胆汁酸激活TGR5会导致抗炎反应，因为抑制了NF-κb通路和NLRP3依赖性炎症小体活性。FXR和TGR5受体都存在于相似的细胞中，例如胰岛β细胞和肠内分泌L细胞。
在胰岛β细胞中，正向调节合成和葡萄糖诱导的胰岛素分泌。在肠内分泌L细胞中，观察到相反的效果。FXR的激活导致GLP-1分泌的抑制，而TGR5的激活诱导GLP-1的分泌。
✦饮食会影响胆汁酸的含量
几项研究已经将特定的肠道微生物群改变以及胆汁酸成分的改变与肥胖联系起来，同时考虑到饮食的类型。
与富含精制谷物的饮食相比，富含全谷物的饮食导致血浆胆汁酸含量显著增加，包括牛磺鹅去氧胆酸、甘胆酸和牛磺石胆酸。
这被假设为激活FXR和TGR5受体并影响葡萄糖稳态。事实上，高膳食纤维的纯素饮食与Prevotella丰度较高相关被证明可以增强法尼醇X受体的信号通路
与杂食动物相比，纯素食者的粪便胆汁酸含量也显著降低。当杂食动物的饮食中膳食纤维增加时，观察到粪便胆汁酸显著减少。
//研究证明高脂饮食胆汁酸水平升高
在小鼠中，高脂饮食引起的肥胖导致粪便中脱氧胆酸水平升高。此外，高脂肪饮食略微增加总胆汁酸池，特别是增加肝脏和血浆中的脱氧胆酸和牛磺脱氧胆酸水平。
这些变化与以下菌群的丰度增加相关：
Blautia ↑↑↑
Coprococcus ↑↑↑
Intestinimonas ↑↑↑
Lactococcus ↑↑↑
Roseburia ↑↑↑
Ruminococcus ↑↑↑
另一项小鼠研究调查了胆盐水解酶对法尼醇X受体胆汁酸拮抗剂牛磺-β-鼠胆酸的影响，因为法尼醇X受体抑制会导致对肥胖的抵抗。他们发现，乳酸杆菌水平降低与BSH水平降低相关，因此与牛磺酸-β-鼠胆酸水平升高相关。
事实上，从小鼠盲肠中分离出的L.johnsonii被发现表达产生胆盐水解酶的基因，这些基因专门针对牛磺-β-鼠胆酸，提供了肠道微生物群变化与调节法尼醇X受体和胆盐水解酶基因表达之间的机制联系。
然而，与其他产生类似胆盐水解酶的肠道微生物相比，乳酸杆菌对法尼醇X受体拮抗剂浓度的贡献仍不清楚。
一项调查肥胖受试者的人体研究发现了毛螺菌科的瘤胃球菌家族与甘氨脱氧胆酸的比例和血浆中次级胆汁酸与初级胆汁酸的比例呈正相关。
除此之外，Faecalibacterium prausnitzii与粪便中的异石胆酸水平呈负相关。
一项调查肥胖受试者的研究发现，该组的非12-OH胆汁酸比例降低。在同一项研究中，高脂饮食抗肥胖小鼠的这些非12-OH胆汁酸水平升高。
在高脂饮食易肥胖的小鼠中，这些胆汁酸减少并与肠道微生物群的改变有关。在这里，梭状芽孢杆菌减少的很明显，肥胖与肠道微生物群通过胆汁酸池的大小和组成有关，但在单个细菌、特定胆汁酸剖面和肥胖表型之间还没有明确的联系。
因此，还需要进行更多的研究，以将肥胖与胆汁酸谱和胆汁酸池大小与特定细菌组成谱联系起来。
脂肪酸
除了产生胆汁酸外，一些细菌，包括Lactobacilli和Bifidobacteria，还通过多不饱和脂肪酸的饱和代谢产生代谢物。这会产生中间脂肪酸，如羟基、氧代、共轭和部分饱和反式脂肪酸。
结果表明，与无菌小鼠相比，无特定病原体小鼠的羟基脂肪酸水平要高得多，这表明肠道微生物组的脂质代谢会影响宿主体内的脂肪酸组成，因此会影响宿主的健康。
✦增强抗炎能力，促进屏障恢复
此外，共轭脂肪酸组中的一些脂肪酸对健康有益。体外对树突状细胞的实验表明，共轭亚油酸的异构体抑制脂多糖诱导的白细胞介素12产生并增强抗炎细胞因子白细胞介素10的产生。
一个例子是10-hydroxy-cis-12-octadecenoic acid（HYA），因为它部分调节肿瘤坏死因子受体2 (TNFR2)，从而促进上皮屏障恢复作用。
注：HYA是不饱和脂肪酸的代谢过程中，肠道微生物产生的中间体游离脂肪酸。HYA能够改善与一些细胞中成熟标志物表达相关的抗氧化/解毒防御能力。
✦保护宿主，减少肥胖
另一项研究展示了HYA如何通过G蛋白偶联受体40（GRP40）和G蛋白偶联受体120(GRP120)分泌胰高血糖素样肽-1来减轻高脂饮食诱导的小鼠肥胖。
此外，他们还证实了几种乳酸杆菌属，如
Lactobacillus salivarius和
Lactobacillus gasseri，能够产生相似水平的 HYA，保护宿主免受高脂饮食引起的肥胖。
吲哚
吲哚是吡咯与苯并联的化合物，细菌产生吲哚对人体健康具有重要意义。
✦饮食类型影响吲哚的产生
吲哚是通过降解肠中芳香族氨基酸如酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸的分解代谢产生的。因此，肠道吲哚水平取决于饮食类型。
富含蛋白质的饮食会促进吲哚的产生。然而，富含糖的饮食可能会降低吲哚合成，因为过度消耗糖可能会导致小肠饱和，从而导致更多剩余的糖进入大肠。
由于碳水化合物发酵优于蛋白水解活性，因此抑制色氨酸酶活性导致吲哚合成速率降低。吲哚通过以下途径影响宿主代谢L细胞对GLP-1分泌的调节，表明在2型糖尿病等代谢疾病中发挥作用。
吲哚丙酸（3-Indolepropionic acid）由Clostridium sporogenes产生，它与膳食纤维摄入量呈正相关。
•2型糖尿病会影响吲哚水平
事实上，一项研究发现较高的血浆吲哚丙酸水平与降低患2型糖尿病的风险之间存在关联。
另一项研究发现，与瘦对照相比，患有2型糖尿病的肥胖受试者的吲哚丙酸水平降低。吲哚丙酸显示通过与孕烷X受体结合并随后下调肿瘤坏死因子α来调节炎症。
✦吲哚具有抗肥胖等特性
研究显示吲哚丙酸可降低饮食诱导的肥胖小鼠的肠道通透性。吲哚丙酸也被证明在小鼠中具有抗肥胖活性。
在肠道中，色氨酸可以被肠道菌群用作底物来产生吲哚，但也可以被宿主代谢。在低度肠道炎症（肥胖的一种慢性症状）期间，巨噬细胞中的吲哚胺2,3-双加氧酶活性增加，导致犬尿氨酸的产生水平升高，从而将生产从微生物衍生的吲哚转移。
注：吲哚胺2,3-双加氧酶是人体内色氨酸代谢中的关键酶,可通过介导色氨酸耗竭及其代谢产物调节机体抗肿瘤免疫。
与正常饮食的小鼠相比，高脂肪饮食的小鼠显示出吲哚胺2,3-双加氧酶活性增加。然而，与高脂饮食的野生型小鼠相比，在这种酶被敲低的小鼠中观察到胰岛素耐受性有所改善。
微生物衍生的吲哚，如吲哚乙酸激活芳烃受体，但犬尿氨酸抑制其激活。微生物衍生的吲哚乙酸进一步限制了巨噬细胞中脂肪酸的积累和炎症标志物的产生。
谷氨酸
除了吲哚，谷氨酸也可以影响人体。
——谷氨酸是一种多功能氨基酸，谷氨酸在生物体内的蛋白质代谢过程中占重要地位。除此之外，谷氨酸也是人体兴奋神经递质，不仅参与消化系统和免疫系统，还是大脑健康密切相关。现在强有力的证据表明肠道微生物产生神经活性分子，如神经递质（即去甲肾上腺素、多巴胺、血清素、GABA 和谷氨酸）和代谢物（即，色氨酸代谢物，短链脂肪酸等）维持宿主和细菌之间跨界跨区域交流。谷氨酸代表了在这种跨界交流中活跃的众多神经活性分子之一。
根据对肥胖和瘦受试者的队列进行的全基因组关联分析显示，谷氨酸盐具有潜在危害。
通过进行途径分析，谷氨酰胺/谷氨酸转运系统在肥胖个体中高度富集。这与拟杆菌属（包括B.thetaiotaomicron）的物种呈负相关。事实上，与瘦受试者相比，肥胖者体内这种细菌的数量减少。因此谷氨酸与人体之间也存在一定联系。
•拟杆菌的在高脂饮食中的研究
对多形拟杆菌（B.thetaiotaomicron）在高脂饮食小鼠中的作用的研究表明，编码参与脂肪生成的蛋白质的基因表达较低，而编码参与脂肪酸氧化和脂肪分解的蛋白的基因表达较高。此外，炎症相关标志物的表达也降低。
关于发现与肥胖相关的B.thetaiotaomicron，其效应可能是由于与某些其他物种的相互作用，例如B. uniformis，已知其部分恢复了高脂肪饮食诱导的肥胖效应。
03
健康与肥胖人群中的细菌比例
有研究发现，健康人群和肥胖人群中的拟杆菌门和厚壁菌门比例存在不同。但是将健康受试者与肥胖受试者用拟杆菌与厚壁菌的比例区分开来的一个有争议的话题。
•支持的证据
一项研究调查了遗传易感肥胖小鼠及其接受相同多糖饮食的正常野生型同胞的盲肠微生物群之间的差异。
在肥胖小鼠中，拟杆菌数量减少，而厚壁菌的相对丰度较高。一年后，在比较肥胖和正常时发现了类似的结果。
•反对的证据
然而，同一组在比较正常人和肥胖人双胞胎时观察到了有争议的结果。然而，此处观察到拟杆菌显著减少，与厚壁菌没有关联。
除此之外，使用16s rRNA基因的类似管道和区域重新分析前面提到的文章的数据集和其他公开可用的数据也导致了与拟杆菌与厚壁菌比率相关的矛盾结果。
鉴于人类肠道中这两个门所代表的目、科、属的物种众多，这些门水平上相互矛盾的肠道微生物群结果并不令人惊讶。
另一方面，厚壁菌门是如此广泛，以至于说某个菌属于厚壁菌门，但是不同菌的功能差别很大。
此外，这些门中分类上不同的细菌具有截然不同的属性。拟杆菌门中最重要的例子是普氏杆菌属和拟杆菌属，它们往往相互排斥。当比较多个研究时，将每个门的细菌汇集在一起时，预计会出现相互矛盾的结果。
因此，目前还不鼓励使用拟杆菌与厚壁菌的比例来区分健康人群与肥胖人群。我们在检测实践中也发现部分肥胖人群拟杆菌比例较高。
Prevotella与Bacteroides的比例
在引入肠型后，在拟杆菌门内做出了更合适的区分，即Prevotella和Bacteroides的比率。
与Bacteroides相比，Prevotella个体在食用左旋肉碱时血浆氧化三甲胺浓度较高。
以Prevotella为主的肠道微生物群往往与素食主义或非工业化的富含膳食纤维的饮食有关。这些例子可以在非洲、南美洲或者东南亚狩猎采集者或农村人口进行的几项研究中找到。
✦Prevotella与Bacteroides更利于减肥
研究很好地说明了饮食和环境导致的从普氏杆菌向更为拟杆菌主导的肠道微生物群的转变，来自泰国农村的人移民到了美国。不出所料，这种转变也伴随着体重的增加。
关于减肥方案，这一比例很重要，因为普氏杆菌与拟杆菌比例较高的受试者在膳食纤维含量较高的情况下更容易减肥。
研究发现，给予辣椒素时，拟杆菌量较多的受试者体重减轻更多，在此强调了个性化营养的必要性。
04
肥胖与肠道微生物的研究分类
为了更好更有条理地研究肥胖与肠道微生物之间的关系，需要将微生物进行研究分类。
大多数关于肥胖与肠道微生物群之间关系的研究通常将个体分类群与病理生理途径联系起来，以建立与肥胖的联系。
影响微生物的因素
细菌并不存在于真空中，所以它们的生长速度以及它们能够进行的代谢活动取决于外部环境因素。
这些外部因素包括pH、胆汁酸和底物可用性。所有这些反过来又取决于微生物组分本身；这意味着一种细菌的功能受其周围所有其他细菌的影响。
更直接地说，各种细菌种类依赖于其他细菌种类为它们提供中间底物（其他细菌的废物），并且反过来，依赖于将消耗其自身废物（发酵产物）的其他细菌，以使其从中获得能量的生化转化在能量上有利。
同一物种的不同菌株可能存在很大差异
通常使用不同的分类水平（门/科/属/种）来归因特定的特征和关联，而物种的功能甚至在同一属内，甚至是目前被认为属于不同菌株的细菌。相同的物种，可以有很大的不同。
因此，旨在通过查看更高的分类级别来限制分类组数量的降维策略通常应该优选地限制在类属级别。
同一物种的不同菌株可能具有也可能不具有归因于它们的特定功能，正如在碳水化合物活性酶中观察到的那样。如果高度相似的基因存在于多种细菌中，则可能还会出现冲突模式。
越来越多的研究人员在过去几十年中得出结论，与肥胖相关的有益影响应归因于肠道微生物群中的多个参与者协同工作。而这种关联的紊乱可以被视为生态失调的一种形式。
微生物成员分组
——由于上述个体分类群分析的缺陷使得难以找到特定于健康结果的具有生物学意义的模式，因此创造了两个不同的术语来将个体微生物组成员分组。
▸ 微生物“聚类”
应用了“guild”这个术语，这在宏观生态学中已经众所周知。它包括“以类似方式利用同一类环境资源的一组物种”，后来成为“功能组”的同义词。
通过构建基于微生物丰度协变的共丰度组，给出了一个框架，以更生态有意义的方式解开肠道微生物组与人类健康之间的关系。这将克服目前对基于分类单元的分析和以基因为中心的分析存在问题的各种缺点。
▸ 营养网络
另一个术语称为“营养网络”，营养网络被定义为微生物种群形成代谢相互依赖的生物体的食物网，随着时间的推移以相关的方式稳定地建立。
小结
通过观察微生物聚类或特定的营养网络，可以实现对与健康和肥胖相关的肠道生态学的更有意义的解释。
此外，将数百个分类群聚集到有限数量的微生物聚类或营养网络中将有助于降低维度，从而有可能应用经典统计数据来限制与校正多重测试相关的问题。
尽管基于微生物聚类的方法似乎是一种有前途的方法，在了解肥胖儿童的体重调节方面观察到了附加价值，但与肥胖本身的相关性仍有待阐明。
05
微生物多样性与人体健康有关
α多样性与疾病状态有关
——在区分肥胖受试者和健康受试者时，一个常见的观察结果是他们平均较低的α-多样性。
在许多其他疾病中也观察到相同的情况，例如克罗恩病、肠易激综合征和结肠直肠癌。因此，微生物多样性的丧失通常与各种疾病状态有关。可以说，断奶后肠道α多样性降低是与各种人类状况相关的普遍特征。
在成年人中，较高丰度的细菌（如Akkermansia muciniphila和F. prausnitzii）通常与较高的α多样性相关。
丰富的A. muciniphila与BMI、炎症标志物、脂质合成和总脂肪组织重量呈负相关。
▸ α多样性是什么？
α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此也被称为生境内的多样性。α-多样性是由扩散、局部多样化、环境选择和生态漂移共同形成的。
多样性本身不仅仅是健康的指标，因为多种高丰度的病原体持续存在一般不会让肠道感觉 “幸福”。
相反，更高的α多样性应该被视为存在发育良好和扩展的微生物营养网络，它们共同导致发酵能力的提高。
✦低α多样性下的肠道微生物
富含拟杆菌的微生物群倾向于具有较低的α-多样性值、较简单的营养网络，并且更容易下降。
这种低α-多样性组合物通常富含诸如肠杆菌科、梭杆菌属、链球菌属、瘤胃球菌属和各种拟杆菌属物种的物种。
这种益生菌组合物在肠型方面与拟杆菌2肠型最为相似，最终会是肥胖和2型糖尿病的危险因素。
营养网络被破坏导致α多样性减低
研究表明营养网络的彻底破坏以及由此导致的α-多样性、基因丰富度和肠道发酵能力的极大降低。
调查了（抗生素治疗）危重儿童的肠道微生物群、粪便短链脂肪酸和胆汁酸谱。由于缺乏代谢和发酵能力，这些儿童的初级胆汁酸与次级胆汁酸的比例较高，但短链脂肪酸的产量极低，而碳水化合物发酵的中间产物，如乳酸盐和琥珀酸盐与健康对照儿童相比含量增加。
后一项发现，加上剩余的未发酵糖组分、较高水平的未接触蛋白质和更松散的粪便，突出了肠道中剩余的发酵仍然处于糖分解阶段。
Christensenellaceae营养网络
——一个与高α-多样性和健康相关的特定营养网络
与肥胖受试者相比，体重指数正常的健康受试者的Christensenellaceae水平更高。
Christensenellaceae和寄主BMI之间的关联被认为是最稳健的关联之一。在无菌小鼠体内移植来自人类供体的富含菊苣科植物的粪便可减少肥胖。在富含瘤胃球菌科或厚壁菌的肠型的人中，Christensenellaceae通常很丰富。
如上所述，不应将Christensenellaceae视为一个独特的独立实体，因为它始终与其他细菌和古细菌形成营养网络。
✦Christensenellaceae与古细菌的关联
Christensenellaceae与一种古细菌——Methanobrevibacter smithii 的关联可能是这一营养网络最典型的部分。
M.smithii 从微小梭菌产生的氢气中产生甲烷。如果这种营养网络与低BMI之间存在因果关系，则仍然相当不确定。
除了M. smithii是这一营养网络的一部分外，一项比较意大利瘦弱和肥胖老年人的研究发现，Christensenellaceae、Rikenellaceae和Porphyromonadaceae之间存在相关性。
在日本的一个队列中，调查了不同地区健康成年人的粪便样本，Christensenellaceae与各种其他细菌也与BMI呈负相关。
注意
鉴于α-多样性、瘦弱性和Christensenellaceae细菌营养网络之间的紧密联系，未来将继续从机制上研究这种联系。还应注意的是，该营养网络对于短链脂肪酸生产的重要性尚未确定。
虽然Christensenellaceae和Methanobrevibacter可能仅占总微生物群的一小部分，但它们所代表的核心指示物种的营养网络在不同种族中绝不是一个小角色。这种营养网络，其中各种物种彼此之间非常密切相关，具有肠型定义潜力。
Prevotella stercorea营养网络
另一个营养网络，通常在工业化国家的人们中代表性不足，是Prevotella stercorea营养网络，它可以被视为Prevotella肠型组成中的一个重要因素。
这个营养网络的建立首先是通过观察冈比亚儿童正在发育的肠道微生物群来广泛描述的。P. stercorea与Succinivibrio dextinosolvens和Paraprevotella xylaniphila等形成一个大型营养网络，并且类似地与高α-多样性相关。
✦肠道Prevotella的特征
肠道普雷沃氏菌是一个完美的例子来展示微生物“聚类”和营养网络之间的区别。
在人群范围内的研究中，例如使用多民族队列研究的数据，被定义为肠型普氏杆菌的人通常具有非常高的P. stercorea水平和与P.stercorea营养网络相关的高水平物种。
当在分层聚集的热图中可视化时，P.copri和P.stercorea营养网络中的物种聚集在一起。然而，这种共同发生主要是由于粪便中的Prevotella（包括P.copri、P.stercorea和其他许多普氏杆菌属）和Bacteroides/Phocaeicola.之间的强烈拮抗作用。
P.copri和P.stercorea营养网络在同一环境中表现良好（Bacteroides贫乏），但P.copri的高丰度完全独立于P.stercorea营养网络发展，这可以通过跟踪儿童在前3个年的肠道微生物群成熟情况看出多年生活在一个每个人都会发展出富含Prevotella的肠道微生物群的环境中。
12个月后，P.copri成为优势种并保持优势，而与P.stercorea营养网络相关的物种丰度在生命的前30个月以相互依赖的方式缓慢增加，直到达到稳定水平。推测在P. stercorea的营养网络中存在着各种代谢产物的交换，值得进一步研究，特别是与Prevotella肠型生产短链脂肪酸的能力增加有关。
✦Prevotella与健康相关
与肥胖率上升最快的工业化国家相比，肠型拟杆菌相关的拟杆菌和种类在冈比亚并不多见。
肠道中的Prevotella本身也与较低的BMI相关，并且已观察到低密度脂蛋白胆固醇与肠道Prevotella呈负相关，这表明在非工业化国家，肠道Prevotella与健康有关。
06
肥胖与肠道微生物的未来研究方向
尽管使用大型队列的关联研究对于试图解开与肥胖相关的肠道微生物组的极端复杂性至关重要，但其他几种研究途径也具有潜力，其中一种是粪菌移植。
粪菌移植
▸ 定义
粪菌移植，是将粪便从瘦供体转移到受体。也称为“人类肠道微生物群转移”、“粪便移植”和“粪便细菌疗法”。
✦粪菌移植的作用
粪菌移植已被证明是比抗生素更有效的复发性艰难梭菌感染 (CDI) 治疗方法。然而，与肥胖不同，从病理学的角度来看，CDI是一种相对简单的疾病，其中肠道微生物群的因果关系是明确的。
在一项对患有胰岛素抵抗的肥胖受试者进行的粪菌移植试验中。受试者接受自己的粪便（自体）或瘦供者粪便（同种异体）。短期内在接受瘦供体粪菌移植的受试者中观察到对胰岛素敏感性的有益影响。
进一步研究表明基线肠道菌群有利于粪菌移植的成功。在这里，当接受同种异体粪菌移植时，在α-多样性降低的受试者中，粪菌移植成功率更高。
总的来说，与那些肠道微生物组组成尚未严重恶化的受试者相比，那些α-多样性较低的受试者有更大的改进空间。
✦其他影响粪菌移植的因素
一项研究，其中包括几个调查不同疾病的粪菌移植队列，显示生态变量（如低α-多样性）与临床变量（如抗生素治疗和灌洗）一起在植入成功中发挥作用。
他们进一步表明，通过合并供体样本来增加α-多样性预计不会增加供体菌株的植入，这表明合并供体样本在功能上并不等同于单个高α-多样性供体样本。
对队列进行的分析表明，P.copri对接受同种异体粪菌移植的受试者具有有益的影响。P.copri与BMI、C反应蛋白和空腹胰岛素水平进一步呈负相关。
此外，肠道微生物群的变化可能与特定血浆代谢物水平和血浆单核细胞中DNA甲基化的变化有关，为肠道微生物群影响肥胖相关疾病的机制提供了额外线索。
验证细菌植入的生物学工具
最近开发了几种工具来帮助解开粪菌移植中肠道微生物组与肥胖之间的关系。
为了验证来自瘦供体的菌株是否已移植到受体中，需要进行菌株跟踪分析。比较了七种不同的生物信息学工具，用于在数据集上进行应变跟踪。
减轻肥胖和相关疾病负担有前景的方法
Levin E,et al.Therap Adv Gastroenterol.2022
分析健康瘦供体粪便的微生物组成，以选择具有高 α 多样性（以及其他）的供体，这可以被视为存在复杂的健康相关营养网络的标志。
如果合适，然后将高α多样性供体的粪便转移到肥胖的接受者身上，这可能会减轻低度炎症。在粪菌移植之后，使用菌株追踪在接受者的粪便中追踪肠道微生物群基因组中特定位置的特定SNP的供体菌株验证。
在这里，观察到概率工具在宏基因组测序数据上表现最好。然而，随着最近开发的两种新的应变跟踪工具，这一技术领域仍在快速发展。
其中一个工具是基于物种特异性标记基因中的单核苷酸变体跟踪菌株，另一个是先前发布和改进的进一步构建工具，应用应变跟踪方法。
在接受粪菌移植后调查了受体中的菌株植入，观察到供体和受体特异性菌株可以共存。与此同时，发现肥胖受试者的粪菌移植胶囊会导致微生物群落组成发生变化，从而导致受试者从一种肠型转变为另一种肠型。这随后改变了菌群的代谢潜力。微生物组向供体的转变与α多样性呈正相关。
此外，肠道微生物群组成的变化在治疗后持续26周。本研究结合了多个供体的粪便，并表明一些供体具有用于移植的高效微生物群，这意味着供体粪便的组成和整个营养网络的转移，而不是添加单个分类群的重要作用。
07
预防和治疗肥胖的建议
预防肥胖
——鉴于肥胖症如此普遍，并且考虑到治疗的难度，预防尤为重要。
为预防超重和肥胖，人们应该根据自己的营养需求进食和饮水，定期锻炼，定期检查体重。
•少吃高热量食物
就营养而言，他们应该少吃高能量密度的食物，多吃低能量密度的食物。由于水分或纤维含量高而能量密度低的食物，如全麦制品、水果和蔬菜，相对来说更能饱腹，能量含量也较低。地中海饮食有助于预防超重和肥胖。
还应减少酒精、快餐和含糖饮料的消费。快餐通常含有高比例的脂肪和糖，因此能量很高。不仅是加糖的饮料，还有果汁和果汁饮料，含糖量也很高。
•避免久坐或不活动
经常坐着看电视或上网和类似活动的不活跃生活方式会促进体重增加。在日常活动和休闲活动中进行锻炼具有预防作用。这个目标最好通过每周2小时以上的以耐力为重点的体育锻炼（使用大肌肉群）来实现。
肥胖的治疗方法
✦饮食疗法
为了减轻体重，目标应该是遵循减量饮食，这将产生约500kcal/天的热量缺口，或在个别情况下更多。
每天500至600kcal的能量缺口将使体重减轻，以约0.5kg/周的速度发生，持续12周最多24周。
低碳水化合物饮食在开始时会比其他饮食导致更剧烈的体重减轻，但一年后就看不到差异了。过去几年的几项大型研究表明，常量营养素组成（脂肪、碳水化合物和蛋白质的比例）与减肥无关。各种减脂饮食可在1至2年内减掉约4公斤。个人经验、知识和资源比营养关系更重要。
✦益生菌帮助减肥
已经证明几种益生菌，单独使用或以共生混合物的形式使用，能够通过物种和菌株特异性机制（例如，肠道微生物群调节、降低胰岛素抵抗、更强的饱腹感）来治疗肥胖。
更具体地说，乳酸杆菌和双歧杆菌物种由于其低致病性和低水平的抗生素耐药性而已成功用于成熟的肥胖动物模型。
益生菌对减肥作用的一些实验
Abenavoli L, et al. Nutrients.2019
与安慰剂组相比，这些治疗导致不同程度的体重增加减少和脂肪累积减少。
所以在一些时候，我们可以利用例如乳酸杆菌等益生菌来帮助我们减肥。
✦增加运动
有效的减肥需要>150分钟/周的运动，能量消耗率为1200至1800kcal/周。单独的力量训练对于减轻体重作用不大。
运动中消耗的能量常常被高估。当使用大肌肉群，强度适中到高，运动时间长时，体重减轻是可以预期的。对照良好的研究和荟萃分析显示，在6至12个月内体重减轻了约2公斤，腹部脂肪减少了约6%.
应该向超重和肥胖的人解释运动的健康益处（代谢、心血管和社会心理），无论体重减轻如何，这些益处都会产生。即使在肥胖个体中，增加运动的健康价值也不仅仅体现在体重减轻上。
✦行为矫正干预
在团体或个人中，基于行为方法的干预应成为减重计划的一部分。
干预的主要目的是改变营养和运动方面的生活方式，并且可以由合格的非心理治疗师进行。如果伴随超重或肥胖的症状更严重，精神科医生或心理治疗师应参与患者管理，并应支持患者进行饮食治疗和锻炼。
08
结语
肥胖和肠道微生物群以多种方式交织在一起。饮食的类型及其数量会影响能量的可用性并因此影响肥胖，但也会强烈影响肠道微生物组，这反过来又可以放大饮食的致肥胖特性，或另一方面提供各种保护性益处。
许多微生物衍生的代谢物，包括短链脂肪酸、胆汁酸、吲哚和其他氨基酸，对健康同样至关重要。过量或缺乏这些，或者更具体地说，在任何这些方式中改变的整体组成，都可能是致肥胖的。
通过本文更好地了解肥胖以及其发病机制与微生物组之间的关系，有助于在日后的生活中更好地应对肥胖，使人人都有一个健康的身体。
主要参考文献
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Canfora, EE, Meex, RCR, Venema, K, et al. Gut microbial metabolites in obesity, NAFLD and T2DM. Nat Rev Endocrinol 2019; 15: 261–273.
Abenavoli L, Scarpellini E, Colica C, Boccuto L, Salehi B, Sharifi-Rad J, Aiello V, Romano B, De Lorenzo A, Izzo AA, Capasso R. Gut Microbiota and Obesity: A Role for Probiotics. Nutrients. 2019 Nov 7;11(11):2690. doi: 10.3390/nu11112690. PMID: 31703257; PMCID: PMC6893459.
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Chauhan, S, Jena, KK, Mehto, S, et al. Innate immunity and inflammophagy: balancing the defence and immune homeostasis. FEBS J. Epub ahead of print 26 November 2021.
Beukema, M, Faas, MM, de Vos, P. The effects of different dietary fiber pectin structures on the gastrointestinal immune barrier: impact via gut microbiota and direct effects on immune cells. Exp Mol Med 2020; 52(9): 1364–1376.
谷禾健康
每个人的一生都会经历很多，从出生到长大，健康到衰老疾病。你的出生、遗传、家庭环境、很大程度上决定的人生起点，日常的饮食、行为习惯决定你的身体成长，一些不同的选择或意外的事件又会让人生有很多起伏和不同。
每个人的菌群和我们的人生一样也是独一无二的，我们菌群的特点反映着不同人各自生活的烙印。从母亲的腹中开始影响和决定了我们最初的菌群，出生方式、喂养的食物、用药等都决定了我们的菌群基数。当我们开始从喝奶到开始摄入辅食，我们的菌群也同样迎来巨大的演变。当我们生病、感染、运动、饮食、社交、虚弱、衰老这些同样反映在我们菌群的变化和演替上。
相对的，当我们更多的了解我们的菌群，善待和改善它们，同样的变化也会出现在我们的身体和生活中。
越来越多的证据表明，年龄与人类微生物群之间的关联很大，肠道微生物群是许多年龄相关变化的核心，包括免疫系统失调和疾病易感性。几个身体部位的微生物组成可以相对准确地预测人类的年龄。
谷禾健康肠道菌群检测数据库中，也有关于肠道年龄预测：
谷禾健康-肠道年龄预测模型图
<来源：谷禾健康肠道菌群数据库>
可以看到，肠道年龄和生理年龄基本是符合的。健康人的肠道菌群年龄恰恰是最符合真实年龄的，与真实年龄差异大意味着肠道菌群出现偏离。
健康的人存在更多样化且平衡的肠道菌群。微生物群中与年龄相关的变化归因于生理，生活方式和健康状况。这些因素中的每一个都与某些菌群的相对丰度变化有关。
例如，饮食、卫生、兄弟姐妹、宠物、过敏、儿童疾病和抗生素是影响儿童微生物组的一些突出因素。到了成年期微生物群相对稳定，而到了老年期，一些有益菌开始逐渐下降，菌群又向另一个阶段过渡。
在从出生到死亡和分解的每个生命阶段，微生物群落都是身体的动态组成部分。研究微生物群的自然和诱导变化有可能彻底改变我们对人类生物学的理解。
本文介绍了健康人的微生物群在一生中的变化，讨论了从出生时菌群构成，到疾病或抗生素使用时的变化，再到死亡时的微生物扩展的各个阶段，以及这些阶段在身体部位和组成（细菌、真菌或病毒）上的差异。了解微生物群与年龄关系的未来研究方向，以此对人体微生物群及基于此的干预有更好的了解。
微生物群落存在于人体的每个粘膜表面，人的每个身体部位都有一个独特的生态学。每个人的微生物群像指纹一样，都是独特的。
在个体内，特定的身体部位、地理位置和个体的年龄与健康微生物群具有极强的关系。年龄驱动人类微生物群的α多样性和β多样性。
在了解各个阶段的微生物群变化之前，我们先了解一个概念：微生物演替。
微生物演替是指微生物群落中一种或多种生物的存在、相对丰度或绝对丰度的变化。
在正常或健康衰老期间，微生物演替的三个主要阶段自然发生在人类生活中。
✦初级演替（出生时先锋菌群定植，快速变化直到童年晚期）
第一阶段，初级演替，从先锋物种首次建立群落时开始，随后微生物群落发生快速变化。从出生到童年，变化率降低，许多中间物种存在于出生到童年晚期之间。
初级演替结束于顶级群落的形成，在青春期实现，并在很大程度上持续到成年；该群落的特征是其相对稳定。
虽然成年期的微生物群比儿童期更稳定，但仍然存在变异，这引发了关于人类微生物群中是否存在顶级群落的争论。成年微生物群的自然变异存在于小时（昼夜节律）到年（老化）的时间尺度上，但微生物群相对稳定，除非存在干扰，如饮食或药物的改变。
✦次生演替（菌群的改变，重建）
下一个阶段，即次生演替，发生在一个先前存在的稳定群落一部分被改变或移除之后，然后群落再生到相同的状态或不同的状态。这可以通过抗生素等医疗手段人为实现，也可以通过霍乱弧菌感染等疾病自发实现。
人类的次生演替的特征是至少有一段时间的随机过程占主导地位。在诱导条件下，如单疗程抗生素，群落遵循类似于初级演替的过程，其中现有微生物群落的一部分充当“微生物记忆”，帮助重建一个类似于以前存在的群落。
这一过程被认为是由核心微生物群驱动的，而不是驱动初级演替的先锋微生物。
✦末期演替（自然衰老和死亡阶段）
最终的末期演替是宿主自然衰老和死亡的一部分。在老年期间，微生物群落再次以更高的变化率，成功产生了一个由更少成员组成的群落，通常变形菌门（也称为假单胞菌）的相对丰度增加，有时占总优势。
研究演替的每个阶段使研究人员能够解决与人类相关的微生物群落是如何形成和维持的。通过了解这些过程，我们可以更好地了解微生物群随着年龄的增长的变化及其与人类健康的关系，了解如何管理微生物群。
人类相关微生物群从受孕到死亡的变化
Martino C,et al.Nat Rev Microbiol.2022
常驻细菌、真菌和病毒的多样性在人类生命的各个阶段都会发生变化。模拟时钟代表每个微生物群落阶段发育的宿主年龄的相对时间。
免疫印记在出生前通过母亲的微生物群及其代谢物开始（第一栏）。先锋物种的初始定殖始于出生，身体部位特定的微生物群落出现（第二栏）。这些群落的复杂性不断增加，直到它们达到相对稳定的群落结构（第三列和第四列）。
这些微生物群落的次生演替可能来自内部和外部扰动（第五栏）。中间微生物重新建立初始群落，并再次达到稳定状态（第六列和第七列）。
在晚年，随着寄主接近自然死亡，群落经历了最后的演替和变化（第八栏）。微生物演替的最后阶段发生在腐败和分解阶段。在此阶段，多样性进一步下降，在最初的24-48小时内，许多人类微生物群结构保持不变，但随后很快开始侵蚀分解（第九栏）。
绿线和蓝线分别显示了微生物演替不同阶段的适应性免疫和先天免疫的相对强度。
不同年龄段的细菌多样性测量
Martino C,et al.Nat Rev Microbiol.2022
美国一个肠道项目集中测量了从儿童到老年的人类粪便（a部分）、口腔（b部分）和皮肤（c部分）微生物群的细菌多样性和系统发育史，该项目包含21919个粪便、1920个口腔和998个皮肤微生物群样本，带有16S核糖体RNA基因扩增子序列。
α多样性，一种对样本中不同类型微生物数量的定量测量，通过Faith的系统发育多样性（PD）α多样性度量跨年龄测量。
UniFrac β多样性主坐标分析，一种用于比较微生物群落相似性的方法，其中空间上接近的点表示相似的样本，空间上远离的点表示不同的样本，按年龄着色。
✦胎儿时期——菌群及代谢物影响免疫发育
塑造人类微生物群的第一个因素来自胎儿发育过程中的母亲。
胎儿通过胎盘接触到母亲微生物群落产生的代谢物，这些代谢物会影响其免疫系统，并会影响正常微生物群和后期病理学的各个方面。代谢物，如短链脂肪酸（乙酸盐）和其他微生物化合物，可以通过胎盘转移到胎儿体内，并影响免疫发育。母亲的饮食和健康也会影响这些代谢物。
胎儿组织中的乙酸盐影响与成人调节性T细胞生成相关的表观遗传印记，其与防止生命后期哮喘的发展相关。
✦出生后——菌群受出生模式，饮食，环境等影响
出生后，微生物群落根据身体部位迅速分化。
在最初的时候，先锋物种和未来4年的群落发展可能会受到出生模式和妊娠时间的影响。中间群落由饮食影响，如母乳或配方奶粉的消费，以及环境。
最后，饮食和环境再次塑造了稳定的顶级群落。主要由真菌、细菌和病毒组成。
子宫内和生命早期的主要演替
微生物代谢物和配体调节宿主芳基烃受体，这有助于塑造新生儿微生物和免疫发育。母亲使用抗生素和胃肠道相关疾病，如炎症性肠病，也被认为会通过胎儿免疫系统的印记增加后代的病理风险。
然而，这些联系仅在非人类实验中研究过。在一个案例中，由患有炎症性肠病的孕妇或其新生儿的微生物群所定殖的无菌小鼠继续发展出异常微生物群和指示炎症性肠病的免疫发育。
✦怀孕期间母体的微生物群与免疫系统的变化
在怀孕期间，母亲的微生物群和免疫系统也发生了改变。母亲的阴道微生物群变得更加多样化，通常由在其他身体部位发现的许多微生物群组成。
孕期母体免疫系统与胎儿形成协同作用，包括通过胎盘转移IgG抗体。
关于出生时获得的微生物群是否通过混合来源于阴道和粪便，或者阴道微生物群本身在出生时是否具有多能性，是否是微生物先驱的主要来源，存在一些争议。
无论确切的母体来源如何，这一阶段的特征是先锋细菌种类。包括下列菌群：
然后这些细菌定居在常规身体部位：肠道、口腔和皮肤。
许多先锋细菌是兼性厌氧菌，它们会消耗氧气，从而使专性厌氧菌能够在以后的每个环境中定居。起初，新生儿的每个身体部位都相对未分化，但先锋微生物很快开始启动身体部位依赖性微生物多样性的级联，至少在生命的第4到第6周，每个部位的细菌都可以很容易地区分。
先锋细菌进驻后，生命早期的微生物群逐渐开始形成。接下来的章节我们来了解生命早期的肠道，口腔，皮肤等各部位的微生物群（包括细菌、真菌、病毒等）。
✦肠道细菌群——双歧杆菌主导
人类肠道细菌群落的发展已经得到了很好的研究。
双歧杆菌属一直占主导地位，直到在生命的第一年结束时，它们被双歧杆菌、梭状芽孢杆菌和拟杆菌属的组合所取代。拟杆菌属的丰度增加，而双歧杆菌属等物种的丰度相对减少。
双歧杆菌分解母乳低聚糖，开始终生影响免疫系统
最近，一项研究发现，双歧杆菌等细菌含有母乳低聚糖分解代谢所需的基因，与婴儿免疫发育之间存在功能联系。特别是，接受Bifidobacterium infantis EVC001极化初始T细胞的婴儿的粪便水与来自对照组的粪便水平不同，其方式与减少肠道炎症有关。
其他菌属也可降解母乳低聚糖（如拟杆菌、阿克曼菌）
到3-6岁时，肠道细菌群落汇聚到整个成年期持续的顶级群落。这一微生物群是已知的密度最大、多样性最强的生态群落之一。通常，在这段时间内，普通健康人中只有两个细菌门占优势：厚壁菌门和拟杆菌门。
✦肠道其他微生物群——真菌、古细菌、病毒
在人类肠道发育过程中，对病毒组、真菌组和古菌组的研究远远少于细菌组。在整个生命周期中，真菌群落所占的总数远远少于细菌组或病毒组。
//真菌群落
真菌群落在生命的最初几天含有大量的Rhodotorula和Debaryomyces,接下来的一个月则是CandidaCryptococcus和Saccharomyces spp.。
到成年时，主要的真菌属是Aspergillus, Candida和Saccharomyces。
//古细菌群落
发育期间肠道的古细菌群落尚不清楚，但古细菌是一些最早的移生菌落，但丰度较低。
早期定植的古细菌包括Methanosphaera和Methanobrevibacter。
// 病毒群落：噬菌体家族在出生后就开始流行
主要由噬菌体组成的病毒群落在出生后的第一周数量众多。噬菌体家族Siphoviridae、Podoviridae和Myoviridae在出生后立即流行，主要以溶原形式整合到细菌基因组中。
到生命的第四个月，有尾噬菌体目大量生长，成员更常为裂解型（传染性噬菌体颗粒或主动复制的噬菌体）。
在成人中，Caudovirales和Microviridae在肠道噬菌体群落中占主导地位，但噬菌体肠道病毒组对个体具有高度特异性，其演替仍有许多未知之处。
与噬菌体不同，感染真核病毒的肠道病毒组主要与儿童和成人的病理相关。最近，在健康儿童和健康成人中也观察到一些感染真核细胞的病毒丰度较低，但其发生时间和流行率尚不清楚。
✦口腔细菌群：出生后几个月逐渐趋于稳定，牙齿形成后再次转变
在出生时，口腔细菌群在以下菌属中的流行率很高：
在接下来的几个月里，Lactobacillus和Fusobacterium也开始流行。Staphylococcus的丰度在出生后3个月左右达到峰值，然后稳步下降，让位与更高丰度的GemellaGranulicatella, Haemophilus和Rothia spp.
牙齿形成后，口腔微生物群再次转变，在成年期具有更高丰度的梭杆菌门， Synergistetes, Tenericutes, Saccharibacteria (TM7), SR1 。
✦口腔其他微生物：成年口腔含产甲烷菌，最常见的噬菌体群是尾状病毒
口腔真菌群落被认为比皮肤和内脏的真菌多样性少。Candida spp.是口腔的第一批真菌定植菌。对中级口腔真菌群落知之甚少，但成年人CandidaCladosporiumAureobasidium
AspergillusFusarium和Cryptococcus spp.的丰度较高。
发育过程中的口腔古菌体尚不清楚，但成年口腔中含有许多古菌产甲烷菌，包括甲烷杆菌属。
目前对人类婴儿口腔中病毒的知之甚少。在成年人中，与肠道类似，最常见的噬菌体群是尾状病毒。
口腔病毒群在本质上通常被视为病理性的（例如柯萨奇A病毒、麻疹病毒、红疹病毒和人乳头瘤病毒），并且没有对病毒群落组成进行纵向研究。然而，在无症状和健康成人中也观察到许多真核病毒分类群。
✦皮肤细菌群落：出生时母亲阴道乳杆菌属占据较多，4-5周与成人相似
皮肤细菌群落在出生时含有大量的母亲阴道乳杆菌属。到第4-5周，婴儿皮肤微生物群与成人皮肤微生物群相似，但在青春期继续变得更具位点特异性。
Staphylococcus和Corynebacterium在不同位点PseudomonasEnterobacterEnterococcus,
Proteus和Klebsiella在特定位点（如腋窝与前臂）。
✦皮肤其他微生物：马拉色菌占比较高，古细菌占4%左右
在皮肤真菌群落中，MalasseziaCandida和 Saccharomyces在生命的前30天最为普遍。对于中间群落的确切组成知之甚少，但成年真菌群落中Malassezia的丰度通常很高，估计约占真菌群落总组成的75%至90%。
关于皮肤古细菌群落的发育情况了解较少，但古细菌约占成年人菌群的4%。大体上，成年人皮肤古细菌群由Thaumarchaeota门和Euryarchaeota门代表。在成人皮肤上也发现了Halobacteriaceae和 Methanobrevibacter。
与肠道和口腔不同，健康的皮肤微生物群拥有相对较少的已知病毒多样性，很少有对其进行研究，可能是由于与低生物量样本相关的技术限制。不过，皮肤上有一些自然存在的病毒群。
以上了解关于生命早期肠道、口腔、皮肤的微生物群，那么哪些因素会给生命早期的微生物群发展带来影响？
在生命的最初几年中，有几个因素塑造并区分了微生物群落的发展。
✦出生方式和母体抗生素的使用
出生方式和母体抗生素的使用是影响人类微生物群落的研究最好、最清楚的因素之一。然而，微生物的发育可能会导致独特的结果，即使是在同居的同卵双胞胎中，这可能是由于许多未知或随机的过程。
通过剖腹产和围产期和新生儿抗生素暴露，自然微生物群落的建立过程可能会在所有身体部位受到干扰。这一发现突出了阴道微生物群落的重要性，阴道微生物群落自然含有大量Lactobacillus spp.，但在青春期发生改变，对女性健康至关重要。
一些最佳样本的婴儿发育研究，通常缩写为DIABIMMUNE ECAM和TEDDY，在婴儿出生后的前2年和3年进行了随访，重点关注抗生素使用或出生方式的影响。
在上述所有研究中，阴道分娩的婴儿的拟杆菌属相对丰度高于剖腹产婴儿。
由于缺乏建立微生物群落的天然先锋微生物群，导致可变的群落组成被认为是由随机过程而不是确定性过程驱动的，出生模式对微生物群落组成的影响直到生命的第四年仍然可见。
出生模式影响的一个例外是早产，可能是由于在出生后的头几天大量使用抗生素，其特点是无论出生模式如何，微生物发育都不稳定。婴儿微生物群自然发育的这种改变与感染、免疫疾病、肥胖和神经内分泌异常的风险增加相关。
✦母乳喂养：母乳低聚糖给菌群带来稳定性
其次，与其他因素相比，母乳喂养对微生物群的发育有很大影响。与母乳喂养相比，配方奶粉的使用导致了更高的多样性和更不确定的微生物群落。
例如，考虑到出生时肠道中双歧杆菌科的自然优势，缺乏某些母乳低聚糖作为主要营养源可能会导致初始定植的不稳定性。然而，微生物群、牛奶代谢组和免疫系统发育的多组学整合是一个活跃且快速发展的研究领域。
除了母乳低聚糖，母乳还含有其他免疫调节化合物，例如革兰氏阴性细菌的脂多糖、分泌性IgA、先天免疫因子、抗菌肽和益生元因子。
最后，所有这些因素都会影响人类免疫发育。微生物相关分子模式识别受体与微生物群衍生分子相互作用，代谢物如短链脂肪酸（与GPR43、GPR41和GPR109相互作用）和次级胆汁酸（与FXR相互作用）直接影响免疫发育。
//
这些因素加在一起，有助于形成一个独特的、相对稳定的细菌、真菌和病毒微生物群落，这种微生物群落在人类生命的大部分时间都持续存在。
前面章节了解了婴儿期初级演替期间发生的巨大变化，与之相比，成年期微生物群基本上是稳定的（15-65岁），但该群落可能会受到干扰，因此本章节从以下三方面展开讨论：
健康成年人中某些细菌的基因组随着时间的推移而进化，表明在次生演替中，功能和组成进化以稳定状态发生。
• 昼夜节律影响菌群变化
成人微生物群也会发生自然的短期变化，时间尺度为一天到数月或数年。
短期变化的一个典型例子是微生物群落组成的昼夜节律。与昼夜节律相关的人类基因表达和免疫激活，以及肠道微生物群中细菌的丰度和组成也遵循这种模式。
在小鼠中表现出昼夜循环的细菌家族包括瘤胃球菌科、毛螺菌科、Muribaculaceae和疣微菌科，但对人体的等效周期知之甚少。
青春期和成年生活中的二次演替
Martino C,et al.Nat Rev Microbiol.2022
• 口腔和皮肤的微生物群随清洗而变化
在口腔中，整组真菌和细菌的每日振幅与刷牙频率一致。在皮肤上，真菌和细菌每天的变化也与洗涤频率一致，并依赖于个人护理产品。
• 饮食会影响肠道微生物群
一个经过充分研究的发生在几周到几年范围内的变化的例子是饮食驱动的肠道微生物群的改变。饮食对微生物群落有很大影响，可以包括群落中的自然和可逆变化。
例如，坦桑尼亚哈扎部落在旱季食用富含肉类和块茎的饮食，但在雨季食用富含蜂蜜和浆果的饮食，在拟杆菌等属中表现出较大的季节波动。
饮食对微生物群形成的巨大影响也可能在人类健康中发挥作用，许多工作致力于了解特定的饮食成分和总体饮食模式如何影响微生物群及其对健康的影响。
肠道细菌喜欢大量的水果、蔬菜、全谷物、橄榄油等健康食物。研究表明，饮食主要由富含纤维的食物（如地中海饮食）组成的人具有更大的微生物组多样性，并且通常更健康。
此外例如，西方饮食中红肉含量高，这与全因死亡率有关。肠道微生物群可能以有害的方式将红肉中富含的左旋肉碱转化为三甲胺，而肝脏则将三甲胺转化为三甲胺氮氧化物，据推测这会促进动脉粥样硬化。
肠道微生物群也可以起到保护作用，例如，在红肉被肠道吸收之前将其分解，以防止炎症。除了饮食，还有许多其他因素有助于形成成年微生物群，包括遗传学、地理、宿主因素，如代谢病和药物。
扩展阅读：深度解析 | 炎症，肠道菌群以及抗炎饮食
• 抗生素对微生物群的影响巨大
由于微生物群的破坏而发生的次生演替已被广泛研究和审查。在破坏微生物群的众多因素中，抗生素是最强的，治疗后的恢复率往往各不相同。
抗生素治疗后肠道微生物群反弹的能力被认为取决于特定的群落成员，如拟杆菌和青春双歧杆菌。
扩展阅读：抗生素对微生物组及对人体健康的影响
细菌的天敌抗生素，如何用好这把救命的双刃剑？
疾病本身也会破坏微生物群，无论这种变化是由微生物群落内部、宿主还是多种因素共同引起的。
• 疾病破坏菌群
——肠道：炎症破坏菌群
肠道中的许多其他疾病，如炎症性肠病，破坏了微生物群落，但没有达到新的稳定群落组成，而是在没有干预的情况下继续长期不稳定。
——皮肤：炎症引起金黄色葡萄球菌大量增殖
在皮肤上，特应性皮炎的特征是免疫介导的炎症引起的金黄色葡萄球菌大量繁殖和细菌多样性减少。在金黄色葡萄球菌大量繁殖期间观察到马拉色菌属的数量减少，反之亦然，真菌数量增加导致金黄色葡萄菌数量减少，这部分可能是由于真菌产生蛋白酶的能力，蛋白酶消化金黄色葡萄球菌生物膜并降低细菌逃避免疫系统的能力。
——口腔：细菌和真菌间的竞争和协同
口腔中也存在类似的跨界相互作用；例如，真菌白色念珠菌的定殖依赖于细菌生物膜，但同时，Pseudomonas和Staphylococcus等细菌属分别形成竞争和协同关系。
这些例子强调了微生物群落的相互作用和演替是如何跨域和与宿主作用的，但由于其高阶相互作用的复杂性质，仍然没有完全理解。
干扰后微生物群落恢复的障碍导致许多研究人员探索有针对性地恢复微生物群落的干预措施的可能性。微生物群落恢复包括定向重新播种或某些物种的富集或耗竭，旨在促使微生物群落恢复到接近扰动前的水平。
这可以通过益生菌、益生元、抗生素或其他药物、从健康个体移植完整的微生物联合体或这些的组合来尝试。
尽管这些疗法在某些特征明确的环境中可以非常有效地恢复健康的微生物群落，但它们往往因缺乏与现有群落相互作用的机理知识，或因其仅短暂移植的能力而受到限制。
为了解决这些，研究集中在两个领域：
第一个领域涉及更好地了解群落是如何组合的。例如，对人类发育的研究有助于确定微生物群落在发育过程中如何聚集，以及这种聚集在生命后期的影响。
其次，正在开发新方法，通过探索微生物群落相互作用来确定机制，包括计算和实验，包括高通量共培养和微生物群落的基因组编辑。
为了解决瞬时性问题，采用了两种主要方法：
首先，微生物群疗法的短暂和个性化影响是由每个人的微生物群的个体性质决定的。因此，精准医学将群落改变的目标定位于每个人独特的微生物群，前景广阔。例如，基于微生物群落组成的个性化营养在盲法随机对照干预中有效地改善了餐后血糖。
另外，超越细菌组，探索病毒组和真菌群落及其之间的相互作用，具有巨大的前景。例如，噬菌体疗法已经用于严重的耐药细菌感染，并且对目标细菌菌株具有高度特异性。但大多数此类干预措施仍处于初步研究阶段，且规模成本高昂。
前面章节我们了解了成年微生物群的变化，以及变化后的恢复情况等，成年稳定微生物群在老年时转变为最终群落，本章节来详细了解老年微生物群。
“老年”的确切时间尺度取决于其他几个与宿主相关的因素，如疾病，但迄今为止大多数文献将“老年人”定义为65岁及以上的人。
接近寿命终点的晚期演替
由于生物编程和生命中损伤的累积而导致的衰老影响细胞功能的各个方面，微生物群也不例外。随着年龄的增长，肠道微生物群α多样性减少，β多样性增加。
关于老年微生物群，仍有许多未知之处，而文献也有些矛盾（一项报告称65岁及以上成年人拟杆菌数量增加，与其他研究相矛盾），大多数研究都集中在肠道细菌上。
老年微生物群：年轻优势菌丰度减少
一般而言，肠道中观察到的群落演替是年轻成年人中占优势和普遍的细菌属丰度减少，如Bifidobacteria, Bacteroides, Lactobacillus, 抵御机会细菌爆发的能力降低。
• 皮肤
在65岁及以上的人群中，genera Cutibacterium和Staphylococcus的皮肤细菌数量减少，同时观察到的Corynebacterium。
• 口腔
在口腔部位，Rothia和Streptococcus spp.是核心口腔细菌群落，PorphyromonasTreponema和Faecalibacterium spp.的数量持续减少。
• 肠道
老年期肠道真菌群落的特征是Penicillium, CandidaAspergillus和Saccharomyces spp.的优势度增加。
在皮肤和口腔部位的研究很少，但老年期皮肤上的Malasseziaspp.和口腔内的Candidaspp.丰度减少。
在肠道噬菌体中，成年期的Siphoviridae占主导地位，而老年期的Microviridae和Podoviridae则占主导地位。与肠道细菌、真菌和噬菌体群体相比，真核病毒的多样性在童年后和整个余生中保持不变。
研究重点
由于个体之间的高度变异性，老年微生物演替的研究重点主要是比较健康和不健康的衰老。
目前尚不清楚微生物群是否在健康衰老中起着机械作用，还是仅仅是其他变量的一个有力指标，如饮食、运动和药物。然而，在那些长寿健康的人中，可以观察到在健康成年人中高度流行的菌群的持续保留方面的共同点。
然而，百岁老人表现出更独特的微生物群，α多样性增加，群落组成的个体间差异更大，使“健康”和“不健康”年龄之间的比较复杂化。次生胆汁酸在百岁老人中含量丰富，也可能在健康老龄化中发挥作用。尽管前景看好，但这一研究领域仍处于起步阶段。
扩展阅读：肠道菌群与健康长寿
• 微生物的演替不会随着个体的死亡而结束
宿主的死亡可以视为微生物群的生态干扰。心脏停止后，组织立即因缺氧而开始分解。细胞功能持续，直到所有剩余的氧气耗尽，二氧化碳不再能够从组织中运输为止。细胞内二氧化碳的积累创造了一个缺氧的酸性环境，导致细胞破裂。
细胞成分，例如酶会泄漏到周围环境中，在被称为“自溶”的过程中进一步促进组织分解。自溶通过消除免疫系统、松开细胞连接并为微生物群提供营养，触发了一系列负责组织分解的微生物过程。
死亡后的微生物群
Martino C,et al.Nat Rev Microbiol.2022
• 死亡后微生物群分解
人类微生物群在死亡后的前24-48小时内相对稳定，具有不同的身体部位微生物生态、年龄的α多样性模式和可识别的个性化皮肤微生物群特征。
在分解的最初几天到几周内，腐败主要由细菌进行，但随着分解的进行，真菌的作用增加。然而，在这个过程中，对病毒组的演替和功能作用了解甚少。
随后，环境变化促进了微生物的演替，改变了人体和微生物群，不再像活着的个体（除非身体被冷冻）。
由于缺乏宿主生活中先前遇到的环境限制，使得微生物的相对丰度发生了快速变化以及在身体各部位的移动。迁移的细菌群成为从肠道转移到肠外部位的先锋物种，根据身体部位参与初级演替或次级演替。
• 死亡微生物群——生物指示器
死亡微生物群因其对法医调查的影响而引起了越来越多的关注。与多个个体和身体部位相关的一致的时间序列模式证明，死后微生物群可以作为死后间隔的生物指示器。
每个尸体的死后微生物群都是独一无二的，并且根据死亡时间、死因、环境、死亡地点和年龄以及开始时身体部位之间的差异，尸体之间的微生物群是不同的。
当微生物演替包括群落成员的快速更替时，在分解的早期阶段（即死亡后的前2-3周），死后时间间隔估计更为准确，但在分解的后期阶段（例如骨骼）仍然有用，因为几乎没有证据可以估计死后时间间期。
• 死亡原因与微生物群存在联系
还证明了与死亡原因和微生物群存在的联系。例如，在死于心脏病的个人的口腔微生物群中发现了的Rothia spp.。
此外，皮肤微生物群脱落可能通过将个人与他们接触过的物品联系起来，从而有助于追踪证据；然而，这一独特特征能够准确匹配到个体的时间取决于对象的材料和用途。
人类微生物群是动态的。考虑到这一点，设计一种能够捕捉微生物群的时间和空间变异性的采样策略非常重要，特别是当这些波动与所提出的科学问题相关时。
✦测量时间不同：多个时间点的样本采集
横断面研究从每个个体收集一个样本，而重复测量研究在多个时间点或身体部位收集样本。随着时间的推移，采样频率应该调整到研究人员试图观察的现象。
例如，小鼠昼夜节律研究通常每2-4小时收集一次粪便样本；而在炎症性肠病中，在一周内对患者进行三到五次采样可以改善疾病分类。
在其他应用中，例如研究特定治疗对个体微生物群的影响，这可能与进行“一对一”研究有关，在该研究中，同一参与者被反复检测其微生物群的结果变化；治疗前采集的样本被视为个体水平的对照。
✦测量空间不同：城市化/农村环境不同
同样重要的是要考虑到人口的微生物群高度依赖于地理和种族。
例如，在一个大型中国群体中，一种与年龄高度相关的微生物在一个美国大型群体中根本没有检测到。
另一个具体的例子涉及城市化社会的“建筑环境”；城市化人群通常较少接触环境微生物，更多地使用家用抗菌剂，与来自农村社会的人类微生物群相比，这导致了重大变化。
这些考虑因素与微生物群领域尤其相关，因为大多数公共微生物群数据来自城市化的北美和欧洲人。因此，现有数据集的结论可能无法很好地推广到全球人口。
从人类微生物群和微生物群研究中生成的测序数据的主要类别是扩增子测序数据和鸟枪测序数据。
✦扩增子测序
在扩增子测序中，对已建立的高变区的PCR产物（扩增子）进行深度测序，从而能够通过与个体“条形码”匹配来识别和测量群体成员。
这里有两种选择：要扩增的基因和该基因的哪一部分要扩增。微生物基因组的常见扩增区域包括：细菌的16S核糖体RNA基因、真核微生物的18S核糖体DNA基因和真菌的内部转录间隔区。
每个特定基因中高变区的选择取决于要捕获的特定微生物，但广泛使用的高变区包括来自地球微生物组项目的V4区。
✦肠道微生物群参与人体的调节
在鸟枪测序中，所有微生物DNA都被测序，而不仅仅是PCR产物，从而能够对微生物进行更具体的分类。由于鸟枪测序不依赖于任何标记基因，因此与扩增子测序相比，它对某些微生物的偏向性较小。
然而，鸟枪测序的成本要高得多，并且需要更大的计算能力，这使得在不需要提高鸟枪序列分辨率的情况下，扩增子测序具有吸引力。
结合其他技术进行扩增子或宏基因组测序可以丰富对微生物群和宿主的理解。定量PCR和荧光激活细胞分选等技术通过将相对丰度锚定到可靠的绝对丰度测量值，为相对丰度提供了更多的背景。
酶联免疫吸附试验和单细胞测序可以通过提供宿主细胞类型或宿主免疫信息与宏基因组测序很好地配对。
培养组学使研究人员能够通过实验验证功能或活性的基因组预测，并将微生物转化为益生菌。微生物产生的代谢物或蛋白质，即微生物群的下游效应物，可以分别通过代谢组学和蛋白质组学进行探测。
最后，宿主基因组学和转录组学越来越多地与扩增子或宏基因组学数据配对，以深入了解宿主基因表达和微生物群之间的联系。
最后，从被调查的参与者那里收集数据至关重要。一般微生物群研究的一些重要元数据类别包括人口统计、临床信息和饮食信息；然而，使用的确切元数据因研究而异。应采用产生标准化元数据的实践，以便结果可重复使用和再现。
本文描述了目前对不同年龄和不同身体部位的人类常驻微生物群落组成的研究现状。
人类健康与微生物群组成之间存在许多联系，对肠道菌群的干预可能改善健康。侧重于整个微生物群而不是单一物种的富集或消除的干预措施，需要了解这些群落是如何形成和维持的。
不同人群年龄，不同部位的微生物群需要依托于大样本数据库的构建，这为微生物群研究的准确性提供了保障。
通过研究人类整个生命周期中的微生物群，我们可以更好地了解这些微生物群复杂的相互作用，以及如何有效地将微生物群推向宿主所需的组成。此外也正应用于除人类健康外的其他领域，如法医学。随着微生物群的相关研究不断突破，将给人类生命健康和生产生活带来巨大的影响。
主要参考文献：
Martino C, Dilmore AH, Burcham ZM, Metcalf JL, Jeste D, Knight R. Microbiota succession throughout life from the cradle to the grave. Nat Rev Microbiol. 2022 Jul 29. doi: 10.1038/s41579-022-00768-z. Epub ahead of print. PMID: 35906422.
Lim, A. I. et al. Prenatal maternal infection promotes tissue-specific immunity and inflammation in offspring. Science 373, eabf3002.
Al Nabhani, Z. & Eberl, G. Imprinting of the immune system by the microbiota early in life. Mucosal Immunol. 13, 183–189.
Helve, O. et al. 2843. Maternal fecal transplantation to infants born by cesarean section: safety and feasibility. Open. Forum Infect. Dis. 6, S68.
Seppo, A. E. et al. Infant gut microbiome is enriched with Bifidobacterium longum ssp. infantis in old order mennonites with traditional farming lifestyle. Allergy 76, 3489–3503.
报告新增以下内容：
菌群构成层级
给出丰度千分之一以上菌门、属及种的桑基层级图。便于快速直观了解菌群构成。
核心菌属构成表
我们将在90%人群检出，人群平均丰度1%以上的菌属为核心菌属，属于人体肠道菌群中最常见和主要的菌属以及主要的益生菌菌属，包含21个属。核心菌属及有益菌累加占总肠道菌群比例低于60%的可能出现肠道菌群紊乱。
表中包含了检测丰度，正常范围，处于人群水平以及正常人群检出比例，以及菌属的说明。如果出现菌属超标，会在表下给出改善方式。
有害菌属构成表
有害菌涵盖了多个包含机会致病菌或与肠道菌群紊乱相关的菌属。
表构成与核心菌属一致
其他重要菌属构成表
其他重要菌属包括人群平均丰度不高，但对肠道菌群健康重要的菌属。
谷禾健康
Blautia （经黏液真杆菌属）
Blautia 是一种最近发现的细菌属，是将几种丰富的胃肠道细菌归类，这些细菌以前属于 Ruminococcus 属。基于表型和系统发育分析，梭菌属和瘤胃球菌属中的一些物种也已被重新归类为Blautia.
Blautia 作为毛螺菌科的一个属，自成立以来，因其对缓解炎症性疾病和代谢疾病的贡献以及对特定微生物的抗菌活性而备受关注。最近的几份报告表明，肠道中Blautia菌的组成和变化与宿主年龄、地理、饮食、基因型、健康状况、疾病状态和其他生理状态等因素有关。
研究人员发现：该属中的物种水平在老年患者中经常减少，在结直肠癌患者的黏膜样本中水平降低，在肠易激综合征 (IBS) 患者中水平升高。
此外，Blautia与内脏脂肪面积负相关，内脏脂肪面积被认为是心血管和代谢疾病风险的肥胖生物标志物。研究还确定了Blautia luti 和Blautia wexlerae 的减少与肥胖个体的胰岛素抵抗有关。Blautia菌通过产生细菌素来防止病原体的定植，并通过上调调节性 T 细胞和 SCFA 的产生而表现出抗炎特性和维持葡萄糖稳态作用。
Blautia. 图片来源：microbiomology
Blautia 属严格厌氧，不能运动，是哺乳动物肠道内重要的核心菌属。Blautia 能够使用氢气和二氧化碳来制造乙酸盐。乙酸是肠上皮细胞的次要能力来源，也是肌肉和脑组织的能量来源，可以抑制病原菌，有抗炎作用。
Blautia菌通常为球形或椭圆形，成对或成股出现，大多数菌株无孢子。Blautia广泛分布于哺乳动物的粪便和肠道中。大多数Blautia菌株的最适温度和 pH 值分别为 37°C 和 7.0。DNA的GC含量约为 37-47 mol%。
培养实验表明，所有Blautia菌株都可以利用葡萄糖，但不同菌株对蔗糖、果糖、乳糖、麦芽糖、鼠李糖和棉子糖的利用能力不同。Blautia发酵葡萄糖的最终产物是乙酸、琥珀酸、乳酸和乙醇，主要生化试验显示卵磷脂、脂肪酶、过氧化氢酶和吲哚的阴性结果。
Blautia菌株的碳水化合物利用特性
Liu X, et al., Gut Microbes. 2021
Blautia属目前根据公布的有效名称物种共计20个，包括：
它们最初被错误分类为Ruminococcus、梭菌属或瘤胃球菌属。
文献中报道的Blautia的所有种
Liu X, et al., Gut Microbes. 2021
该属的组成通过增加新的种和品系而不断更新，但总的来说，Blautia中的种仍形成一个相对稳定和连贯的单系分支。
不同物种首次发现的来源不同，但是主要物种都是从人粪便分离出来的。
例如：Blautia hydrotrophica (B.hydrotrophica)和Blautia stercoris (B. stercoris) 首先是从人类粪便中分离出来的。
B.hydrotrophica 的代谢途径
Blautia hydrotrophica 是革兰氏阳性、无芽孢、球杆菌状细菌，平均大小为 0.7-0.6 毫米。Hydrogenotrophica，意为以氢为食，是指生物体利用 H2 和 CO2 作为生长能源的能力。它将 H2 和 CO2 代谢形成乙酸盐作为唯一代谢物自养生长。该生物体还能够使用几种不同的有机化合物作为底物异养生长。通过葡萄糖和果糖的发酵，乙酸是主要产物，但也可以形成乙醇、乳酸以及较小程度的异丁酸和异戊酸。
B.hydrotrophica的生存环境
B.hydrotrophica的最佳栖息地pH范围为6.0-7.0，温度为35-37˚C。B.hydrotrophica也可能是一种重要的微生物，可替代反刍家畜体内的产甲烷菌，以限制释放的甲烷量。
B.hydrotrophica栖息在哺乳动物的内脏中，有助于分解宿主饮食中原本难以消化的部分，主要是植物材料。膳食多糖和蛋白质的分解是通过微生物群在厌氧肠道环境中发酵完成的。这些微生物群是共生的，这意味着它们的相互作用创造了一个相互关联的食物网。这种代谢食物网的产物是短链脂肪酸，例如乙酸盐、其他有机酸以及 H2 和 CO2 气体。H2 气体的积累实际上可以抑制 NADH 的再氧化，从而减少 ATP 和短链脂肪酸的产生量。据估计，这些短链脂肪酸的代谢产生了人类所需能量的 5%-10% 。Blautia hydrotrophica在宿主新陈代谢中发挥重要作用，因此更好地了解这些微生物可能会导致能够操纵人体能量平衡。
B. wexlerae和B. luti 是Blautia中最丰富的物种，是人类肠道的主要物种之一。
B. wexlerae 治疗代谢疾病
Blautia wexlerae ( B. wexlerae ) 是主要的丁酸盐生产者。动物实验表明，丁酸盐可以改善胰岛素抵抗，减少脂肪堆积。因此，这可能是B. wexlerae抗肥胖的机制之一。B. wexlerae在治疗代谢疾病方面具有发展潜力。
B. faecis DSM33383 菌株预防管理呼吸道疾病
Blautia faecis也是从人粪便分离出来的，细胞染色呈革兰氏阳性、严格厌氧。研究人员已经确定了B. faecis DSM33383 菌株，该菌株降低了 TNF 诱导的肠上皮细胞系 HT-29 产生的 IL-8。在流感后的两个临床前模型中进一步研究了该菌株的作用表明该菌株胃内给药可保护感染了肺炎链球菌的小鼠，并在较小程度上保护鼠伤寒沙门氏菌继发感染。该研究表明，粪杆菌DSM33383 可能是预防和管理呼吸道传染病的有希望的候选者。
B. coccoides参与促炎途径
B. coccoides最初是从喂食高乳糖饮食的小鼠的粪便中分离出来的；Blautia coccoides已通过免疫调节和促炎途径参与多发性硬化，包括与抗原呈递、B 和 T 细胞活化以及补体活化相关的基因的上调。
B. hydrogenotrophica，以前称为 Ruminococcus hydrogenotrophicus，是一种在哺乳动物（人类和反刍动物）的肠道内发现的物种。
B. glucerasei从狗的粪便中分离出来。
另外的物种如B. producta和B. schinkii甚至从痰液、污水和瘤胃中分离出来。
这些发现表明Blautia在肠道和其他微环境中的生存和进化的重要性。
当细菌从膳食成分中产生的代谢物作为底物支持其他物种的生长时，称为交叉喂养。交叉喂养是肠道微生物群中厌氧菌之间的重要相互作用，可影响其代谢途径并有助于其稳定性和生产力。
作为厌氧菌的一个属，Blautia与其他细菌的交叉喂养也在一定程度上有助于代谢调节。
Blautia & R. bromii
一项研究发现，通过使用 0.2% 的抗性淀粉作为能量来源，布氏瘤胃球菌（R. bromii）在 RUM-RS 培养基上可以产生大致相等摩尔比的甲酸、乙醇和乙酸。
注：布氏瘤胃球菌(R. bromii)是存在于人类肠道中的降解抗性淀粉的细菌,富含抗性淀粉的饮食可以增加它的丰度。
然而，在淀粉上与产乙酸细菌B. hydrotrophica进行批量共培养导致甲酸消失，乙酸水平增加。产生甲酸的物种和产生乙酸的物种之间的交叉喂养可能在结肠中短链脂肪酸的形成中起重要作用，并有助于大量产生乙酸。
Blautia & Dorea
在肠易激综合征 (IBS) 患者中观察到 Blautia 菌种水平升高，研究人员推测可能由于由高丰度的Dorea菌产生的较高气体水平，Dorea 是一种可以被 Blautia 使用的细菌。
Blautia & B. bifidum
Blautia hydrotrophica消耗 H2和 CO2通过 Wood-Ljungdahl 途径产生乙酸——当与双歧双歧杆菌共存时，该途径显着激活。B. bifidum (双歧双歧杆菌)作为一种特殊的碳水化合物发酵物种并产生 CO2，它是 Wood-Ljungdahl 途径中的固定底物。因此，在 Blautia hydrotrophica 中观察到的 Wood-Ljungdahl 途径的变化可能是B. bifidum交叉喂养的结果。
备注：Wood-Ljungdahl 途径又称为厌氧乙酰辅酶 A 途径，存在于产甲烷菌、硫酸盐还原菌和产乙酸菌等化能自养的厌氧细菌和古生菌中。
饮食是驱动肠道菌群组成和代谢活动的主要因素，不同种类和数量的饮食以及主要营养素之间的平衡对肠道微生物有显着影响。
酒曲通过糖基神经酰胺作为 Blautia coccoides 的益生元
传统的日本烹饪方法和食，其中包含用非致病性真菌酒曲制备的发酵食品，与日本人的长寿密切相关。一项研究报道，酒曲中含有大量的糖基神经酰胺，并表明在小鼠饮食中添加 1% 纯化的糖基神经酰胺作为益生元1周可以提高小鼠肠道中球状芽孢杆菌的丰度，减少其血液糖水平，并上调其肾腺激素水平。同时发现Blautia coccoides可以将糖基神经酰胺降解为神经酰胺，然后将神经酰胺代谢为脂肪酸和鞘氨醇碱，它们被肠道吸收并产生有益作用。
玉米中提取的膳食纤维F-FOP增加Blautia
将从玉米中提取的膳食纤维 (F-FOP) 添加到喂食高脂肪 (HF) 饮食的小鼠的饮食中，显着增加了小鼠粪便中Blautia的丰度。与 HF 饮食的小鼠相比，F-FOPs + HF 饮食的小鼠表现出体重和组织重量的损失，结果显示Blautia的丰度与肥胖相关代谢紊乱的标志物呈负相关。
低聚果糖、冻干豆浆增加Blautia
在喂食高脂饮食的大鼠中添加 20% 的冻干豆浆会导致大鼠粪便中的Blautia含量增加。
在一项研究中，将 30 只雌性大鼠分为六组，分别喂食酪蛋白或大豆分离蛋白，每组都含有纤维素、棉子糖或低聚果糖 (FOS)。结果表明，两种来源的日粮蛋白质都可以改变大鼠粪便中乙酸浓度和乳酸杆菌的丰度，但无论膳食蛋白质来源如何， FOS都会增加Blautia的丰度。
研究还表明，大鼠肠道酸化可能会抑制次级胆汁酸的形成。
omega-3增加Blautia
在另一项研究中，一名 45 岁的男性志愿者每天摄入 600 毫克 omega-3，持续 14 天，该志愿者的整体肠道微生物多样性下降，尤其伴随着粪杆菌丰度的降低和Blautia丰度的显着增加。
交替饮食和自助饮食增加Blautia
除了食物，人们的饮食方式也会塑造肠道菌群。与普通饮食相比，交替饮食和自助饮食可以提高肠道菌群中Blautia菌属和瘤胃球菌的丰度，此外还会引起一些宿主代谢相关参数的变化。随着全基因组测序的发展，未来的研究可以检验各种饮食如何调节Blautia的代谢活动并改善宿主健康。
在生命的不同阶段（即从童年到成年再到老年）的过渡期间，肠道微生物群会发生显着变化。使用高通量测序对 367 名 0-104 岁健康日本受试者的粪便样本进行的横断面研究报告称，日本成年人（21-69 岁）的肠道微生物群含有高丰度的Blautia和Bifidobacterium和低丰度Bacteroides。此外，与成年人相比，老年人的微生物组多样性和个体微生物丰度降低，包括Blautia丰度降低。这种现象可能与年龄相关的免疫功能下降（称为免疫衰老）有关，并伴有许多与年龄相关的疾病，包括慢性低水平炎症。
Blautia wexlerae和Bifidobacterium pseudocatenulatum的丰度在成人型肠道微生物群中显着更高，而在老年型肠道微生物群中观察到兼性厌氧菌（如大肠杆菌）的丰度更高。这些发现表明，通过增加会随着年龄增长而减少的菌群，将肠道微生物群从老年人型转变为成人型，可以预防与年龄相关的疾病的风险。
最近的一项研究分析了来自亚洲温带和热带地区五个国家的城市或农村地区的 303 名学龄儿童粪便样本中的微生物群落特征。儿童肠道菌群分为普氏菌属（P型）和双歧杆菌/拟杆菌属（BB型）两组。中国（包括台湾地区）、日本等温带地区儿童肠道菌群多为BB型，泰国、印度尼西亚等热带地区儿童肠道菌群多为P型。值得注意的是，Blautia 在 BB 型肠道菌群中显着富集，占总 BB 型细菌组成的 10%，但仅占总P的 5%。
一项研究指出，日本人的主要肠道菌属是双歧杆菌和梭状芽孢杆菌。在美国人、中国人、法国人和西班牙人中存在拟杆菌属；在澳大利亚人中是Blautia。据报道，地理位置之间人类肠道微生物多样性的差异在很大程度上与遗传、生活方式和饮食有关。
有趣的是，据报道Blautia在双胞胎遗传中具有很强的分类关联。一项研究收集了七种宿主的粪便样本，包括人类、猪、牛、鹿、狗、猫和鸡，并对 16S rRNA 基因的 V6 区域进行了测序。发现Blautiaoligotypes可以准确识别不同的宿主来源，表明该属具有宿主特异性和宿主偏好。
近年来，Blautia对草本植物和功能性食品的生物转化和代谢的研究引起了研究关注。
多甲氧基黄酮 (PMF) 是从山奈和柑橘类水果中分离出来的黄酮类化合物，具有抗癌、抗炎、抗病毒和抗凝血等生物学功能。
研究表明，Blautia菌属通过将 5,7-二甲氧基黄酮 (5,7-DMF) 和 5,7,4-三甲氧基黄酮 (5,7,4-TMF)分别转化为具有生物活性的白杨素和芹菜素，对芳基甲基醚官能团具有水解作用。该菌还具有去糖基化能力，它可以将异黄酮、黄酮和类黄酮代谢成相应的苷元。
作为黄酮类化合物的另一个例子，姜黄素在治疗某些疾病，包括癌症、心血管疾病、糖尿病、肝病和神经退行性疾病方面表现出抗氧化、抗炎、抗病毒、抗菌的有益作用，受到了广泛的关注。
由于姜黄素结构中含有β-二酮，该化合物具有高的疏水性、低的溶解性和“生物利用度”，因此，每天大量摄入姜黄素，可以观察到对健康的促进作用。不幸的是，大量摄入姜黄素可能会产生有害影响并降低疗效，这会导致限制了姜黄素在疾病预防中的应用。
由肠道细菌产生的姜黄素代谢物具有生物效应，而不是姜黄素的原始形式。
据报道，姜黄素是由人肠道细菌Blautia 菌株MRG-PMF1通过甲基芳醚裂解，转化为去甲基姜黄素和双去甲基姜黄素的。有证据表明，未被吸收的姜黄素可以间接调节结肠微生物群，通过产生额外的生物可利用和生物活性分子（如二氧去甲基姜黄素和二甲氧基姜黄素）对多种疾病产生有益的影响。
此外，Blautia sp AUH-JLD56 菌株已被证明可特异性且有效地将牛蒡子苷或牛蒡子苷元生物转化为具有良好自由基清除活性的 (-)-3′-去甲基牛蒡子苷元。 B. glucerasei sp. 产生一种特定的细胞外葡萄糖神经酰胺酶，将葡萄糖神经酰胺水解成功能性物质，对结肠癌具有特定的预防作用。
但是值得提醒的是，Blautia的某些生物转化可能无益，甚至可能有害。某些Blautia物种可以对初级胆汁酸进行 7-α-脱羟基化，并将其转化为次级胆汁酸，如石胆酸和脱氧胆酸。这些物质是诱发结肠癌的致癌物，在溃疡性结肠炎、发育不良或癌症患者的粪便中发现这些物质浓度高。
一般来说，肠道中的细菌代谢不涉及氧气，而是还原和水解，导致形成非极性低分子量产物。在类黄酮转化过程中，Blautia菌种催化的反应包括去甲基化、脱羟基化、O-和 C-去糖基化和 C-环裂解，这可能是由于其相应的酶，如 β-葡萄糖苷酶和 O-糖苷酶。因此，深入开发Blautia对生物转化的探索对于开发用于食品补充剂的新酶和生物活性代谢物至关重要，并为人体肠道微生物组的代谢组学研究提供有价值的视角。
次级代谢产物是微生物在生长代谢过程中产生的具有生物活性的化合物，广泛用于抗菌抗癌药物、除草剂、杀虫剂等，也是微生物药物开发的重要来源。如双歧杆菌产生的细菌素对单核细胞增生李斯特菌、产气荚膜梭菌和大肠杆菌等病原微生物具有抗菌活性。
Blautia通常具有生产细菌素的能力。通过antiSMASH数据库对次生代谢物的注释，将74株Blautia菌株注释为7类共261个次生代谢生物合成基因簇（BGCs），包括NRPS、sactipeptide、lanthipeptide、bacteriocin、lassopeptide、betalactone、transat-pks。
NRP、sactipeptide、lanthipeptide 通常分布在所有菌株中。NRP 和 PK 是具有多种功能的最丰富的次级代谢产物家族之一，包括参与铁清除的铁载体、提供针对一系列压力因素的保护的色素，以及营养获取、化学通讯和防御反应。
备注：antiSMASH数据库可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物。近二十年来，基因组数据的不断增加，使通过基因组挖掘来获取化合物的生物合成簇成为可能。antiSMASH是该领域最流行的工具之一。自2011年首次发布以来，antiSMASH已成为次级代谢产物基因组挖掘的标准工具，antiSMASH数据库为许多公开可用的微生物基因组提供预先计算的antiSMASH结果，并允许进行高级跨基因组搜索。
Blautia产生的细菌群具有抑制肠道内病原菌定植的潜力，并且它还可以影响肠道微生物群的组成。研究显示B. obeum和B. producta可以抑制产气荚膜梭菌和耐万古霉素肠球菌的增殖，使其成为潜在的益生菌，发挥益生菌功能。
肠道微生物群是一个复杂的生态系统，与宿主疾病的发展、药物代谢、免疫系统调节和其他过程有关。Blautia 作为肠道微生物群中的优势菌属，与宿主生理功能障碍具有显着相关性，例如肥胖、糖尿病、癌症和各种炎症性疾病。
一项研究观察到连续 3 周食用低热量和高蛋白饮食的超重/肥胖非酒精性脂肪肝患者的肠道微生物群组成发生变化和Blautia丰度增加。在另一项研究中，无论是否存在非酒精性脂肪性肝炎，肥胖儿童的肠道拟杆菌属丰度较高，同时Blautia和粪杆菌丰度较低。
在一项基于人群的横断面研究中，研究人员调查了 20-76 岁日本男性和女性的内脏脂肪积累和体重指数与按性别分层的肠道微生物群的关系。发现Blautia是唯一一个其丰度与日本人的内脏脂肪积累呈显着负相关的属，无论性别如何。
Blautia是肠道中常见的乙酸生产者，可通过激活 G 蛋白偶联受体 GPR41 和 GPR43 来抑制脂肪细胞中的胰岛素信号传导和脂肪积累，进而促进其他组织中未结合的脂质和葡萄糖的代谢，从而减轻肥胖相关疾病。
Blautia是有效减肥组女性肠道菌群中的优势菌属，但在减肥无效组中则不然。在另一项研究中，与健康儿童相比，糖尿病儿童的Blautia丰度显着下降。一项横断面研究表明，Blautia，特别是B. luti和B. wexlerae，可能有助于减少与肥胖相关并发症相关的炎症。
肥胖组的Prevotella、巨型单胞菌（Megamonas）、梭杆菌属和Blautia显著增加。
Blautia作为共生的专性厌氧菌属，通过上调肠道调节性T细胞和产生短链脂肪酸，在维持肠道生态平衡和预防炎症方面发挥着重要作用。
IBD患者和健康人的粪便和黏膜菌群分析表明，CD患者盲肠黏膜菌群中Blautia的丰度显着降低。在结直肠癌患者的黏膜粘连菌群中，同样报道了Blautia的丰度降低。
霍乱弧菌通常会导致人类腹泻，但人们对病原体的易感性不同，这可能是由人际微生物组变异驱动的。
发现霍乱患者的肠道菌群与健康个体存在显着差异，其中Blautia obeum与霍乱弧菌的定植呈显着负相关。进一步研究表明，B. obeum基因组中编码胆汁盐水解酶（BSH）的基因可以降低霍乱弧菌tcpA基因的表达，抑制其定植，缓解腹泻。
一项生物标志物分析研究表明，接受异体 BMT 的患者肠道微生物群多样性增加，特别是Blautia属共生细菌的丰度增加，与致死性移植抗宿主病的减少和总生存期的增加有关。
少数研究也报道了Blautia丰度降低与回肠袋-肛门吻合和肝硬化的关系。Blautia作为共生的专性厌氧菌属，通过上调肠道调节性 T 细胞和产生短链脂肪酸，在维持肠道环境平衡和预防炎症方面发挥重要作用。
上述研究表明，Blautia的丰度与某些疾病呈负相关。然而，与健康个体相比，在肠易激综合征和溃疡性结肠炎患者的粪便微生物群中发现了更高丰度的Blautia.
尽管Blautia在各种疾病中的潜在机制尚不明确，但 Blautia丰度仍可作为相关疾病早期诊断或治疗的潜在工具。
老年人特别容易出现食欲不振和营养不良。这可能部分是由于肠道微生物群老化。Blautia属的较低丰度可能与营养不良有关，而来自毛螺菌科、瘤胃球菌科 UCG-002、Parabacteroides merdae和Dorea formicigenerans 的分类群丰度较高与食欲不振相关。食欲不振或营养不良的参与者的粪便乙酸水平降低。
Blautia丰度减少可能会增加慢性低度炎症，并降低通过发酵从饮食中摄取的能量。该结论需要进一步的研究支持。
与对照组相比，来自虚弱组的粪便样本下列菌群具有较高的水平：
Akkermansia, Parabacteroides, Klebsiella
而共生属较低水平菌群如下：
Blautia, Megamonas, Faecalibacterium, Prevotella, Roseburia
在自闭症谱系障碍患有功能性肠胃疾病的儿童中观察到几种与粘膜相关的梭菌显着增加，而 Dorea 和Blautia以及 Sutterella的显着减少。
此外，帕金森病患者子中发现在属的分类水平上，来自 Blautia、Coprococcus 和 Roseburia 属的推定“抗炎” 丁酸盐产生菌在对照组的粪便中明显多于帕金森病患者。
肌肉减少症是一种症状性病症，其特征是由于骨骼肌质量随着年龄的增长而过度损失，导致肌肉力量和身体机能下降。
肌肉减少症伴随着身体平衡差、步态障碍、使用拐杖和跌倒。研究发现与附肢骨骼肌质量/体重 (ASM/BW)与 ASM/BW 呈正相关的Blautia、Bifidobacterium可能有助于增加骨骼肌质量。
Blautia coccoides可能会通过免疫调节和促炎途径参与多发性硬化，包括与抗原呈递、B 和 T 细胞活化以及补体活化相关的基因的上调。与其他疾病一样，在多发性硬化中，肠道菌群失调会增加肠道通透性，从而促进 LPS 的进入。
如何增加（来自文献，证据不是很充分）
食物：
富含 Omega-3 的食物
糙米
大麦
迷迭香
黄酮类
高谷物饮食
益生元或药物：
二甲双胍
黄连素
小檗碱
红花油
丁酸钠
抗性淀粉（II、IV型）
橙子（果胶/黄烷酮）
葡萄籽多酚/酒
亚麻籽
维生素 D3
益生菌：
枯草芽孢杆菌
布拉酵母菌
德氏乳杆菌
鼠李糖乳杆菌GG
长双歧杆菌 BB
例如：一项研究指出富含阿拉伯木聚糖的麦麸提取物会提高Blautia物种的比例 ，这表明有可能设计基于饮食的干预措施，以增加肥胖儿童体内耗尽的这些细菌物种的肠道生态系统。需要对B. luti和B. wexlerae菌株进行临床前和临床干预试验，以明确证明它们对肥胖和糖尿病前期状态的潜在保护作用。
减少Blautia
人类肠道微生物研究的不能忽略的关注之一是研究核心微生物群。拟杆菌、普雷沃氏菌、瘤胃球菌、经黏液真杆菌属（Blautia）、考拉杆菌、罗伊氏菌、吉米菌、粪杆菌、毛螺菌以及梭菌等是世界代表性人群的核心肠道菌群。在目前谷禾健康超过60万的肠道菌群数据库中，肠道微生物群的几个核心肠道细菌普遍存在于超过90%人群粪便中。
Blautia作为一个重要的核心菌属，在肠道中占比丰度，是短链脂肪酸尤其乙酸的主要生产者，对于减肥和抗炎均有重要的积极作用。此外，其属下某些菌株分泌的细菌素可以抑制特定病原菌，这对于当下耐药性问题无疑看到了新方向。
但是经黏液真杆菌属（Blautia）作为一种严格厌氧的细菌，需要苛刻的培养条件和严格的操作程序。因此，将属于该属的细菌用作商业益生菌并不容易。相反，Blautia的益生元底物可以用于健康维护。一些食物成分，例如低聚果糖、乳果糖和日本酒曲糖基神经酰胺，均表明可以增加小鼠体内的Blautia丰度。然而，需要注意的是粪便微生物群的益生元作用也会因人而异。
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谷禾健康
宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌是最常见的妇科癌症。根据最新的全球癌症数据，女性宫颈癌的发病率和死亡率分别居第四位和第六位，而卵巢癌的死亡率居第五位，居妇科恶性肿瘤之首。
此外，随着人类生活水平的提高，肥胖、内分泌失调、环境污染也可能增加妇科癌症的发病率和死亡率。
研究表明，妇科恶性肿瘤患者在发病前和治疗期间表现出肠道菌群的变化，表明肠道菌群与妇科恶性肿瘤之间存在相关性。深入研究妇科癌症患者的肠道菌群变化，可用于妇科癌症的筛查，改善妇科癌症的治疗，改善不良预后。
本文从肠道菌群这个角度出发，介绍肠道菌群与绝经后状态以及妇科恶性肿瘤之间的潜在关系，肠道菌群与早期筛查以及治疗方面的关系，此外还描述了益生菌在妇科恶性肿瘤预防、治疗和预后中的作用。
健康稳定的肠道菌群会抑制癌症的发展，而失调的肠道菌群对身体的保护作用有限，可能会促进癌症的发展，也会对癌症免疫、化疗疗效和预后产生不利影响。
绝经后女性的菌群变化
大多数妇科恶性肿瘤好发于绝经后和老年女性；因此，有必要探讨绝经后女性肠道菌群的变化及相关疾病。
绝经后女性缺乏内源性雌激素会引发一系列问题，例如心血管疾病、骨质疏松症、肥胖、糖尿病、乳腺癌和其他妇科癌症的发病率增加。在绝经过渡期间发现肠道通透性增加；此外，肠道通透性增加与炎症发展之间存在关系。
✦绝经前后女性的菌群变化
绝经后女性的粪便样本显示出与内分泌失调和骨质疏松症相关的菌群变化。
下列菌群减少：
下列菌群增加：
用于对抗这些疾病的激素替代疗法可能会增加雌激素相关癌症的发病率，包括乳腺癌和卵巢癌。因此，有必要分析微生物对雌激素水平的影响，创新微生物辅助疗法或减少激素替代疗法的副作用。
先前的研究报道，非卵巢系统性雌激素水平与肠道菌群的丰度和α多样性直接相关，并可能通过肠肝循环影响其水平。
由此引发思考，是否可以通过人为干预绝经期和绝经后女性的肠道微生物，从源头上控制疾病，降低疾病的发病率。
此外，绝经后女性的阴道干燥和组织萎缩显著影响生活质量。阴道环境状况的改变可能使病原菌更容易从阴道侵入，导致阴道生态失调和妇科恶性肿瘤。
✦ 卵巢和肠道微生物存在直接相互作用
在一项实验中，将卵巢完整且多产的雌性小鼠的粪便微生物移植到卵巢切除的阴道萎缩小鼠体内，萎缩症状显著改善。
这表明卵巢和生殖道状态以及肠道微生物之间存在相互作用。此外，通过粪菌移植改善阴道上皮萎缩症状，可能通过改善阴道上皮萎缩相关的保护作用，对预防妇科恶性肿瘤产生影响。
总之，研究绝经后妇女肠道微生物的变化及其在疾病发展和治疗中的作用，将对绝经后妇女的健康和生活质量产生前所未有的影响。
▸ 宫颈癌
宫颈癌是威胁女性生命和健康的最常见的妇科恶性肿瘤之一。目前对肠道菌群与宫颈癌关系的研究主要集中在宫颈癌患者放疗后肠道微生物及相关肠道疾病的变化。
大多数学者对宫颈癌患者的肠道微生物改变持相似观点。然而，肠道生物标志物的研究存在争议，缺乏相关生物学机制的研究。
✦ 宫颈癌患者与健康个体的肠道微生物差异
通过16S rRNA测序比较，学者们注意到宫颈癌患者和健康个体之间肠道微生物的差异。根据最新研究，下列菌群是鉴定宫颈癌的潜在生物标志物：
然而，不久之后的另一项研究显示了不同的结果。研究结果将下列菌群确定为预测早期宫颈癌的生物标志物：
上述研究为未来宫颈癌早期预测和诊断方式的升级提供了未来方向和催化剂。
✦ 短链脂肪酸能抗肿瘤，产短链脂肪酸菌减少
研究人员发现早期宫颈癌患者肠道中产生丁酸盐的细菌Ruminococcus和Clostridium减少了。
微生物代谢产生的丁酸等短链脂肪酸具有良好的抗肿瘤活性，影响各种有益的过程，如癌细胞的免疫和凋亡。
从而提示肠道菌群与癌症发展之间可能通过特定属的存在或缺失以及数量的改变而间接联系。需要更多的实验来验证肠道微生物和宫颈癌发生之间的相互关系及其在筛查和诊断中的作用。
腹部不适是卵巢癌的标志性症状，且治疗期间胃肠道不良反应明显，因此研究肠道微生物与卵巢癌之间的关系具有重要意义。
肠道微生物的失调与卵巢癌的发展密切相关。肠道微生物疾病促进肿瘤生长并导致异种移植小鼠的上皮-间质转化。
✦菌群失调➝肥胖和雌激素失衡➝卵巢癌
肠道微生物的不平衡与肥胖和雌激素水平相关；肥胖和雌激素失衡是卵巢癌发病的危险因素。这表明失调的肠道微生物可能导致肥胖和雌激素失衡触发卵巢癌。
此外，非肥胖者应调节饮食。高油、高脂肪和高盐的饮食也是不可取的。一项对接受高脂肪饮食的动物的研究报告称，这种饮食可能通过破坏炎症因子的水平来促进卵巢癌的发展。因此，不良的饮食习惯和健康习惯是癌症发生的关键危险因素。
✦肠道菌群影响人对铂类药物的敏感性
对卵巢癌治疗的研究表明，肠道微生物会影响人体对铂类药物的敏感性。化疗会对肠道微生物产生不利影响，例如菌群失调，在患有卵巢癌的患者和动物模型中更为普遍。
此外，与铂类敏感患者相比，铂类耐药患者的肠道微生物菌群失调更为明显，健康相关菌群减少，产乳酸菌的比例增加，包括Coriobacteriaceae和双歧杆菌。
✦失调菌群促进肿瘤生长，降低存活率
除了降低对铂的敏感性外，动物研究还表明，肠道微生物的破坏促进卵巢恶性肿瘤的生长并降低小鼠的存活率。同时也表明肠道微生物的完整性和稳定性调节化疗药物的疗效。
胆汁酸等肠道菌群代谢物可以与宿主药物代谢酶相互作用，从而影响药物配置、药代动力学和药效学。
✦肠道菌群及其产物可能有助于治疗卵巢癌
肠道微生物潜在特征的发现可能为未来上皮性卵巢癌的早期检测、治疗甚至预后提供新思路。肠道微生物及其产物也可能有助于治疗卵巢癌。
分离出四株芽孢杆菌从健康人和癌症患者的粪便中观察到细菌产物抑制卵巢癌细胞的增殖，可能是通过引起细胞凋亡，这些细菌产物将来可能被优化为抗癌药物。
✦肠道菌群有利地影响抗癌药物
此外，一项使用小鼠模型的研究发现，抗癌药物对 肠道微生物有一定的作用，导致革兰氏阳性细菌转移到次级淋巴器官并产生免疫反应。这表明肠道微生物群有利地影响抗癌免疫反应的形成和化疗的疗效。
还应注意卵巢癌治疗后肠道微生物的变化。与卵巢癌术前粪便样本不同，术后粪便样本中拟杆菌门和厚壁菌门的丰度显著降低，而变形菌门的丰度显著升高。化疗组也有类似的变化。这意味着卵巢癌的治疗对肠道菌群有显著影响，肠道菌群与卵巢癌患者的临床预后之间可能存在潜在的相关性。
▸ 子宫内膜癌
子宫内膜癌是一组子宫内膜上皮恶性肿瘤，最常见于围绝经期和绝经后妇女。子宫内膜癌的危险因素包括肥胖、糖尿病和高血压。
子宫内膜癌的发病率不仅在绝经前和绝经后妇女之间存在显著差异，而且在不同发展程度的国家之间也存在着差异。欧洲和北美的发病率高于发展中国家。
研究人员推测，子宫内膜癌的发展可能与由于生活质量和人们饮食改善而导致的荷尔蒙异常和超重的不良后果有关。
✦ 影响子宫内膜癌的发病因素
肠道微生物失调引起的消化吸收中断可能导致肥胖，肥胖的发生可能导致高血压、糖尿病和激素紊乱。这表明肠道微生物与子宫内膜癌之间存在关系。
此外，子宫内膜癌的发病与月经、婚育、吸烟、饮酒等因素有关。不同国家的饮食习惯、婚恋政策和风俗习惯，环境污染，甚至种族差异都可能导致不同的子宫内膜癌发病率。
✦ 肠道菌群能调节女性的全身雌激素水平
由雌激素编码的β-葡糖苷酸酶和β-葡糖苷酸，例如双歧杆菌、梭状芽孢杆菌和乳酸杆菌能够在肠道中发挥作用，调节循环雌激素水平，去除通过胆汁排泄的结合雌激素的葡糖苷酸，以获得游离的雌激素分子。
此外，羟基类固醇脱氢酶也广泛存在于人体肠道中，并参与从胆固醇前体合成雌激素的部分还原过程。
尿液和血清雌激素水平与肠道微生物多样性呈正相关。肠道微生物还赋予外来雌激素样化合物生物活性。例如，肠道微生物能够催化大豆苷元以雌马酚或O-去甲基安果胶的形式代谢。木脂素的有益作用还取决于肠道微生物代谢物肠二醇和肠内酯的活性。
因此，除了女性遗传差异和身体条件改变以及环境雌激素暴露的直接影响在激素水平上，由于不良生活方式、饮食和抗生素滥用导致的肠道微生物生态失调也间接影响雌激素水平，进而促进子宫内膜癌的发生。
最近关于肠道菌群、肥胖、绝经状态、雌激素和子宫内膜癌之间潜在关系的综述也表明，更年期和肥胖可以通过引起肠道菌群失衡引起的雌激素变化来调节子宫内膜癌的发展。
✦ 肥胖导致子宫内膜癌的风险增加和预后更差
一项研究发现，肥胖妇女的子宫内膜上皮细胞显示出大量甲基化变化，与I期子宫内膜癌存在54个重叠的差异甲基化区域。
这表明肥胖通过影响DNA甲基化并导致相关代谢途径的失调而促进子宫内膜癌的发生。肥胖对子宫内膜癌的影响引发了人们的猜测，即减肥手术是否可以通过稳定肠道微生物和雌激素水平来帮助改善肥胖，甚至可能在未来促进子宫内膜癌治疗。
一项相关研究报告称，减肥手术会导致肠道微生物发生变化，产生有益的影响，但不会影响激素水平，而且减肥手术与子宫内膜癌发病率之间没有直接关系。然而，深入研究减肥手术在子宫内膜癌中的潜在作用可能会在未来的癌症研究中有前所未有的应用。
影响肠道微生物的因素及其在妇科癌症中的潜在作用机制
Han M,et al.Front Oncol.2022
不健康的饮食、肥胖、雌激素药物滥用和癌症治疗都会影响肠道微生物的体内平衡，共生菌减少，病原菌增加。
益生菌是在一定剂量范围内对身体有益的微生物。可以在一定程度上改善肠道微生物的生态失调，进而通过影响雌激素水平、癌症免疫、癌细胞增殖和凋亡、耐药性等对妇科癌症产生有益的影响。
益生菌和粪菌移植在妇科癌症中的意义
Han M,et al.Front Oncol.2022
益生菌及其代谢物、基因工程菌株和粪菌移植可以改善肠道微生物环境。肠道微生物环境的改善可以影响雌激素水平，提高癌症免疫力和化疗疗效，增加癌细胞的凋亡，减少癌细胞的快速增殖和药物副作用。
鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）是益生菌领域的一个明星属，具有广泛的应用。鼠李糖乳杆菌在癌症中的潜在作用广泛分为以下几部分。
● 鼠李糖乳杆菌帮助恢复肠道屏障功能
首先，鼠李糖乳杆菌通过增强健康肠道通透性相关基因的表达，调节肠道菌群的动态平衡，保护粘膜并恢复肠道屏障功能，上文也已经提到了肠道菌群对妇科恶性肿瘤的稳态作用。
● 鼠李糖乳杆菌调节免疫
其次，关于人的自我保护，鼠李糖乳杆菌潜在地调节免疫，通过激活或抑制细胞因子表达和病原体入侵引起癌细胞凋亡和抗炎作用。
最终，鼠李糖乳杆菌还可以保护身体免受放射疗法和其他治疗方法的毒性和副作用。
从分泌物或排泄物中分离的细菌（益生菌特性）
一些研究记录了从人和动物的分泌物或排泄物中分离出的某些细菌的抗癌活性。
从母乳中分离的三种潜在益生菌菌株：
还有从猪肠道食物中分离的Enterococcus faecalis por1
以上这些菌群具有益生菌特性，并且可以通过靶向癌基因、防止癌细胞生长、诱导凋亡或调节免疫应答能力来抑制癌症的发展。
研究发现，从Bacillus thuringiensis 4R2中分离出来的parasporin-2Aa1被蛋白酶K激活，诱导来自不同组织的各种人类癌细胞的凋亡，包括子宫内膜癌细胞，但它不影响正常细胞。由于其良好的特性，parasporin-2Aa1可在未来与化疗药物联合使用以减少对正常细胞的杀伤。
益生菌混合物和基因工程益生菌通过靶向免疫系统来促进癌症治疗。
研究发现，经鼻内给药的Lactococci 被设计为表达HPV-16 E7抗原，可刺激细胞介导（分泌IL-12和IFN-γ）和体液免疫系统（产生E7抗体），以预防HPV相关宫颈癌。
此外，口服含有特定鼠李糖乳杆菌、嗜酸乳杆菌和乳铁蛋白RCXTM的益生菌混合物可调节阴道和全身的先天性和适应性免疫反应，削弱Gardasella vaginalis诱导的阴道病，并预防由炎症引起的妇科癌症。
● 雌激素过多或过少都可能影响妇科癌症
雌激素缺乏会影响女性的健康，然而，不适当的雌激素补充也可能导致包括乳腺癌和子宫内膜癌在内的疾病。因此，益生菌与激素相关药物联合用药是未来雌激素缺乏研究的热点。
具有选择性雌激素受体亲和力的生物可利用异黄酮在预防和治疗因雌激素缺乏引起的骨质疏松症方面具有潜力，同时最大限度地减少或消除其致癌副作用。
● 益生菌调节癌症治疗副作用的预防和管理
通过放射疗法治疗宫颈癌的一种可能的急性副作用是辐射引起的腹泻。许多实验表明，补充益生菌包括乳酸乳杆菌、动物双歧杆菌和嗜酸乳杆菌可以最大限度地降低宫颈癌患者放射引起的腹泻的发生率和严重程度。
上述研究大多基于现象，需要深入研究来证明结论的准确性。益生菌在妇科肿瘤治疗中的作用机制研究尚缺乏，有待进一步探索。
微生物本身没有好坏之分；它们分为对宿主有益和有害的细菌，导致微生物对宿主产生双重作用。
菌群失调和病原菌入侵促进癌变，不利于妇科恶性肿瘤的后期治疗。然而，维持菌群稳态和益生菌的应用可以抑制癌症。
肠道微生物的有效利用对妇科恶性肿瘤的未来具有重大影响。以上研究促进了妇科恶性肿瘤微生物学方面的进步；但是，还存在样本量小和机制研究不完整等缺点。
更多研究应增加样本量，考虑影响结果的所有相关参数，并侧重于研究机制和临床效果，以便更好地延长妇科恶性肿瘤患者的生存时间，提高生存率和生活质量。
关于妇科癌症预防治疗的建议
▸避免或减少肉类、乳制品和饱和脂肪
总体而言，病例对照研究发现，尤其是与红肉相关的子宫内膜癌风险增加。一项研究队列发现血红素铁（在红肉和白肉中都存在）与肝脏消耗和子宫内膜癌之间存在显着关系。对脂肪摄入和子宫内膜癌的剂量反应分析得出结论，将总脂肪摄入量增加 10% 的卡路里会使患这种癌症的风险增加 5%。
然而，饱和脂肪摄入量增加 10 克/1000 大卡与更大的风险相关（17%）。也就是说饱和脂肪对增加子宫内膜癌风险的影响是其他类型脂肪的三倍以上。
▸避免生的或未煮熟的海鲜
化疗会影响女性的免疫系统和抵抗感染的能力，因此不应食用可能含有细菌的生的或未煮熟的海鲜或肉类，因为受损的免疫系统更难抵抗食源性感染。在手术或化疗期间发生感染可能会导致癌症治疗延误。
▸限制含有丙烯酰胺的食物（油炸食品）
包括国际癌症研究机构在内的多个来源都认为，饮食中的丙烯酰胺是一种“可能的致癌物”。膳食丙烯酰胺是高温烹饪某些淀粉时产生的化学副产物。它存在于深度加工和油炸食品中，例如:薯片、炸薯条、某些加工过的谷类食品和零食等都可能含这种物质。
▸多吃水果、蔬菜
先前的研究表明，蔬菜水果可能与降低风险的程度有关，可达50-60%。在美国癌症协会的癌症预防研究II营养队列（超过41,000名女性）中，蔬菜和水果（分别降低20%和25%的风险）对食用这些食物最多的人的保护作用仅在从未使用激素治疗的女性中确定。例如苹果、西兰花、蓝莓、草莓、辣椒等。
尤其是所有的十字花科蔬菜，如西兰花、芥菜和球芽甘蓝，都有抗癌作用。这些蔬菜中存在的一种叫做萝卜硫素的化学物质会产生一种减少肿瘤生长的酶。
另一种化合物 Indole-3-carbinol 在对抗癌细胞方面也很不错。
β-葡聚糖是一种存在于某些蘑菇中的化合物，在抗癌方面很受欢迎。
在水果中，葡萄具有巨大的健康益处。它们含有抗氧化剂，可以防止自由基破坏身体的健康细胞。葡萄皮含有白藜芦醇，这是另一种具有抗癌特性的化合物。
▸避免糖和高血糖指数碳水化合物
研究发现，饮用含糖饮料多的女性患子宫内膜癌的风险要高出 78%。一项荟萃分析比较了饮食中血糖负荷最高的女性与血糖负荷最低的女性，发现前者的风险高出约20%.
▸尽可能吃完整的、未加工的食物
子宫内膜癌主要与体内高水平的无拮抗雌激素有关。包装食品不仅缺乏营养，还含有人造防腐剂和化学物质，以及包装中的塑料，导致雌激素循环增加。
对于子宫内膜癌患者来说，理想的饮食需要包含大量的天然食品，并且应该不含高度加工的食品。糙米、燕麦片、豆类和麸皮等全谷物提供足够的纤维，有助于定期排除体内的毒素。
许多非有机食品中的杀虫剂会增加体内的雌激素。吃完整的有机食品可能对其预防和管理特别重要。
▸喝咖啡和绿茶
研究发现，喝咖啡量相对较多的女性患子宫内膜癌的风险降低20%，而喝咖啡量高从未接受过HRT治疗的女性，患子宫内膜癌症的风险降低40%。
可能是由于咖啡中的咖啡因和其他甲基黄嘌呤能够增加性激素结合球蛋白（SHBG）并增加胰岛素敏感性。
同样，喝绿茶的人患子宫内膜癌的风险在最高摄入量组低近20%。其作用可能包括促进细胞凋亡、细胞周期阻滞、上调谷胱甘肽- s转移酶，使致癌物失活，以及抗雌激素作用。
▸适度饮酒
酒精摄入与子宫内膜癌风险之间似乎存在J型关系。研究发现，与不喝酒或偶尔喝酒的女性相比，每天喝半杯到一杯的女性风险降低4-7%，而每天喝2.5杯或超过2.5杯的女性风险分别高出14%和25%。
▸补充维生素
据《营养杂志》报道，每天服用 500mg 维生素 C和 400 国际单位的维生素 E 可以将患卵巢癌的风险降低 68% 。斯坦福大学的科学家说，这两种营养素都有助于关闭为异常细胞生长提供燃料的酶。
▸可能预防卵巢癌的食物
密歇根大学的研究人员认为，生姜的活性化合物（姜酚）破坏卵巢癌细胞。
番茄汁的细胞壁在加工过程中被分解，更容易吸收。研究人员报告称，每天只需喝八盎司番茄汁就能将患卵巢癌的风险降低一半。
一项针对人体细胞的妇科肿瘤学研究发现，一种仅存在于鱼类中的 omega-3 脂肪酸 DHA 可抑制卵巢癌的生长。
发表在BMC Cancer上的研究表明，含有矿物质硒的食物可能会降低卵巢癌的风险。它在体内充当抗氧化剂，降低破坏细胞的自由基水平。高蛋白食物中很多富含硒，例如瘦肉、鱼（金枪鱼）、虾、豆类、坚果等。
▸其他营养和生活方式建议
限制高能量密集型食物和高盐（或高钠食物）、定期运动和保持健康体重可能会降低癌症风险。
与其他饮食模式相比，遵循植物性饮食提供更高的饮食质量，有助于实现健康体重。
▸疫苗接种
HPV 疫苗可以帮助预防导致大多数宫颈癌病例的HPV 类型的感染，最好在青少年时期就接种。
▸肠道菌群健康检测
随着深入研究体内微生物群与妇科恶性肿瘤发生发展的关系，利用菌群预测癌症的早期阶段成为可能。
通过及时调整饮食、生活方式、配合益生菌的使用等干预手段，尽可能避免疾病发展。
主要参考文献
Han M, Wang N, Han W, Ban M, Sun T, Xu J. Gut Microbes in Gynecologic Cancers: Causes or Biomarkers and Therapeutic Potential. Front Oncol. 2022 Jul 13;12:902695. doi: 10.3389/fonc.2022.902695. PMID: 35912194; PMCID: PMC9326394.
Avgerinos KI, Spyrou N, Mantzoros CS, Dalamaga M. Obesity and Cancer Risk: Emerging Biological Mechanisms and Perspectives. Metabolism (2019) 92:121–35. doi: 10.1016/j.metabol.2018.11.001.
Tong J, Zhang X, Fan Y, Chen L, Ma X, Yu H, et al. Changes of Intestinal Microbiota in Ovarian Cancer Patients Treated With Surgery and Chemotherapy. Cancer Manag Res (2020) 12:8125–35. doi: 10.2147/CMAR.S265205.
Ding K, Hua F, Ding W. Gut Microbiome and Osteoporosis. Aging Dis (2020) 11(2):438–47. doi: 10.14336/AD.2019.0523.
Garcia-Gutierrez E, Narbad A, Rodriguez JM. Autism Spectrum Disorder Associated With Gut Microbiota at Immune, Metabolomic, and Neuroactive Level. Front Neurosci (2020) 14:578666. doi: 10.3389/fnins.2020.578666.
谷禾健康
在这个充满压力、紧张和焦虑的快节奏世界中，人人都容易患上许多身心疾病。
根据世界卫生组织 (WHO) 的数据，世界上每 8 人中就有 1 人患有精神障碍，其中焦虑症和抑郁症最为常见。尤其经历疫情，仅2020年，全球重度抑郁症患者增加27.6%（95%不确定区间（UI）：25.1-30.3），焦虑症患者增加25.6%（95%不确定区间：23.2-28.0）.
情绪健康对身体健康有直接影响，反之亦然。这背后的原因离不开肠道和大脑之间的双向交流，这两者之间的对话主要是由肠道微生物群介导的。
也就是说，肠道微生物群在神经精神疾病的发病机制中起着至关重要的作用。
精神障碍，包括抑郁、焦虑、恐惧、双相情感障碍、精神分裂症和其他精神病、痴呆、以及自闭症和创伤后应激障碍等，都有一系列症状，比如：异常的思想、感知、情绪、行为和人际关系等。
哪些因素会引发精神疾病？
大多数精神疾病是由环境、心理和生物因素共同引起的。遗传、脑损伤、微生物感染、药物滥用、营养不良或暴露于环境污染物都可能在精神障碍的发展中发挥重要作用。
环境污染物影响精神疾病易感性
随着世界各地工业流程和技术的进步，现代文明产生的各种环境污染物已大大增加。人们在日常生活中会接触到各种各样的污染物，这些污染物会影响肠道微生物群并操纵肠道和大脑之间的双向交流，从而导致精神或神经系统疾病的易感性。
精神益生菌：有助大脑健康的下一代益生菌
精神益生菌是一种能够影响肠-脑轴的益生菌菌株，对改善微生物群以及缓解中枢神经系统疾病的某些症状具有积极作用。常见的精神益生菌包括：乳酸杆菌、链球菌、双歧杆菌、大肠杆菌、肠球菌等。
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本文讨论了各种环境污染物（重金属、邻苯二甲酸盐、双酚 A 、颗粒物等）如何影响错综复杂的微生物群-肠-脑轴，从而影响神经和整体心理健康，总结了精神益生菌如何通过菌群有效缓解多种中枢神经系统疾病的症状及改善心理健康。
本文涉及的专业术语
CNS—中枢神经系统
ENS—肠神经系统
HPA—下丘脑-垂体-肾上腺
GBA—肠脑轴
MGBA—微生物-肠-脑轴
GABA—一种中枢神经系统抑制性神经递质
VN—迷走神经
BDNF—脑源性神经营养因子
在了解环境污染物如何引发精神疾病之前，我们先来了解一下：微生物群-肠-脑轴。
微生物群-肠-脑轴是如何运作的？
它负责协调肠神经系统(ENS)和中枢神经系统(CNS)之间的双向交流，将外周消化活动与大脑的情绪、行为和认知中心联系起来。
微生物群-肠-脑轴 (MGB) 的双向交流
Singh S,et al., Microorganisms.2022
这种关联受皮质醇和下丘脑-垂体-肾上腺(HPA)激素、迷走神经(VN)系统和免疫反应等激素的调节。迷走神经是副交感神经系统的主要组成部分，可将肠道信号传递到中枢神经系统并刺激反应。
肠道菌群在肠-脑轴中如何发挥作用？
肠道菌群可以通过多种潜在机制改变大脑功能：
同时并产生具有神经活性特性的代谢物，例如短链脂肪酸、支链氨基酸、肽聚糖等。
这在我们之前的文章也有详细阐述过：
深度解读 | 肠道菌群和中枢神经系统的关系
微生物群-肠-脑轴如何影响压力、焦虑等？
肠-脑轴的作用已在几个生理过程中得到证实，例如饱腹感、食物摄入以及脂肪和骨代谢、葡萄糖调节和胰岛素分泌。
此外，宿主行为受肠神经系统和中枢神经系统与肠脑轴相关性的影响。这些系统活动的减少与压力或焦虑增加有关。
已经确定肠脑轴活性受降钙素基因相关肽(CGRP)的调节。当增加的病原微生物破坏肠道微生物群时，神经元可以产生CGRP并将其释放到肠道中。感染可诱导CGRP的分泌，进而激活宿主防御和降钙素受体的相应免疫反应。
微生物-肠-脑轴的存在表明，通过饮食、宿主衍生代谢物和不同环境污染物改变肠道微生物的组成和数量，可以影响中枢神经系统和肠神经系统，从而影响精神疾病的发生和发展。
菌群代谢产物——短链脂肪酸
有助于调节中枢神经系统
短链脂肪酸可以通过单羧酸盐转运蛋白穿过血脑屏障(BBB)，通过过度表达紧密连接蛋白并保持血脑屏障的完整性。
短链脂肪酸可以调节神经营养因子 (BDNF) 的水平，促进神经发生，影响神经胶质细胞的形态和功能，有利于血清素形成并改善神经元稳态和功能，所有这些都有助于调节中枢神经系统中的神经炎症。
短链脂肪酸与这些肠-脑网络的结合可以直接或间接地改变认知、情绪和精神障碍的病理生理学。
通过调节途径（包括犬尿氨酸途径）改变神经递质活性，以及大脑中短链脂肪酸的可用性和影响的变化，都可能对脑源性神经营养因子(BDNF)功能产生影响，包括中枢神经系统中的神经元存活和分化。
如肽酪氨酸酪氨酸 (PYY)、胆囊收缩素(CCK)和胰高血糖素样肽-1(GLP-1)从表达游离脂肪酸受体(FF-R)的肠粘膜肠内分泌细胞中的释放。在啮齿动物中，血源性PYY和GLP-1会渗透到大脑中，并对神经递质和行为产生显著影响。
每天接触各种环境污染物会影响肠道微生物群，损害肠脑轴，它们是如何导致抑郁、焦虑等心理健康问题的？下一章节我们展开讨论。
我们知道，人体各类疾病（免疫性疾病、胃肠道疾病和神经行为疾病）可能是由于微生物群的变化而产生的，微生物群失调后致病菌增多，产生毒力因子，如脂多糖，从而引发一系列导致“肠漏”的过程。
所谓“肠漏”，即肠黏膜通透性增加，这可能使细菌、细菌毒素和其他小分子物质泄漏到血液中并引起全身炎症。
关于肠漏详见：什么是肠漏综合征，它如何影响健康？
细菌毒素因子和代谢物能够转移到远处的目标区域，例如大脑。激素合成、细菌产生的代谢物、模仿宿主产生的因子和表观遗传突变都是肠道菌群失调影响宿主的潜在机制。
✦ 环境污染物通过干扰菌群影响宿主
暴露于环境污染物会针对宿主和常驻肠道微生物群，其干扰可能会产生系统性影响，包括通过微生物群-肠-脑轴改变中枢神经系统的功能。
重金属、有机溶剂和空气污染物是研究最多的与人类精神疾病和心理功能有关的人造和天然毒物类型。
研究人员发现那些生活在土壤中重金属和重金属浓度较高的地区的人，患精神疾病的可能性更高。即使较低的水平也会导致肠道失调和对心理健康的负面影响。
重金属类型：
铅 (Pb)、镉 (Cd )、汞( Hg )等。
重金属可能以四种方式进入人体：
▸ 重金属如何对人类健康的不利影响？
在重金属到达大脑之前，初步的环境暴露预计会与肠道微生物群相互作用。
当重金属到达胃肠道系统时，重金属毒性可能由肠道微生物组通过代谢氧化或还原过程介导。另一方面，重金属会引起氧化应激，改变肠道屏障的通透性，扰乱人体健康的微生物群，导致菌群失调。肠道菌群失调提高了重金属和氧化应激的潜在破坏性影响，这与精神疾病有关。
肠道菌群对重金属的吸收和代谢的直接影响
Duan H, et al., Sci Total Environ. 2020
【 铅 】
铅是一种众所周知的神经毒素，它对单胺信号传导 、下丘脑-垂体-肾上腺（HPA）轴和其他几个大脑系统的影响与情绪障碍有关。
几项动物研究表明，接触铅会导致HPA轴永久功能失调。
▸ 重金属导致线粒体功能障碍，与精神疾病有关
在某些精神疾病的病理生理学中，铅和镉等重金属可能导致线粒体生化级联反应发生故障。研究人员记录了 19 例线粒体疾病，这些疾病还伴有抑郁和焦虑等精神问题，确立了线粒体功能障碍和精神疾病之间的联系。
乳酸菌产生的支链氨基酸可以穿过血脑屏障，并通过增强线粒体生物合成来改变宿主生理，从而提高对活性氧的抗氧化作用。这就提供了重金属暴露、肠道微生物组和心理健康之间的重要联系。
根据肠道微环境因素，如 pH 值、氧化还原电位、氧气可用性、易感/耐药微生物的流行程度以及微生物群的总体多样性和代谢活动，推测肠道中有害金属的暴露会对常驻菌群产生不同的影响。
【 汞 】
汞中毒是第二大常见的重金属毒性。有几起因汞中毒引起的精神疾病的报告。汞的神经精神毒性主要涉及元素汞(Hg2+)，它是通过甲基汞通过血脑屏障去甲基化而形成的。
▸ 汞积累可能引发脑损伤
由于大脑是汞的主要靶点，因此其产前暴露会导致人类和实验动物的大脑萎缩、大脑皮层和基底神经节损伤、细胞死亡、脑层紊乱和神经胶质增生。
由于Me-Hg中毒与年龄有关，因此汞中毒和汞沉积的症状因人在接触时的年龄而有很大差异。
▸ 过多接触汞的胎儿存在思维问题
在子宫内暴露于Me-Hg的儿童，可能在认知思维、记忆力、注意力、语言技能、肌肉控制和视觉空间技能方面存在问题。
急性Me-Hg暴露也改变了大鼠肠道微生物群的结构和功能，包括脱硫弧菌目、消化球菌科和幽门螺杆菌，所有这些都与特定的神经代谢物有关，如谷氨酸和γ-氨基丁酸 (GABA)。
在成熟的中枢神经系统中，谷氨酸和γ-氨基丁酸分别是主要的兴奋性和抑制性神经递质。它们的不平衡可能导致不同的精神和神经问题。
关于谷氨酸与肠道菌群详见：兴奋神经递质——谷氨酸与大脑健康
在鱼类中，Me-Hg处理增加了下列菌群：
Xanthomonadaceae，Pirellula，Cloacibacterium，
Comamonadaceae，Deltaproteobacteria FAC87
所有这些都参与了异生物质代谢和金属去除。有机和无机形式的汞通过胃肠道吸收并影响其他系统，包括中枢神经系统，引发心理问题。
【 砷 】
砷，也会导致认知功能障碍和易患情绪障碍，主要是通过破坏血清素和多巴胺代谢。
由于已知有几种肠道微生物有助于这些神经递质的生物合成，因此微生物群中的任何干扰都可能是导致肠脑串扰改变的可能原因。
▸ 砷处理小鼠：拟杆菌↑↑，厚壁菌↓↓，短链脂肪酸↓↓
在几项研究中，小鼠肠道微生物群中砷暴露的时间和剂量依赖性变化被确定为拟杆菌门的增加和厚壁菌门的减少。
研究还发现砷处理促进了与脂多糖产生、多重应激反应、DNA 修复和维生素生物合成有关的细菌基因转录，同时减少了短链脂肪酸生物合成有关的基因转录。
短链脂肪酸减少引起了：
慢性炎症、肠道通透性增加、条件致病菌增殖、金属摄入增加和血脑屏障功能障碍增加。
▸ 砷暴露的人类研究：致病菌↑↑ 共生菌↓↓
一项对尼泊尔人的研究发现，砷暴露通过富集挥发性细菌和致病菌，同时消耗肠道共生菌，从而改变了肠道微生物群组成。
此外，代谢组学分析显示了伴随的影响，几种肠道微生物群相关的代谢物在各种生物基质中被破坏。砷暴露不仅使肠道微生物群在丰度方面变化，还在代谢特征和功能方面也发生了变化 。
下列菌群因接触砷而发生显著变化，并可能与接触砷引起的疾病直接相关：
胃肠道上皮内的重金属离子相互作用或积累导致氧化应激、微生物群失调、细胞损伤和兼性厌氧菌丰度增加（包括变形杆菌和杆菌在内）。因此，上皮细胞可利用的氧气量增加，消耗产生短链脂肪酸的厌氧细菌，并降低抗炎和抗氧化代谢物的产生，这可能进一步破坏血脑屏障的完整性并减少神经发生，导致大脑功能紊乱。
重金属与肠道微生物的相关研究
Oroojzadeh P,et al.J Mol Neurosci.2022
小结
总体而言，重金属暴露会改变微生物组成，从而导致肠道微生物群的代谢改变，从而影响人体新陈代谢。
为了消除外源金属，需要一个稳定有效的肠道微生物群。预计膳食有毒金属缓解治疗可减轻有益肠道菌群的炎症负担，从而减轻精神疾病的发展。
一旦重金属进入人体，一些食物就会与它们螯合。水果和蔬菜提供了大量的抗氧化剂，能够减少重金属的损害。香菜、野生蓝莓、大蒜、柠檬水、小球藻、螺旋藻、咖喱、绿茶、大西洋海藻、大麦草、西红柿和益生菌是可以帮助逐渐去除体内金属的食物或补充剂。
重金属可能存在于：
– 处理过的木材中的防腐剂（砷和铜）
– 家用消毒剂（汞、铜和银）
– 厨具，如锅、锅、刀、汤匙和叉子（铝、铜和铅)
– 油漆（铅、汞、镉、锑）
– 杀虫剂、除草剂和杀菌剂（砷、锑和镉）
– 灭鼠药（铊）
– 鱼（汞）
– 大米（砷）
– 化妆品、染发剂（汞、铅）
– 纹身（汞）
– 地板蜡/抛光剂、织物柔软剂、汞合金填充物（汞）
– 巧克力、汽油、烟草烟雾（铅、镉）
– 罐头食品（铝、铅）
– 发酵粉、面粉、除臭剂、牙膏、胃抗酸剂、铝箔、泻药（铝）
– 自来水（铝， 镉）
– 含铅管道 （铅）
– 空气污染 （柴油机尾气、燃煤厂、钢铁和金属铸造厂、化肥公司）
邻苯二甲酸盐是存在于大量产品中的增塑剂，特别是润滑剂、地板材料和个人护理用品，如洗发水和肥皂。在产品使用和储存过程中，它们的浸出、迁移和氧化会污染各种水源、空气和土壤。
人类通过以下方式暴露于邻苯二甲酸盐：
对多个物种的研究表明，发育中的生物暴露于邻苯二甲酸盐会影响肠道微生物群，降低其多样性，特别是改变细菌代谢物的数量，这可能对健康产生严重影响。
✦ 邻苯二甲酸引起菌群失调：罗氏菌属和长双歧杆菌减少
新生儿的肠道微生物群受到早期药物治疗中接触邻苯二甲酸二酯 (DEHP) 的影响，这可能会影响他们以后的免疫反应。当婴儿静脉注射DEHP 时，会出现暂时的肠道微生物失调。DEHP暴露改变了细菌群落的组成和多样性，包括罗氏菌和长双歧杆菌的减少。
在小鼠中，DEHP暴露会导致肠道微生物群落结构以及粪便代谢物谱和雌性生殖毒性的改变。DEHP暴露引起的肠道菌群失调改变了微生物代谢物的水平，例如短链脂肪酸、支链氨基酸和单糖，它们是微生物群-肠-脑轴的重要组成部分。
对319 名在1999 年- 2006 年间在市中心分娩的不吸烟女性进行了研究，其中检测到了四种邻苯二甲酸酯代谢物：
其中三种邻苯二甲酸酯（DnBP、DiBP和BBzP）与一系列行为问题有关，包括焦虑、抑郁、躯体不适和退缩行为。
▸ 产前邻苯二甲酸酯暴露对儿童的神经发育产生负面影响
这些负面影响包括精神运动、认知和行为结果。通过干扰神经内分泌系统，这种污染物可能会损害神经元的分化和成熟，增加行为和认知缺陷的风险。
✦ 情绪问题通常与HPA轴有关
它会被邻苯二甲酸盐和双酚A等激素破坏。研究记录了青春期和成年小鼠在围产期暴露与DEHP时的焦虑和抑郁行为。在这些试验中，增加的焦虑相关行为与功能失调的HPA轴相关，表现为ACTH增加、皮质酮水平降低以及下丘脑GR水平升高。
▸ DEHP暴露后，小鼠菌群代谢物对甲酚上调
在年轻小鼠中，DEHP暴露通过增加合成代谢物前体的物种的丰度，来抑制丁酸盐合成并上调对甲酚的产生，对甲酚是一种与神经发育和行为问题相关的细菌代谢物。这证明了DEHP的神经毒性作用与肠道菌群失调之间的联系。
双酚A(BPA)是一种内分泌干扰化学品(EDC)，用于生产聚碳酸酯塑料。饮食、空气、水和灰尘都是人类接触双酚A的可能来源。
由于双酚A的广泛使用，它的暴露正成为一个值得关注的问题。根据最近对暴露于双酚A的发育或成年动物调查，双酚可以改变一系列物种的肠道微生物群。
▸ 双酚A暴露减少了双歧杆菌，AKK菌，导致炎症，引发精神障碍
在一项研究中，肠道变化如下：
小鼠产前双酚A暴露减少了双歧杆菌，双歧杆菌已知具有抗炎特性，这可能导致全身炎症，从而导致各种健康问题，包括精神障碍。
▸ 产前母亲尿液双酚A浓度高的孩子，具有更高水平的焦虑和认知异常
各种实验和流行病学调查已将产前母亲尿液双酚A浓度的增加与儿童行为，空间学习和记忆结果联系起来。
更多的研究表明，通过过度激活HPA轴并破坏其基础和压力诱导，产前暴露于双酚A的动物具有更高水平的焦虑和认知异常，通过减少海马 GR 介导的反馈介导的HPA轴抑制，可能会增加在以后的生活中出现压力相关问题的风险。
数据表明，产前双酚A暴露和精神障碍持续增强通过重编程诱导的HPA轴激活联系起来。雌激素EDC已被证明以时间、性别和暴露依赖的方式影响大脑，尤其是下丘脑。
▸ 双酚A降低短链脂肪酸的水平，诱发炎症，损害认知
根据16SrRNA 扩增子测序分析，暴露于双酚A会导致β多样性的差异，而短链脂肪酸生产者的相对丰度显著下降。双酚A还降低了粪便短链脂肪酸的水平，同时增加了氧化应激 、全身脂多糖水平和肠道通透性，所有这些都是炎症引起的慢性疾病的早期迹象。
根据最近的一项调查，小鼠中双酚A暴露引起的神经毒性可能部分归因于MGBA的破坏。暴露于双酚A的雄性小鼠的结果表明，增加的神经炎症损害了它们的认知功能。神经递质血清素、其前体色氨酸及其代谢物5-羟基吲哚乙酸 (5-HIAA) 的脑、结肠和血清水平在暴露于双酚A后都会降低。
▸ 双酚A诱导的肠道菌群变化使粘蛋白、丁酸、血清素降低
随着肠道微生物群的改变，发现结肠中的粘蛋白水平和粘液分泌降低，丁酸水平也是如此。双酚A诱导的肠道菌群变化部分地调节了双酚A对心理和代谢健康的负面影响。
双酚A降低了粪便中短链脂肪酸和大脑中血清素水平，以及参与色氨酸代谢的不同类型的微生物，导致神经递质信号发生变化。双酚A改变了肠血屏障(GBB)和血脑屏障（BBB）的完整性，这可能与肠道和大脑的生态失调、认知能力下降和炎症增加有关。
内分泌干扰物与肠道微生物的相关研究
Oroojzadeh P,et al.J Mol Neurosci.2022
空气污染中最常见的化学物质包括一氧化碳、颗粒物、臭氧、二氧化氮和其他构成固体和液体成分（包括道路灰尘、车辆尾气和风吹土壤）。
▸ 空气污染物影响肠道菌群，诱发炎症，损害神经认知
空气污染已被证明会改变肠道微生物群的组成和功能，导致有害代谢物的产生，调节免疫反应，影响代谢途径，引发局部炎症，最后破坏肠血屏障，所有这些可能会进一步破坏血脑屏障并改变大脑功能。
空气污染会产生严重的神经认知后果，从行为改变到神经退行性疾病，这些后果可能会产生可怕的心理健康后果。
研究人员发现了长期和短期暴露于空气污染物（CO、PM10、PM2.5、NO2、SO2和O3)和精神障碍，如注意力缺陷多动障碍、抑郁症、自杀，焦虑和各种行为问题有关。
颗粒物与肠道微生物的相关研究
Oroojzadeh P,et al.J Mol Neurosci.2022
▸ 氧化应激升高和促炎细胞因子的产生
对PM、NO2和SO等空气污染物暴露的几项研究在各种动物模型中报告了氧化应激升高和促炎细胞因子的产生，以及脑组织中抗氧化活性降低导致精神障碍，这意味着空气污染暴露与心理健康问题之间存在关系。
▸ 通过血脑屏障或沿嗅觉神经易位到达大脑，引发促炎反应
根据人体尸检发现和动物实验研究，空气污染物，特别是细颗粒和超细颗粒，能够通过血脑屏障或沿嗅觉神经易位到达大脑。通过破坏血管调节过程，这些颗粒还可以在大脑中引发促炎反应。
通过改变肠道菌群的组成并通过活性氧产生和核因子NF-kB激活在体内引起持续的促炎倾向，空气污染物对肠道菌群产生有害影响。污染物通过破坏结肠上皮细胞中的紧密连接蛋白而导致肠道通透性增加。
▸ PM和臭氧：激活HPA轴
PM和臭氧是两种具有不同特性和反应性的常见污染物，已在实验中显示可激活HPA轴并释放糖皮质激素应激激素作为神经内分泌应激反应的一部分。这可能通过与肾上腺素能受体的作用相当的受体来调节肠道菌群的组成。
根据一项结合多组学和多指标技术进行的流行病学研究，PM2.5可能通过改变肠道菌群、色氨酸代谢、炎症因子和关键HPA轴激素来激活肠脑轴，从而导致神经和心理功能障碍。
▸ 空气污染导致的菌群及其代谢物变化
空气污染成分与增加和促炎细胞因子释放到肠道有关，以及拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌的相对数量发生显著变化，导致体内炎症水平升高，这与几种精神疾病的开始和发展有关。
短链脂肪酸的产生在接受治疗的小鼠中也发生了变化，盲肠中的支链脂肪酸（如异丁酸和异戊酸）丰度增加。它还导致丁酸盐耗竭，这与屏障功能的降低和对粘膜炎症的更易感性有关。
由于微生物代谢物从肠道迁移到体循环，空气污染物引起的肠道通透性增加，可能在增加全身炎症水平方面发挥重要作用，这将对中枢神经系统产生影响并促进精神疾病的发展。
考虑到微生物群-肠-脑轴在中枢神经系统功能中的重要性，调节微生物群-肠-脑轴的干预措施是改善心理健康的有希望的方法。
肠道微生物群已成为心理健康的重要渠道和前瞻性干预目标。益生菌、益生元、合生元和后生元都可以作为精神益生菌，其中一些是精神障碍的治疗干预措施。
“精神益生菌”：益生菌、益生元和所有微生物群靶向干预措施，它们可以操纵微生物群-肠-脑信号并对情绪、认知和焦虑等神经功能产生积极影响。
精神益生菌对心理的积极影响
Oroojzadeh P,et al.J Mol Neurosci.2022
➤ 益生菌
许多研究表明，以合适剂量服用益生菌可以减轻健康人群的压力、焦虑和抑郁。乳酸杆菌和双歧杆菌是用于精神心理研究最多的菌株。各种益生菌菌株的混合物也可用于产生协同效应或提高功效。
益生菌会影响血清素、脑源性神经营养因子、多巴胺和中枢神经系统抑制性神经递质的水平。迷走神经和肠神经系统在这方面起着至关重要的作用。益生菌还通过产生包括色氨酸和短链脂肪酸在内的代谢物间接改变中枢神经系统功能。
➤ 益生元
当宿主微生物有选择地利用益生元时，它会给宿主带来健康益处。具有双歧化特性的益生元，如低聚果糖、低聚半乳糖和短链低聚果糖，都已因其心理生物效应而受到研究。
除了这些多酚，Omega-3脂肪酸和母乳低聚糖，如具有益生元特性的 3’唾液酸乳糖 (3’SL) 或 6’唾液酸乳糖 (6’SL)，在适量服用时显示出对心理健康的益处。
益生元可以通过增加双歧杆菌和减少致病菌来恢复肠道中的益生菌状态，从而潜在地缓解焦虑和抑郁等心理健康问题。
例如，短链脂肪酸对细胞系统的影响是通过免疫系统和内分泌途径以及神经和体液途径介导的。短链脂肪酸激活游离脂肪酸受体并与免疫和肠上皮细胞相互作用，从而影响肠黏膜的安全性和功能。
在环境方面，它还分别通过分泌白细胞介素和控制小胶质细胞的形态和功能来影响全身炎症和神经炎症。它还诱导肠道激素如胰高血糖素样肽1的分泌，这些激素通过迷走神经和全身通路将间接信号传递到大脑。所有这些途径最终都会影响学习、情绪和记忆。
➤ 合生元
合生元正在发展为通过调节肠道微生物群来改变情绪和行为的另一种方式。在多项研究中，合生元已被证明可以减轻特定人群的压力和焦虑样行为。
➤ 后生元
后生元，或故意灭活的全细胞或其成分，通过微生物群的变化、改善肠道屏障功能、调节代谢或免疫反应或神经系统信号传导来提供健康益处。
几项关于人类和动物模型的研究表明，后生元具有抗抑郁和抗焦虑作用。
对精神益生菌在人体的研究
Singh S,et al.Microorganisms.2022
对精神益生菌的动物研究
Singh S,et al.Microorganisms.2022
精神益生菌的可能作用方式
HPA轴的调节、免疫反应和炎症的调节以及神经激素和神经递质的产生是精神益生菌发挥作用的主要机制。
精神益生菌通过恢复肠道中的益生菌状态和减轻精神障碍来影响细菌-肠道-大脑的关系。
✦ 精神益生菌调节神经递质，影响情绪
心理、智力、生理和神经元指数的变化是精神益生菌抗精神病作用的特征。精神益生菌可以调节神经递质和蛋白质，例如儿茶酚胺、乙酰胆碱、血清素和脑源性神经营养因子。它们影响情绪、认知表现、学习和记忆，以及维持大脑中的兴奋-抑制平衡。
当肠道中神经递质浓度升高时，血浆色氨酸水平下降，导致肠道细胞将化学物质释放到大脑中，从而缓解精神疾病。通过G-蛋白偶联受体产生主要作用的短链脂肪酸是精神益生菌对双向肠脑轴的另一个重要的拟议作用途径。短链脂肪酸可能通过加强血脑屏障、改变神经传递、改变神经营养因子水平和帮助记忆巩固来直接影响大脑功能。
精神益生菌的潜在作用模式
Singh S,et al.Microorganisms.2022
✦ 精神益生菌调节激素，改善认知
通过激素途径作用于大脑，影响身体的应激反应系统，即HPA轴，涉及肾上腺和大脑；当这种情况发生时，它会破坏压力荷尔蒙的产生和功能。这很可能是导致认知问题的主要因素。
精神益生菌可以通过调节HPA轴来降低糖皮质激素水平。糖皮质激素会破坏肠道屏障功能，降低上皮完整性，将细菌向外移动并引发炎症免疫反应。
✦ 精神益生菌调节免疫系统
精神益生菌可以通过直接减轻促炎细胞因子或通过增加抗炎细胞因子以迂回的方式减少炎症和恢复血脑屏障完整性来调节免疫系统的功能。管腔外的细菌迁移也可以通过增加促炎细胞成分的水平直接影响炎症。
✦ 调节肠脑轴中特定神经化学受体的表达，抗抑郁
一些可以产生中枢神经系统抑制性神经递质、去甲肾上腺素和血清素等神经递质的肠道微生物有：
嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、大肠杆菌、芽孢杆菌、酵母菌、念珠菌、链球菌、肠球菌。
这些可以通过调节肠脑轴中特定神经化学受体的表达来产生抗焦虑和抗抑郁作用。尽管对人类微生物组的研究仍处于初期阶段，但研究结果表明肠道微生物可能会影响人们的认知健康、行为和情绪。
一些能产生神经递质或神经激素的肠道微生物
Oroojzadeh P,et al.J Mol Neurosci.2022
生活方式、饮食、衰老和遗传等一系列因素促成了神经退行性疾病的发生和发展。益生菌对肠脑轴的影响可以通过影响中枢神经系统来实现。
肠道微生物群对神经系统疾病的影响
Oroojzadeh P,et al.J Mol Neurosci.2022
阿尔兹海默病是神经系统疾病中痴呆的主要原因。痴呆症通常发生在 60岁以上的人群中。这种疾病没有明确和有效的治疗方法。
研究表明，阿尔茨海默病的主要表现与细胞内Tau 神经原纤维缠结和细胞外淀粉样斑块的产生有关。
更好地了解这种疾病所涉及的生理机制可以帮助确定有效的治疗方法。
肠道微生物与阿尔茨海默症
鉴于肠道微生物群的损害可能与阿尔茨海默症等神经退行性疾病有关，因此调节肠道菌群是治疗阿尔茨海默症的一种可能方法。
炎症和氧化应激会破坏中枢神经系统中的神经细胞，从而导致阿尔茨海默症。
预防胆碱能神经元破坏以及大脑中乙酰胆碱水平的增加是成功治疗阿尔茨海默症所需要的。
已经证明，持续应用D-半乳糖可能会通过增加氧化应激和活性氧物质而导致认知异常和记忆障碍。
一些益生菌，包括植物乳杆菌，能够产生乙酰胆碱，并且可以保护由D-半乳糖消耗引起的记忆缺陷。
几种关于益生菌菌株补充的研究：
关于阿尔茨海默病与肠道菌群详见：阿尔茨海默病de饮食-微生物-脑轴
阿尔兹海默症与2型糖尿病
阿尔兹海默症的一个重要危险因素是2型糖尿病。胰高血糖素样肽-1（GLP-1）在肠道和中枢神经系统（尤其是脑干）中产生，并与神经保护以及认知功能和葡萄糖代谢有关。
GLP-1受体在不同组织（肾、肺、心脏、中枢神经系统等）中表达，可以上调参与脑细胞修复和分化的各种基因的表达。GLP-1还可以促进高血糖状态下的胰岛素分泌。
以前的研究表明，GLP-1在中枢神经系统中作为神经保护因子，可诱导神经细胞增殖/凋亡，改善学习和记忆，降低Aβ斑块沉积，保留多巴胺能神经元，刺激神经再生。
▸ GLP-1工程益生菌减少记忆障碍
研究人员研究了GLP-1工程益生菌(Lactococcus lactis MG1363)口服给药后对AD小鼠模型的影响。脂多糖和1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶(MPTP)分别诱导记忆障碍和运动功能障碍。
结果表明，工程菌株能够通过两种信号通路减少记忆障碍和运动功能障碍。此外，工程益生菌降低了病原体的丰度，并增加了Akkermansia muciniphila的丰度。
还观察到炎症反应下调、阻断NF-κB信号和 MAPKs/PI3K/AKT。已确定GLP-1和GIP（葡萄糖依赖性促胰岛素多肽）作为神经保护因子对2型糖尿病治疗的有效性。
探讨GLP-1/GIP/胰高血糖素三位一体治疗（30天）对AD小鼠认知行为的影响。结果表明，该治疗通过减少认知障碍和病理变化对阿尔茨海默病产生有益影响。
小结
总的来说，这些信息阐明了在阿尔兹海默症中用益生菌操纵肠道微生物群可以改善葡萄糖代谢受损、延缓阿尔兹海默症进展并减少神经炎症，从而有利于胰高血糖素样肽1的作用。
帕金森病是第二种常见且主要的神经退行性疾病。该疾病与突触核蛋白积累和多巴胺能神经元的进行性丧失有关，并以运动和非运动症状为特征。肠道功能异常的非运动症状主要是体重减轻、胃轻瘫、便秘和排便功能障碍。
目前，在治疗帕金森病时，服用精神生物药物备受关注。报告说，食用益生菌混合物对释放多巴胺的神经元提供有效保护，并随后减少小鼠的运动功能障碍恶化。
✦ 补充益生菌能改善帕金森病的相关症状
研究确定了益生菌副干酪乳杆菌对帕金森病大鼠运动障碍的影响，并且与对照组相比，有益生菌的大鼠运动障碍更少。
在一项临床研究中，评估了含有的L.casei Shirota发酵乳对帕金森病患者5周的效果，并报告了腹胀减少、便秘减少和腹痛减少。
每天一次服用含有多种益生菌菌株和益生元的发酵乳，持续4周，并报告改善了帕金森病患者的便秘。
每片使用60毫克两种益生菌：嗜酸乳杆菌和婴儿双歧杆菌，每天两次，持续3个月，40名帕金森病患者腹痛和腹胀缓解。
报告称，在接受8×10^9 CFU/天益生菌12周的帕金森病患者中，过敏反应降低，丙二醛水平降低，谷胱甘肽水平升高。
关于帕金森与肠道菌群详见：肠道微生物与帕金森以及相关影响因素
多发性硬化症是一种涉及中枢神经系统的自身免疫性疾病，其中髓鞘覆盖的轴突被破坏。
遗传和环境因素以及病毒感染被认为是多发性硬化症发展的主要风险因素。然而，这种疾病的确切原因尚不清楚。
✦益生菌可以改善多发性硬化症
越来越多的证据表明，益生菌可以通过改变肠道微生物组、抑制炎症通路和调节免疫系统来改善多发性硬化症患者的免疫系统。
评估了含有发酵乳杆菌、干酪乳杆菌、嗜酸乳杆菌和双歧杆菌的益生菌菌株的效果对接受益生菌混合物12周的多发性硬化症患者的心理健康、残疾和代谢状况的影响。
证明益生菌菌株增加了多发性硬化症小中抗炎细胞因子包括IL-4、IL-5、IL-10的表达，并减少了促炎 IFN-γ和IL-1β的分泌。
自闭症谱系障碍是社会交流、感觉运动行为和有限兴趣方面的一系列缺陷。
自闭症谱系障碍的表现始于儿童早期。自闭症患者表现出胃肠道症状。自闭症儿童的胃肠道功能障碍通常与攻击性行为、易怒和睡眠障碍有关。
✦益生菌对自闭症的有益影响
报告了益生菌对自闭症患者行为和胃肠道表现的有益影响。使用含有嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌和长双歧杆菌的益生菌菌株治疗孤独症儿童3个月后，双歧杆菌和乳酸杆菌的数量增加，体重减轻，胃肠道症状改善。
此外，接受益生菌菌株1个月的自闭症儿童的自闭症核心症状有所改善，腹部症状有所减轻。
扩展阅读：自闭症，抑郁症等与维生素缺乏有关
抑郁症和焦虑症是常见的疾病之一。这两种疾病大多同时发生。抗抑郁药、抗焦虑药和催眠药通常用于治疗。临床上，抑郁与下丘脑-垂体-肾上腺失调之间存在关联。
研究表明，健康个体和重度抑郁症患者的肠道微生物群是不同的。重度抑郁患者双歧杆菌和乳杆菌减少，同时梭菌、链球菌、克雷伯菌、颤杆菌和Allistipes增加。
胃肠道细菌通过迷走神经通路激活压力回路。长期暴露于压力源会导致去甲肾上腺素的长期分泌，这会改变肠道微生物群并使肠道对细菌和毒素更具渗透性，然后是HPA轴的压力反应。
✦益生菌能降低压力改善焦虑
研究了益生菌菌株B. breve CCFM1025对粪便微生物组成和脑神经系统改变以及皮质酮、细胞因子和短链脂肪酸的血清水平的影响。总体而言，抑郁和焦虑样行为减少了。
研究指出，益生菌菌株B. longum 1714 能够降低压力水平并改善健康志愿者的记忆力。
评估了鼠李糖乳杆菌HN001对423名孕妇产后焦虑和抑郁表现的影响，并指出益生菌治疗组的抑郁状况显著降低。
益生菌菌株L. plantarum 299v可降低犬尿氨酸水平并增强重度抑郁症患者的认知功能。然而，其他调查并未报告接受益生菌的患者与对照组在焦虑和幸福感评分方面有任何显著差异。
有学者指出益生菌菌株长双歧杆菌NCC3001可以提高肠易激综合征患者的生活质量，并可以减少这些病例的抑郁症。
关于抑郁症与肠道菌群详见：抑郁症，恐惧，压力和肠道微生物群脱不开的关系
失眠
充足的睡眠是影响生活质量的关键因素。肠道菌群通过微生物-肠-脑轴影响宿主的精神状态和睡眠状态。
宿主的昼夜节律和睡眠质量取决于微生物组谱和代谢特性。益生菌被认为可以改善睡眠健康。GABA 是一种抑制性神经递质，能够通过减少焦虑来促进放松。
L.brevis DL1-11 是一种具有高GABA生产能力的益生菌菌株，其改善小鼠睡眠的潜力已得到证实。
关于睡眠与肠道菌群详见：肠道菌群与睡眠：双向调节
精神分裂症
精神分裂症是一种慢性衰弱性疾病。研究表明，肠道微生物群的破坏会增加全身炎症。因此，神经炎症会导致精神分裂症。
精神分裂症患者通常患有营养状况受损、压力反应高、炎症状态增加和乳糖不耐症。具有抗炎和免疫调节特性的益生菌可能有助于减轻精神分裂症患者。
✦ 益生菌减轻精神分裂症症状
报道了丁酸梭菌、粪链球菌和肠系膜芽孢杆菌的益生菌混合物可以减轻精神分裂症的症状。研究表明，益生菌菌株B. lactis Bb12 亚种的组合B. lactis Bb12 GG和鼠李糖乳杆菌菌株可以减少精神分裂症患者的肠道障碍。
研究了鼠李糖乳杆菌菌株GG和动物双歧杆菌乳亚种在慢性精神分裂症的可能免疫调节作用。报告称，血管性血友病因子浓度显著降低，同时脑源性神经营养因子、巨噬细胞炎性蛋白-1β、单核细胞趋化蛋白-1和RANTES（受激活、正常T细胞表达和分泌的调节）水平升高。因此，精神分裂症患者服用益生菌补充剂可能会改善胃肠道渗漏。
B. lactis Bb12有助于使男性患者的白色念珠菌抗体水平和白色念珠菌相关肠道不适正常化。
糖尿病性神经病变是一种与轴突萎缩、脱髓鞘疾病、再生能力下降、神经元炎症和周围神经病变有关的营养性神经退行性疾病。
糖尿病神经病变可通过神经元肠脑轴、门静脉（调节中枢神经系统中的能量代谢）和外周神经元传导丧失改变血糖调节以及肠道葡萄糖吸收不良。
2型糖尿病的特征是葡萄糖代谢失调，导致空腹和餐后高血糖。胰岛素和胰高血糖素分泌和功能受损是这种疾病的主要原因。
▸ 胰高血糖素样肽1（GLP-1）
GLP-1是肠细胞响应葡萄糖而分泌的一种肠促胰岛素激素，用于2型糖尿病治疗。它通过特定受体激活肠道神经元并调节肠道转运，增加胰岛β细胞的增殖，增强葡萄糖依赖性胰岛素分泌，减少胰岛α细胞的胰高血糖素分泌。
因此，它会降低2型糖尿病患者的血糖和食物摄入量。当 GLP-1被激活时，它会向迷走神经传递一个神经信息，该信息通过肠脑轴参与血糖调节。GLP-1 还具有神经保护和神经源性潜力，研究表明它在来自背根神经节的神经元的原代培养物中诱导轴突。因此，它可以有效地治疗糖尿病神经病变。
✦ 益生菌增强胰岛素分泌，改善肠神经系统
研究发现益生菌通过上调G蛋白偶联受体 、胰高血糖素原和转化酶原活性，通过葡萄糖触发的GLP-1 分泌来增强胰岛素分泌。
已经确定，当无菌小鼠被健康的肠道微生物群稳态定植时，肠神经系统和迷走神经的神经元活动得到恢复，但糖尿病小鼠的肠道微生物群却没有。
研究发现用罗伊氏乳杆菌喂养大鼠9天可以通过靶向肠道感觉神经中的钙依赖性钾通道来改善肠神经系统。
一些乳酸杆菌菌株（L. farciminis, plantarum, fermentum）可以产生一氧化氮作为神经递质，它能够影响神经元对GLP-1和葡萄糖代谢的反应。
✦ 益生菌降低胰岛素抵抗，增加抗氧化能力
研究了GLP-1在2型糖尿病大鼠体内，白藜芦醇和益生菌作用。给大鼠喂食各种益生菌，包括植物乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌，剂量为 50 × 10^9 4周。发现与糖尿病组相比，这些益生菌和白藜芦醇可以降低葡萄糖和胰岛素抵抗（p < 0.001），并增加GLP-1以及总抗氧化能力（p < 0.001）。
发现两种菌株，L. kefiranofaciens M 和 L. kefiri K可以通过诱导GLP-1分泌，抑制细胞因子产生（促炎和炎症因子），增加IL-10的产生，改变肠道菌群向LAB和双歧杆菌的方向发展，减少产气荚膜梭菌和大肠菌群，从而降低小鼠模型中T1D的进展。
这些结果揭示了益生菌在增加GLP-1水平中的作用，这可以随后缓解高血糖症，并可能被认为是糖尿病治疗的潜在候选者。
关于2型糖尿病和肠道菌群详见：2型糖尿病如何做到可防可控？肠道菌群发挥重要作用
神经性厌食症是另一种重要的精神障碍，与严重的体重减轻、精神合并症、对肥胖的恐惧和饮食限制有关。
根据对肠脑相互作用的深入了解以及益生菌对该轴的积极作用，可以为神经性厌食症治疗提供几种新的治疗策略。
✦ 益生菌改善神经性厌食症中的胃肠道不适
分析了益生菌对神经性厌食症患者的疗效，并通过分析血清和粪便样本测量了体重指数、心理/神经心理参数。他们报告了神经性厌食症中肠道微生物群落的正调节，以改善体重增加、胃肠道不适和炎症减少。
通过低聚果糖1.67g/天和益生菌（Saccharomyces boulardii 5×10^8 CFU）干预评估益生菌对神经性厌食症的影响。饮食限制后，与健康状态相比，总微生物群和代谢物减少，但补充低聚果糖和布拉式酵母通过改变以下菌群来恢复微生物群落。
研究显示了两种饮食（酸奶或牛奶）的积极作用，包括保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌，它们能够诱导IFN-γ产生对抗儿童腹泻和神经性厌食症患者的感染。
值得注意的是，抗生素和25%的药物可能会影响微生物群，患者需要基于益生菌治疗来实现主要目标，如能量收集、体重增加、降低肠道通透性、炎症过程以及肠道微生物组群的改变等。
益生菌的作用主要是增强肠道健康。食用含有益生菌的健康食品在预防中枢神经系统疾病和通过调节肠道微生物群控制相关症状方面具有重要作用。这种效应通过微生物群-肠-脑轴发生，可以整合到临床试验中。
酸奶、开菲尔、豆豉和泡菜等发酵食品富含益生菌。一些益生菌产生活性神经元化合物或充当载体。一些双歧杆菌和乳酸杆菌菌株分泌γ-氨基丁酸 (GABA)。此外，对健康人的粪便样本进行分析，发现拟杆菌属、副拟杆菌属和埃希氏菌属物种能够调节产生GABA的途径。
GABA的功能障碍与抑郁和焦虑有关。GABA 是乳酸菌 (LAB) 的分泌代谢产物之一。它是哺乳动物中枢神经系统中抑制性传播的主要介质。食品工业通过生产含有能够产生 GABA 的益生菌物种的功能性食品，在减少抑郁和焦虑方面发挥着关键作用。
开菲尔颗粒含有Acetobacter aceti, L. fructivorans, Acetobacter sp., Enterococcus faecium, Leuconostoc spp., L. delbrueckii delbrueckii, L. fermentum, L. kefiranofaciens, Candida famata, Candida krusei.
益生菌菌株L. helveticus从发酵乳中分离得到，可以改善老年人和中年人的认知功能。
用短乳杆菌L. brevis BJ20浓缩发酵海带, 以确定其对老年人体质和短时工作记忆的影响。研究人员说，食用这种发酵食品可以为老年人的痴呆症提供保护机制。
由于包括牛奶、乳制品和豆制品在内的发酵产品的广泛使用，其他研究表明，含有干酪乳杆菌的发酵乳可以改善学生的情绪、增加粪便中的血清素并降低压力水平，瑞士乳杆菌影响认知功能。
含有发酵乳杆菌、干酪乳杆菌混合物的发酵牛奶降低了小鼠的亚硝化应激参数。含有B. lactis BB12和L. acidophilus LA5益生菌的酸奶可显著增强整体健康并减轻焦虑、抑郁和压力。
使用含有短乳杆菌L. brevis FPA 3709的发酵黑豆浆能够产生 GABA 在小鼠中显示出抗抑郁活性。
个体微生物组会受到宿主条件和环境的影响。肠道微生物群的紊乱会对宿主的生理反应和整体健康产生巨大影响。
大量证据表明，环境污染物与微生物群相互作用，而微生物群在肠脑轴中发挥着关键作用。长时间处于污染环境下，肠道生态失调，对宿主造成系统性和长期的影响。
精神益生菌在控制中枢神经系统疾病症状方面具有有效的特征，或将辅助治疗各类疾病。然而神经精神类疾病病情复杂，原因不一，有些益生菌也并不一定对所有患者有效，通过肠道菌群检测，可以了解个体肠道菌群，从而有针对性地采取相关干预措施。
主要参考文献
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