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深度解读 | 饮食、肠道菌群与健康

谷禾健康 原创

   导语：You are what you eat.

             ——饮食、肠道菌群与健康

肠道菌群对人体健康的影响和关联性已被广泛研究和认可，肠道菌群作为人体最重要的共生伙伴与我们的健康密切相关。影响肠道菌群的因素众多，饮食、年龄、发育、遗传、疾病、抗生素、用药、甚至激素水平和情绪压力都影响并塑造着每个人独特的肠道菌群，但是短期内，饮食内容以及饮食模式被认为是塑造肠道菌群最重要的驱动因素，长期来看，饮食也是调整和干预肠道菌群调整最有效和健康的选择方式。

肠道菌群是消化的关键组成部分，分解复杂的碳水化合物，蛋白质，并且在较小程度上分解到达下胃肠道的脂肪。该过程产生大量微生物代谢物，其可以局部和全身起作用（在被吸收到血流中之后）。这些途径都可以产生潜在有益和潜在毒性的代谢物。

接下来，我们逐一解析各大营养物质和肠道菌群之间的关系，对人体健康会带来什么样的影响。

小贴士【全文导航】

​各类营养成分

• 膳食纤维   
  • 菊粉
  • 抗性淀粉
  • 低聚果糖和低聚半乳糖
  • 聚葡萄糖
  • 阿拉伯木聚糖 

• 碳水化合物
  • 短链脂肪酸（乙酸盐，丙酸盐和丁酸盐）
  • 细菌交叉喂养

• 脂肪  
  • 高脂饮食引起的菌群失调可能与其促胆汁酸分泌有关
    
  • 脂肪也有好坏之分
    

• 蛋白质
  • 氨基酸

• 植物源生物活性营养素  
  • 多酚

• 维生素
  • 维生素K,B9,B12,B2,D3

• 食品添加剂 
  • 膳食乳化剂
  • 无热量的人造甜味剂 

• 矿物质

​饮食模式—菌群

• 西方饮食
• 地中海饮食
• 亚洲饮食
• 不同饮食特点的肠道菌群特征
• 动物饮食 vs 植物饮食

饮食量作为微生物调节剂

进食频率对菌群的影响   

时间-饮食-菌群

• 一生中饮食都会影响肠道细菌的结构和功能
• 失调的昼夜节律和饮食对微生物群的影响

饮食-菌群-健康互动的复杂性

• 人类主要肠道菌群及其代谢产物
• 膳食成分通过肠道菌群和宿主代谢相互作用
• 膳食代谢产物可通过不同的信号通路引起免疫应答，从而影响神经系统
• 饮食和菌群相互作用影响胃肠功能和健康
• 肠道菌群稳定性及对饮食的响应周期
  

普通膳食建议

膳食纤维

大部分食物经过小肠时吸收，但仍有一部分不能被消化吸收，主要是植物细胞壁多糖（包括纤维素，木聚糖，果胶）以及一些特定对体内水解酶无反应的多糖成分（如菊粉和寡糖），通常称为膳食纤维。膳食纤维在这里被定义为具有三个或更多个单体单元的碳水化合物聚合物。

膳食纤维对结肠屏障有重要作用，是结肠微生物的主要营养来源，经细菌酵解可以形成短链脂肪酸，对维持结肠系细胞的营养和功能完整时必需的，而且还具有排气，解毒，抗氧化，抗癌作用。

膳食纤维的发酵是盲肠和结肠微生物群的主要功能之一，也是短链脂肪酸的主要来源，短链脂肪酸是发酵的最终产物。

膳食纤维摄入增加时，胃肠运输速度增快，肠腔内细菌数量因营养物质增加而增多，从而使短链脂肪酸的含量明显增加，肠腔内PH值下降，影响肠腔内特定菌群的定植和生长。

膳食纤维主要有以下几类：

菊粉

一些研究表明菊粉通常与其他纤维结合从而对人体肠道微生物群组成产生影响。

菊粉或与减轻腹泻有关

一项研究调查了菊粉和部分水解瓜尔胶（i-phgg）或麦芽糊精混合物对60名便秘妇女肠道微生物群的影响。其中纤维组梭状芽孢杆菌（某些种类与腹泻有关）总数减少。

食用菊粉后双歧杆菌增加

在另一项研究中，从全球洋蓟（cynara scolymus）中提取的长链菊粉被给予健康志愿者。这项研究持续了3周，经过3周的缓冲期后，受试者又服用了3周的麦芽糊精（安慰剂）。总细菌水平不受干预影响。然而，与基线水平和麦芽糖糊精摄入后相比，食用菊粉后双歧杆菌数量显著增加。而且，食用菊粉后乳酸杆菌/肠球菌的数量更高，而食用麦芽糖糊精后则有所下降。另外，阿托波氏菌属的丰度增加，拟杆菌/普氏杆菌组的数量减少。SCFA浓度无差异。

此外，Lecerf等人还研究了菊粉和低聚木糖的影响。.在一项随机交叉研究中，60名健康受试者被给予木糖低聚糖、菊粉和木糖低聚糖以及小麦麦芽糖糊精的混合物4周。与麦芽糖糊精相比，仅木糖低聚糖就能提高双歧杆菌和丁酸盐的粪便浓度。此外，A-葡萄糖苷酶和B-葡萄糖醛酸酶活性较高，而乙酸和R-甲酚的粪便浓度较低。菊粉和低聚木糖的组合增加了粪便中的短链脂肪酸和丙酸盐，同时降低了血液中的脂多糖浓度。

抗性淀粉

淀粉可能逃过小肠的消化，到达结肠发酵。这种抗性淀粉通常被称为物理不可接近淀粉(RS1)、天然颗粒淀粉(RS2)、逆反应淀粉(RS3)或化学改性淀粉(RS4)

抗性淀粉促进布氏瘤胃球菌生长

一项随机交叉研究，包括14名超重男性，研究了在10周内服用RS3的效果。在特定饮食中，个体的细菌分布随时间的推移是恒定的。大多数研究对象在RS饮食中，布氏瘤胃球菌Ruminococcus bromii的丰度增加，该菌比例高达17%，而在含有麦麸的非淀粉多糖（NSP）饮食中为3.8%。未培养的颤杆菌克Oscillibacter和直肠真杆菌的水平也随着含有RS的饮食而增加。

在另一项关于RS的研究中，10名受试者被给予RS2、RS4或天然淀粉作为饼干，持续3周。RS4导致放线菌和类杆菌数量增加，而厚壁菌门数量降低。在种水平上，青春双歧杆菌Bifidobacterium adolescentis和迪氏副拟杆菌Parabacteroides distasonis的比例随RS4的增加而增加，而RS2则较RS4提高了布氏瘤胃球菌Ruminococcus bromii和直肠真杆菌的比例。个体差异较大，变化是可逆的，且与消耗的RS相关。

综上这两项研究的结果表明，食物中RS可能对布氏瘤胃球菌Ruminococcus bromii和直肠真杆菌有促进生长的作用，但这种作用可能取决于所使用的RS的类型。

低聚果糖和低聚半乳糖

无法在小肠中被酶解吸收，到达结肠后可产生SCFA，降低肠道pH值，具有促进双歧杆菌、乳杆菌等有益菌增殖，抑制肠杆菌、沙门菌等有害菌肠道内定植和繁殖的生理功能。

在一项前瞻性、双盲、随机、交叉试验中，健康志愿者每2周食用液体配方食品。一种配方食品含有由低聚果糖和豌豆纤维组成的膳食纤维，而另一种配方食品不含添加纤维。

在研究开始和两个干预期（6周）之间，志愿者们消耗他们的习惯性饮食。除双歧杆菌比例随纤维补充饮食增加而增加外，两个饮食期后所有靶向细菌种类均减少。

无论饮食的纤维含量如何，普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii和Roseburia intestinalis水平均降低，而拟杆菌的减少只发生在无纤维饮食。

无纤维饮食后，粪便短链脂肪酸（乙酸、丙酸和丁酸）浓度降低，而补充纤维饮食后，丁酸盐浓度也降低。

在一项双盲安慰剂对照交叉研究中，超重的成年人被喂食半乳糖(GOS)或麦芽糊精(安慰剂)混合物12周。在6周和12周后，含GOS的饮食增加了粪便中双歧杆菌的数量，而与安慰剂组相比，拟杆菌属(Bacteroides sp .)和梭菌(Clostridium histolitycum group)的数量同时减少。

聚葡萄糖

在持续21天的对照研究中，检测了聚葡萄糖（PDX）摄入对肠道微生物群的影响。每天志愿者食用三个小吃棒，提供PDX，可溶性玉米纤维或无纤维（对照）。与对照条相比，摄入PDX和可溶性玉米纤维导致梭菌科增多，优杆菌科减少。粪杆菌属Faecalibacterium，考拉杆菌属Phascolarctobacterium和戴阿利斯特杆菌属Dialister的水平较高，而对于乳杆菌，仅在可溶性玉米纤维消耗后才观察到这种效应。

普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii的数量也增多了。这种菌是丁酸盐生产者，以其抗炎特性而闻名。

处理前后，厚壁菌是最丰富的细菌群（93％），而纤维素消耗后，放线菌的丰度减少。

另一项对照研究，包括接受PDX治疗3周的健康人类受试者，结果显示，已知生产丁酸盐的菌Ruminococcus intestinalis的数量和Clostridium I，II和IV菌数量增加，而与接受麦芽糖糊精的安慰剂组相比，乳杆菌/肠球菌比例降低。肠道菌群变化持续了10周。

阿拉伯木聚糖

在一项前瞻性、双盲、随机、交叉试验中，健康志愿者每2周食用液体配方食品。一种配方食品含有由低聚果糖和豌豆纤维组成的膳食纤维，而另一种配方食品不含添加纤维。

在研究开始和两个干预期（6周）之间，志愿者们消耗他们的习惯性饮食。除双歧杆菌比例随纤维补充饮食增加而增加外，两个饮食期后所有靶向细菌种类均减少。

无论饮食的纤维含量如何，普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii和Roseburia intestinalis水平均降低，而拟杆菌的减少只发生在无纤维饮食。

无纤维饮食后，粪便短链脂肪酸（乙酸、丙酸和丁酸）浓度降低，而补充纤维饮食后，丁酸盐浓度也降低。

在一项双盲安慰剂对照交叉研究中，超重的成年人被喂食半乳糖(GOS)或麦芽糊精(安慰剂)混合物12周。在6周和12周后，含GOS的饮食增加了粪便中双歧杆菌的数量，而与安慰剂组相比，拟杆菌属(Bacteroides sp .)和梭菌(Clostridium histolitycum group)的数量同时减少。

聚葡萄糖

在持续21天的对照研究中，检测了聚葡萄糖（PDX）摄入对肠道微生物群的影响。每天志愿者食用三个小吃棒，提供PDX，可溶性玉米纤维或无纤维（对照）。与对照条相比，摄入PDX和可溶性玉米纤维导致梭菌科增多，优杆菌科减少。粪杆菌属Faecalibacterium，考拉杆菌属Phascolarctobacterium和戴阿利斯特杆菌属Dialister的水平较高，而对于乳杆菌，仅在可溶性玉米纤维消耗后才观察到这种效应。

普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii的数量也增多了。这种菌是丁酸盐生产者，以其抗炎特性而闻名。

处理前后，厚壁菌是最丰富的细菌群（93％），而纤维素消耗后，放线菌的丰度减少。

另一项对照研究，包括接受PDX治疗3周的健康人类受试者，结果显示，已知生产丁酸盐的菌Ruminococcus intestinalis的数量和Clostridium I，II和IV菌数量增加，而与接受麦芽糖糊精的安慰剂组相比，乳杆菌/肠球菌比例降低。肠道菌群变化持续了10周。

阿拉伯木聚糖

对健康成年人食用含有阿拉伯低聚糖(AXOS)的面包进行了对照研究。为了干预，将木聚糖内酯酶制剂加入到小麦/黑麦面包的面团中，得到平均聚合度为18。安慰剂面包含有阿拉伯木聚糖，平均聚合度为174。

安慰剂治疗后，拟杆菌/直肠真杆菌和 罗氏-真杆菌(Roseburia – Eubacterium) /普氏栖粪杆菌 比例更高。

食用添加AXOS的面包后，细菌总数和粪便丁酸盐含量增加，而分支链短链脂肪酸的浓度降低，同时，蛋白质发酵减少。

此外，一项随机的安慰剂对照的交叉研究检查了服用AXOS或麦芽糖糊精（安慰剂）的效果。与基线水平相比，摄入AXOS后（但3周后食用安慰剂后）双歧杆菌水平增加。细菌总数，乳酸杆菌，罗氏-直肠真杆菌或肠杆菌没有变化。在AXOS饮食后，尿液中的甲酚（一种细菌代谢物）含量较高。

总的来说，具有不同化学成分的膳食纤维似乎能够刺激产丁酸盐菌的生长和活性，例如Roseburia、直肠真杆菌和普氏栖粪杆菌。此外，摄入纤维后，双歧杆菌和乳酸杆菌的数量增加，并经常出现拟杆菌向副拟杆菌的转变。肠道中较高浓度的丁酸盐可能有益于局部和全身健康。

综上，我们已经了解到膳食纤维对身体健康的益处，那么假设不吃膳食纤维，会发生什么后果呢？

一项研究构建了无菌小鼠，研究人员定制了3种食物：含有15%纤维的食物；富含可溶性纤维的食物（类似于膳食补充剂）；不含有纤维的食物。他们以不同的食物喂养试验小鼠，并用大肠杆菌感染它们。

不吃膳食纤维，肠道菌群会吃你

结果发现：富含15%纤维的食物喂养的小鼠，它们肠道被感染的程度最轻。因为它们肠道黏液层较厚，可以防御细菌入侵。但是，如果小鼠摄取的是不含有纤维的食物，它们体内的肠道菌群会因为饥饿而“吃”黏液。一旦长期缺乏纤维，肠道菌群甚至于会“吃”肠壁。而且，使用富含可溶性纤维食物（类似膳食补充剂）的小鼠，它们体内的肠道菌群依然会呈现出“饥饿”状态。

碳水化合物

那些富含淀粉的食物，是我们平时摄入碳水化合物的主要来源，比如大米、小麦、玉米等谷物、土豆等薯类。

大肠中的细菌主要依赖于在上消化道中未消化的膳食底物以存活。糖分解细菌发酵通常产生有益的代谢产物，而如果碳水化合物含量有限，细菌转向替代能源，导致其他代谢产物的产生，这可能对人类健康更有害。膳食碳水化合物发酵后的关键细菌发酵产物是短链脂肪酸和气体。

细菌发酵产物之一 短链脂肪酸

粪便中检测到的三种最丰富的SCFA是乙酸盐，丙酸盐和丁酸盐。

丁酸盐潜在的抗癌活性

丁酸盐可以说是最重要的。它能通过抑制组蛋白去乙酰化酶诱导结肠癌细胞凋亡及其调节基因表达的能力，形成人类结肠细胞的关键能量来源，并具有潜在的抗癌活性。还有证据表明丁酸盐可通过cAMP依赖性机制激活肠道糖异生（IGN），对葡萄糖和能量稳态有益。

丙酸盐与减肥有关

丙酸盐也是上皮细胞的能量来源，但也转移到肝脏，在肝脏中它也在糖原异生中起作用。由于与肠道受体（G蛋白偶联受体，GPR）GPR 41和GPR 43（也称为脂肪酸受体FFAR2和FFAR3）相互作用，它也越来越被认为是饱腹感信号中的重要分子。在肠道糖异生中丙酸转化为葡萄糖通过减少肝葡萄糖的产生直接促进能量稳态，从而减少肥胖。

细菌成长离不开乙酸盐

乙酸盐是最丰富的SCFA，是其他细菌生长的必需辅因子/代谢物。例如，在没有乙酸盐的情况下，普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii不会在纯培养物中生长。

细菌交叉喂养

细菌产生中间发酵产物，包括富马酸盐，琥珀酸盐和乳酸盐，但由于其它细菌广泛利用它们，这些产物通常在健康个体的粪便中被检测到低水平。例如，乳酸通常被其他细菌转化为丙酸盐或丁酸盐，因此在成年粪便中以可忽略的水平存在。

然而，在患有溃疡性结肠炎的患者中，乳酸可以被检测到显着更高的量，并且可能是疾病的指标。共培养交叉饲喂研究说明了细菌相互作用对最终短链脂肪酸检测的影响。由长双歧杆菌在纯培养物中生长的果寡糖（FOS）产生的乳酸盐在与Eubacterium hallii的共培养中完全消失，且单独的E. hallii不能在碳水化合物底物上生长，被显著的丁酸盐水平所取代。

乙酸盐刺激了Roseburia intestinalis的生长，并且与不同的长双歧杆菌菌株共培养，果寡糖上的Roseburia intestinalis生长推迟，直到由长双歧杆菌产生的足够的乙酸盐积累在生长培养基中。

脂肪

脂类在小肠消化吸收的比例较大，粪便中测得的脂肪酸只有7%左右。但有关高脂饮食-肠道菌群相关研究越来越引人注目。

高脂肪含量的食物富含磷脂酰胆碱和胆碱，肠道细菌能将其转化成三甲胺，氧化的三甲胺进入血液可导致动脉粥样硬化，从而引发心血管疾病。

高脂饮食引起的菌群失调可能与其促胆汁酸分泌有关

脂肪量和质量可能影响肠道微生物群组成。胆汁酸是膳食影响菌群构成的重要因素之一，在消化、吸收脂类，以及清除、排泄机体产生的诸多废物等发面发挥重要作用。

来自人类干预研究的初步数据表明，膳食脂肪通过其对胆汁酸分泌以及胆汁酸组成的影响间接调节肠道菌群的组成。

高脂肪摄入会刺激胆汁酸的分泌并增加粪便中二级胆汁酸的浓度，如脱氧胆酸（DCA）。由于它们具有选择性的抗菌活性，胆汁酸如DCA可以介导脂肪诱导的肠道菌群改变。

在最近的一项短期干预研究中，高脂肪，以动物为基础的饮食显着增加粪便DCA浓度并改变微生物群组成，导致耐胆汁酸细菌增加。

脂肪也有好坏之分

高饱和和反式脂肪饮食被认为会通过提高血液总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇来增加心血管疾病的风险。另一方面，促进健康的脂肪，如单不饱和脂肪和多不饱和脂肪，对减轻慢性疾病的风险至关重要。

为了你的身体正常运转，你需要在饱和和不饱和脂肪之间保持稳定和平衡的供应。

几项人体研究表明，高脂肪饮食会增加厌氧菌总数和拟杆菌计数。让受试者食用不同脂肪含量的饮食。研究者指出，与基线水平相比，低脂肪饮食的摄入导致拟杆菌丰度增加，同时空腹血糖和总胆固醇降低。另一方面，高饱和脂肪饮食增加了普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii的相对比例。

最后，摄入高单不饱和脂肪的受试者并没有经历任何细菌属相对丰度的变化，但总体上确实降低了总细菌负荷、血浆总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇。

对大鼠的研究表明，摄入高脂肪食物会导致肠道乳酸菌数量显著减少，而产丙酸盐和乙酸盐的菌(包括梭状芽孢杆菌、拟杆菌和肠杆菌)则不成比例地增多。此外，肠道乳酸杆菌的丰度与大鼠脂肪量和体重呈负相关。

饱和脂肪促进代谢紊乱

猪油源性和鱼油源性脂质的比较显示，猪油喂养小鼠的拟杆菌和嗜胆菌属增多，用鱼油来源喂养的小鼠放线菌（双歧杆菌和Adlercreutzia）、乳酸菌（乳酸杆菌和链球菌）和Akkermansia muciniphila增加。

此外，与食用鱼油的小鼠相比，食用猪油的小鼠的全身TLR活化、白色脂肪组织炎症和胰岛素敏感性受损。作者证明，至少部分原因是由于两组间肠道菌群不同。结果表明，饮食中富含饱和脂肪的小鼠肠道菌群可能通过TLR信号在挑战时促进代谢紊乱。

另外还有第三类脂肪包括氢化脂肪，这是一种人工处理后的脂肪，天然食物中并不存在，比如油炸的快餐食品和人造黄油等，通常是不健康的应该避免食用。

蛋白质

食物中的蛋白质的消化产物主要是氨基酸以及一些小肽，约有95%经过胃和小肠被消化吸收，未吸收的氨基酸以及未消化的蛋白质在大肠下部，经大肠杆菌的作用，即腐败作用，产生一系列产物。

大多数的研究指出，蛋白质消耗与总微生物多样性相关。例如，关于乳清和豌豆蛋白提取物，已报道可提高肠共生双歧杆菌和乳酸杆菌，而乳清另外降低了致病脆弱拟杆菌和产气荚膜梭菌 。豌豆蛋白也被观察到增加肠道短链脂肪酸（SCFA）水平，这被认为是抗炎的并且对维持粘膜屏障很重要。

一项研究给无菌小鼠肠道接种10种细菌，并给予不同组合的单糖（蔗糖）、多糖（玉米淀粉）、脂肪（玉米油）和蛋白质（酪蛋白），结果发现随着酪蛋白浓度增加，细菌总数增加，有7种细菌数量与酪蛋白呈正相关，3种细菌呈负相关。数量与酪蛋白浓度呈正相关的细菌多形拟杆菌、卵形拟杆菌、粪拟杆菌均属于拟杆菌属，占细菌总数绝大部分。

此外，摄入红肉促进的几种微生物也与三甲胺-N-氧化物（TMAO）水平升高有关，三甲胺-N-氧化物是一种致动脉粥样化合物，可增加心血管疾病的风险。

【 注：红肉是营养学上的概念，指的是在烹饪前呈现岀红色的肉，含有很高的饱和脂肪。如猪肉、牛肉、羊肉、鹿肉、兔肉等所有哺乳动物的的肌肉、内脏及其制品都是红肉。

有证据表明，芳香族氨基酸（苯丙氨酸，酪氨酸和色氨酸）可以发酵成苯基丙醇代谢物，苯乙酸和4-羟基苯乙酸，它们在粪便中含量很高。所涉及的包括几种拟杆菌，Eubacterium hallii和Clostridium barlettii.

宿主对蛋白质的消化率比碳水化合物和脂肪的消化率变数更大，受先前提到的食品加工因素、大量营养素比率和转运时间的影响，这也导致不同氨基酸组成可以供肠道微生物群利用。

氨基酸发酵所需的额外的相互转化步骤产生了大量的代谢产物。对宿主有毒的化合物可由此过程产生，包括胺、酚/吲哚和含硫化合物。当然并非所有的氨基酸都会发酵成有毒的产品；事实上，最丰富的终产物是SCFAs.

氨基酸分解代谢两个步骤：要么脱氨生成羧酸加氨，要么脱羧生成胺加二氧化碳。脱氨基会产生高浓度的SCFAs.

接下来的步骤取决于氨基酸起始底物的种类，大多数最终会产生三羧酸循环中间体、丙酮酸盐或辅酶A-连接的SCFA前体。

人体肠道微生物群发酵氨基酸的主要产物

植物源生物活性营养素

植物，除了纤维，还为人类饮食提供了许多生物活性化合物。多酚是一大类不同的化合物，多存在于一些常见的植物性食物，如红酒、大豆、番茄、葡萄、绿茶等，其中一些有益于健康。

例如，给高脂饮食喂养的小鼠补充来自葡萄或蔓越莓的多酚，减少了炎症和饮食带来的致肥效果。这与
Akkermansia muciniphila菌的大量增加有关。

但由于对化合物的反应具有相当大的个体间差异，因此很难分析多酚对人类，特别是黄酮类化合物的健康影响，这可能源于肠道菌群的差异。

研究用高脂饮食喂养的小鼠，由于低膳食可用性和类黄酮降解共生物的增加，肠道中的黄酮类芹菜素和柚皮素水平显著减少。将高脂饮食喂养的小鼠转换为正常的多糖饮食使其代谢参数正常化，但不是它们的肠道菌群组成，其持续降解这些类黄酮，导致类黄酮水平低。由于成功节食的小鼠被重新喂养高脂饮食，低黄酮类水平充当“微生物群记忆”，通过影响棕色脂肪组织的热量产生进一步加剧高脂饮食喂养小鼠的代谢作用。用膳食芹菜素和柚皮素补充节食小鼠，可以通过补充其调节能量消耗的能力来防止加剧的体重恢复。

植物来源化合物如何与尿路结石风险增加有关？

通过肠道菌群改变为与健康有益的形式的其他植物化合物的实例包括羟基肉桂酸咖啡酸，香豆酸和阿魏酸，它们作为植物中的酯共轭物存在，并以其自由化学形式被认为是抗炎和抗氧化的。双歧杆菌，乳酸杆菌和埃希氏菌属的成员能够从共轭植物形态中释放出来，从而影响这些生物活性化合物的个体化水平。

与此同时，肠道菌群会降解其他有毒植物来源的化合物，如草酸盐，其中富含几种绿色，坚果，浆果和茶，并形成可能导致肾结石形成的草酸钙晶体。 在分解代谢草酸盐的细菌中，产甲酸草酸杆菌Oxalobacter formigenes是一个关键的参与者，该分类群的低丰度与尿草酸盐浓度升高和人类尿路结石风险增加有关。

各种食物中存在的膳食多酚类型

以及导致降解的微生物的类型

膳食多酚除了具有全身抗菌和代谢功能外，还具有抑制肠道细菌的作用。

维生素

维生素是人体健康必需的小分子物质，近年的研究发现这些小分子物质对肠道菌群的组成有一定的影响。

通过肠道菌群产生甲基萘醌，叶酸，钴胺素和核黄素，以满足其自身的能量和代谢需求。

维生素K在血液凝固，骨代谢以及可能的胰岛素敏感性中起关键作用。广泛的抗生素治疗降低肝脏维生素K2浓度，肠道菌群是维生素K的重要来源。

维生素B9是参与细胞分裂的必需维生素，这种维生素缺乏与癌症，贫血症的高风险相关和胚胎发育过程中的神经管缺陷。

维生素B12是一种代谢辅助因子，其缺陷导致老年人痴呆症和心血管疾病的风险增加。

维生素B2是辅因子黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）和黄素单核苷酸（FMN）的前体。其缺乏与神经肌肉和神经系统疾病，癌症和李斯特菌感染的易感性有关。

一项研究通过问卷形式计算非洲裔美国人和美国白人的饮食组成，结果显示非洲裔美国人杂环胺的摄入较高，维生素的摄入较少，并且与两个种族粪便微生物组成差异相关。维生素D摄入不足或缺乏可引起肠道菌群组成的改变。

另有研究表明，补充维生素D3可改变上消化道（胃体、胃窦和十二指肠）的肠道微生物群。γ-变形杆菌相对丰度降低，包括假单胞菌属和大肠杆菌/志贺氏杆菌属，细菌丰度增加。

食品添加剂

在过去的几十年里，人类饮食的主要变化之一是加工食品的增加，这些食品通常含有合成的或天然的添加剂，如防腐剂、甜味剂、乳化剂和强化剂。这些添加剂通常被食品监管机构认为是安全的，依据是批准时公布的科学证据。

膳食乳化剂导致菌群失调引起炎症

许多食品(如工业生产的番茄酱)中都添加了膳食乳化剂，以保持油和水的乳剂。一项研究表明，低剂量的两种常见乳化剂，羧甲基纤维素和聚山梨酯-80，会使小鼠菌群失调，从而诱发低度炎症、代谢综合征和结肠炎。当对这些化合物的反应在人类肠道菌群培养中进行分析时，检测到了生物活性鞭毛蛋白水平的升高，其原因可能是菌群失调，也可能是细菌基因表达发生了改变。

另一种乳化剂是磷脂酰胆碱(一种卵磷脂)。与l-肉碱和其他胆碱分子一样，卵磷脂被肠道微生物群转化为TMA，从而增加TMAO水平和CVD1的风险

菌群决定无热量的人造甜味剂对人有益or有害

另一种常用的食品添加剂是无热量的人造甜味剂，它被推广为一种常见的减肥策略，通过将含有高热量糖的食物和饮料换成无热量的甜味替代品，来限制饮食中摄入的热量。

在人类的观察研究和啮齿类动物的干预中，对这种方法的疗效的研究显示出混合的和相互矛盾的结果：一些研究显示了无热量的人造甜味剂对减肥有益，而另一些研究报告了无热量的人造甜味剂促进增重和其他相关的代谢紊乱。

无热量的人造甜味剂与葡萄糖不耐受有关

有几项研究报告了啮齿动物在食用糖精、三氯蔗糖阿斯巴甜、甜蜜素、新甜和阿昔单胺钾等无热量的人造甜味剂时，其代谢平衡失调和菌群破坏。对改变的微生物组或其分泌的代谢物的基因含量进行的功能分析表明，人造甜味剂诱导的生态失调通向代谢表型，对于糖精，通过将引用糖精的小鼠菌群移植到GF幼鼠中，表现出同样葡萄糖不耐受。从而将无热量的人造甜味剂和葡萄糖不耐受建立直接联系。

无热量的人造甜味剂与提高能源收获能力有关

有趣的是，在两项针对不同无热量的人造甜味剂（糖精和阿斯巴甜）的啮齿类动物研究中，消耗量与醋酸和丙酸盐水平的增加有关，这表明无热量的人造甜味剂改变的肠道微生物群的能量收获能力增加。

在一项小规模的人体干预试验中，糖精摄入后葡萄糖稳态的破坏在一些参与者中很明显，但不是所有的参与者中都存在，这与他们接触糖精前和糖精诱导的菌群组成的改变有关（每天补充120mg糖精，6天，7人）

以上结果表明，无热量的人造甜味剂摄入对健康影响的相反结果源于参与者自身菌群的差异（通过鉴定菌群的敏感性特征）。由此，对于用无热量的人造甜味剂替代高热量甜味剂，我们可以区分哪些人可以从中获益，哪些人应该避免。

矿物质

​大量补铁或有菌群失调风险

众所周知，补充铁是预防和治疗贫血的常用方法，尤其是婴儿。然而，细菌尤其是一些病原体是高效的铁清除剂。因此，补充铁可能导致菌群失调和病原体大量繁殖

类似的，在饮食中补充锰会增加心脏的细菌定植，增加小鼠金黄色葡萄球菌感染的致死率，这可能是由于细菌利用锰来保护机体免受活性氧和中性粒细胞的杀灭。

以上所有都是讨论食物中的某种营养成分，但我们日常生活中，每天吃很多种类的食物，多种食物的组合互相协同，我们可以探讨下不同的饮食模式和肠道菌群之间的关系，以及对健康的影响。

饮食模式-菌群

地中海饮食法 

地中海饮食主要是植物性饮食。地中海饮食强调食用蔬菜、水果、蔬菜、坚果和橄榄油等“健康”脂肪。还有一个重点是利用香料和其他调味品来代替盐的使用。饮食的另一个重要组成部分是限制加工食品中的碳水化合物。

在一项小型研究中，与同样饮食的男性相比，女性在地中海饮食后的食欲和饥饿感下降幅度更大，这可能是由于该饮食中纤维含量增加所致。如果遵循正确的饮食习惯，这种饮食中的纤维含量高，动物源的脂肪含量低，加工食品中的碳水化合物含量低，盐含量低。

不同饮食特点的肠道菌群特征

狩猎-采集人群依赖于觅食，很少接触治疗剂，在普氏菌和其他纤维降解菌群中高度富集。相反，西方化社会中发现的饮食特征和卫生基础设施与拟杆菌的优势相关，同时伴随着微生物多样性的减少。

动物饮食 vs 植物饮食

基于动物的饮食对肠道微生物群的影响比基于植物的饮食更大。

菌群对饮食的反应相对于所有受试者的基线样品计算每个饮食组上的簇log2倍数变化，并绘制为圆圈。

基于动物的饮食中具有显着倍数变化的群集以红色着色，并且基于植物和动物的饮食具有显着倍数变化的群集以红色和绿色着色。

未着色的簇在基于动物或植物的饮食中没有表现出显着的倍数变化（q <0.05，双侧Wilcoxon符号秩检验）。

在动物饮食中具有三个最大的正和负折叠变化的群集中的菌群成员也被显示并通过门着色：厚壁菌门（紫色），拟杆菌（蓝色），变形菌门（绿色），Tenericutes（红色）和Verrucomicrobia（灰色）。括号中会计入多个具有相同名称的OTU。

动物饮食增加了耐胆汁微生物（腐烂别样杆菌、嗜胆菌属和拟杆菌）的数量，并降低代谢膳食植物多糖的厚壁菌门的水平（罗氏菌属Roseburia、直肠真杆菌和布氏瘤胃球菌）。

该研究还显示：相对于植物性饮食和基线样本，动物性饮食显著降低了碳水化合物发酵产物的水平，提高了氨基酸发酵产物的浓度。

饮食量作为微生物调节剂

摄取的食物量会影响肠道微生物群。

在人类中，短期碳水化合物限制（每天24-164克，持续4周）导致产生丁酸盐的细菌减少，因此产生丁酸盐70，以及限制卡路里的方案（10％的能量摄入减少10％周）导致微生物组组成的改变，包括Blautia coccoides的减少和拟杆菌属的增加。

进食频率对菌群的影响

尽管对进食频率和健康状况进行了大量研究，但最近才开始研究进食频率对胃肠道微生物组的影响。

马的盲肠微生物群受饲养频率的影响，饲养频率越高，YRC22属相对丰度越高，普氏菌属、乳酸杆菌属、链球菌属、粪球菌属、和考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)相对丰度越低。

为了确定饮食模式的改变是否影响与人类葡萄糖反应、脂质代谢和肥胖相关的类群，还需要进行更多的研究。

与进食频率无关，某些菌群与改善的葡萄糖稳态，脂质和肥胖有关。例如，粘蛋白降解肠细菌A. muciniphila与改善的葡萄糖稳态有关，与动物模型中的炎症反向相关。

在人类中，Akkermansia的增加与空腹血糖、腰臀比和皮下脂肪细胞直径呈负相关。

除以上膳食成分、饮食模式、饮食量、进食频率等对菌群产生影响外，还有昼夜节律变化也会影响菌群波动。

时间-饮食-菌群

饮食对微生物组分和功能的时间效应可以在多个时间尺度上发生，范围从饮食诱导每日微生物组波动到注意到长期变化后数天内观察到的营养相关效应。

在最高分辨率下，宿主每天昼夜节律的睡眠-清醒和进食-禁食周期伴随着显著的组成和功能性肠道微生物群变化，在三个主要门，拟杆菌门，厚壁菌门和变形杆菌门的成员中，以及粪便和循环中的细菌代谢产物的水平上，都能观察到绝对丰度振荡。

一生中饮食都会影响肠道细菌的结构和功能

失调的昼夜节律和饮食对微生物群的影响

连续肠外营养的小鼠已被证明微生物群落结构发生了实质性变化，但微生物群并未完全丧失昼夜变化。但高脂肪饮食和昼夜节律紊乱的结合可能是导致小鼠微生物失调的原因。

有证据表明细菌含有时钟基因，并以昼夜节律的方式调节宿主的行为。例如，产气肠杆菌据称含有内源性生物钟基因，其通过分泌到胃肠道中的褪黑激素与人宿主同步。

在小鼠中，高脂肪饮食干预后出现的肝昼夜节律钟的重新编程被归因于微生物驱动的感应和转录因子PPARC的激活。

肝脏和肠道昼夜节律基因都受到未结合的胆汁酸（已知的微生物代谢产物）的影响。在无菌和抗生素诱导的小鼠模型中，微生物群的缺失已被证明会改变肠上皮细胞核受体的转录以及诸如Rev-erba、RORa、Bmal1、Cry1、Per1和Per2等时钟元件。

已发现在没有微生物的动物中，回肠和结肠上皮细胞内昼夜节律性被完全打乱了。研究人员推测，微生物相关的分子模式是以连续的方式从微生物群中释放出来的，相反，也有研究表明细菌组成的昼夜变化导致细菌代谢物浓度的相应变化，例如在禁食期间达到峰值的丁酸盐，以及在摄食期间达到峰值的硫化氢。已显示粪便丁酸盐在标准但不是高脂肪饮食的小鼠中循环，而硫化氢在高脂肪但非正常饮食的小鼠的盲肠中表现出周期性行为。先前已经在体外证明这些代谢物可以直接影响肝脏时钟基因Per2和Bmal1的循环。

总之，在昼夜节律破坏后观察到的负面后果可能与由肠屏障功能的改变，促炎细菌的丰度增加和昼夜节律紊乱相关疾病的病因引起的炎症过程有关。

饮食-菌群-健康互动的复杂性

大量营养素、微量营养素和食品添加剂与微生物群相互作用，改变特定属的丰度或微生物代谢产物环境，从而对宿主健康产生相当大的影响。在这个复杂的网络中，大多数食物成分和微生物是多面的，对宿主既有利又有害。

常见的膳食成分通过肠道微生物群代谢并产生调节宿主代谢（例如在动脉粥样硬化中）的代谢物【例如，膳食胆碱和三甲胺（TMA）】。同时，饮食改变了菌群组成并因此改变了微生物代谢产物，其中一些对宿主会产生有益或有害的影响【例如，脂肪，脂多糖（脂多糖）和内毒素血症）】。一些相互作用局限于肠道【例如，纤维，短链脂肪酸（SCFAs）和肠道糖异生】，而其他作用则有系统性效果【例如，脂肪，乙酸盐和抗胰岛素性（IR）】。

饮食模式可以通过营养物质对多种变量的影响影响影响代谢变化和炎症的发展，包括微生物组分、微生物产物的释放、胃肠道信号分子、以及神经递质。

由于细菌专门用于不同底物的发酵，复合饮食可以为特定的种系提供一系列促生长和生长抑制因子。

这些信号分子依次与免疫系统的调节有关，促进或抑制促炎细胞因子的产生和特异性白细胞亚群的扩大，如Th17和Treg细胞，它们与神经系统发育有关。

膳食代谢产物可通过不同的信号通路引起免疫应答

膳食代谢物来源于各种食物的消化

食物，如纤维、鱼和肉被消化，直接（例如，ω-3脂肪酸、烟酸）或间接产生代谢物【例如，短链脂肪酸（scfas）或吲哚-3-醛，分别通过细菌消化膳食纤维或色氨酸获得】

膳食代谢产物可以通过代谢传感GPCRs发出信号

这可以通过激活MAP激酶等途径的传统G蛋白信号传导，或通过β-抑制蛋白2来实现，一种与抗炎作用更密切相关的替代途径，包括抑制NF-κB功能或抑制炎症细胞因子的产生。

此外，在GPCR激活后，NLRP3炎症体激活响应Ca2+通量或K+射流。

某些代谢物作为组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂

例如短链脂肪酸，尤其是丁酸盐和丙酸盐。

SCFAs抑制HDAC可使组蛋白内赖氨酸残基乙酰化，从而通过染色质松弛促进基因转录。

最后，膳食代谢物可以作为转录共激活因子

例如，吲哚-3-醛与芳烃受体（AHR）结合，允许其与AHR核转位蛋白（ARNT）相互作用以促进基因转录，包括肠内稳态细胞因子IL-22.

膳食代谢物信号的作用以及对免疫、代谢和神经系统的影响

各种膳食代谢物的可用性取决于食物摄入量（数量和质量）以及宿主或肠道微生物群的新陈代谢。代谢产物分布到胃肠道，并以高浓度输送到门静脉。

这些代谢物可以引发广泛的生物学功能，主要是通过结合到它们的同源GPCRs。GPCR激活可诱导细胞形态和运动的改变，诱导Ca2+或K+流出，或诱导下游pi3k/map激酶途径。GPCRs也可以通过β-抑制蛋白来传递信号，β-抑制蛋白可以抑制NF-κB的激活和促炎细胞因子的产生。

随后，其同源GPCRs的饮食代谢物激活可影响细胞迁移、炎症体激活、上皮完整性、炎性细胞因子产生、Treg细胞生物学、肠-脑轴、组织修复、肿瘤抑制、饱腹感和代谢。

饮食和菌群相互作用影响胃肠功能和健康（从生态学、代谢学和免疫调节的角度）

以上我们知道了饮食对塑造肠道菌群及健康的重要性

然而或许我们还有疑问：

肠道菌群对摄取食物的响应周期是多长时间？

肠道菌群的动态波动和稳定主要受什么因素影响？

下面看一篇权威的论文

该文章将每日宏基因组数据与日常饮食相结合，构建了响应饮食的肠道菌群变化模型来进行研究。

实验设计

某研究连续17天收集来自34名受试者的膳食摄入数据和粪便样本。使用自动化自我管理的24小时（ASA24）饮食评估工具收集每日食物记录

表1 按性别分类的主体特征

结果发现

• 相似的食物对不同人的肠道菌群有不同的影响
• 相比于常规营养素，肠道菌群与整体食物数据具有更为强烈的相关性
• 每日微生物组的变化取决于至少两天的饮食历史
• 肠道菌群稳定性与饮食多样化有关
  

同时我们也可以看出，以调节肠道菌群为目的的干预方案需要针对个体进行定制。

对上述所有饮食的比较揭示了一个中心主题：蔬菜、水果、瘦肉的消费量增加，加工食品的消费量减少，可带来积极的健康效益。大多数人选择食物的因素往往集中在食物的数量和容易获得和准备，而不是食物的内容和质量。由于优先考虑这些因素，食物首要为我们身体提供能源和保障健康越来越被我们忽视，取而代之的是快餐，高热量、低营养质量食品的大量进入我们生活，这直接导致了当下的许多慢病包括肥胖的流行。  

普遍饮食建议

• 食用主要由新鲜蔬菜、水果和瘦肉蛋白质来源组成的饮食。 
• 增加纤维有助于提高饱腹感和改善血糖参数。 
  -贫蛋白来源也会增加饱腹感。 
  -限制加工食品和外源性膳食糖的摄入量。 
  -控制食物大小和饮食量。 
  -避免从饮料中摄取热量。  

主要参考文献

Kaczmarek J L, Thompson S V, Holscher H D. Complex interactions of circadian rhythms, eating behaviors, and the gastrointestinal microbiota and their potential impact on health[J]. Nutrition reviews, 2017, 75(9): 673-682.

Johnson A J, Vangay P, Al-Ghalith G A, et al. Daily Sampling Reveals Personalized Diet-Microbiome Associations in Humans[J]. Cell host & microbe, 2019, 25(6): 789-802. e5.

Oliphant K, Allen-Vercoe E. Macronutrient metabolism by the human gut microbiome: major fermentation by-products and their impact on host health[J]. Microbiome, 2019, 7(1): 91.

Zmora N, Suez J, Elinav E. You are what you eat: diet, health and the gut microbiota[J]. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 2018: 1.

Jandhyala S M, Talukdar R, Subramanyam C, et al. Role of the normal gut microbiota[J]. World journal of gastroenterology: WJG, 2015, 21(29): 8787.

David L A, Maurice C F, Carmody R N, et al. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome[J]. Nature, 2014, 505(7484): 559.

Rowland I, Gibson G, Heinken A, et al. Gut microbiota functions: metabolism of nutrients and other food components[J]. European journal of nutrition, 2018, 57(1): 1-24.

Murtaza N, Cuív P Ó, Morrison M. Diet and the microbiome[J]. Gastroenterology Clinics, 2017, 46(1): 49-60.

Brewster R, Tamburini F B, Asiimwe E, et al. Surveying Gut Microbiome Research in Africans: Toward Improved Diversity and Representation[J]. Trends in microbiology, 2019.

Trepel F. Dietary fibre: more than a matter of dietetics. I. Compounds, properties, physiological effects[J]. Wiener klinische Wochenschrift, 2004, 116(14): 465-476.

Faith J J, McNulty N P, Rey F E, et al. Predicting a human gut microbiota’s response to diet in gnotobiotic mice[J]. Science, 2011, 333(6038): 101-104.

Mai V, McCrary Q M, Sinha R, et al. Associations between dietary habits and body mass index with gut microbiota composition and fecal water genotoxicity: an observational study in African American and Caucasian American volunteers[J]. Nutrition journal, 2009, 8(1): 49. 

Pace L A, Crowe S E. Complex relationships between food, diet, and the microbiome[J]. Gastroenterology Clinics, 2016, 45(2): 253-265.

Dietary reference intakes: the essential guide to nutrient requirements[M]. National Academies Press, 2006.

Hellwig JP, Otten JJ, Meyers LD. Dietary Reference Intakes∷ the Essential Guide to Nutrient Requirements. 2006 

Katz DL, Meller S. Can we say what diet is best for health? Annu Rev Public Health. 2014;35:83–103. doi: 10.1146/annurev-publhealth-032013-182351.   

分享|破解菌群检测应用于多疾病临床辅助诊断应用的难题

越来越多小伙伴开始关注我们产品的同时也会对产品的准确性，检测使用的技术等产生强烈的好奇日常提问：

检测后能得到什么有用的信息？

这个结果的准确性如何？

通过检测能直接区分患者和健康人吗？

同个人过一段时间做菌群变化大吗？

取样时间不同影响大吗？

疾病之间会不会相互干扰？

……各种问题层出不穷今天就为大家详细解答

以下是分享原文。

非常高兴有机会在这里跟大家分享我们这几年在肠道菌群检测应用于临床和健康管理方面的尝试,以及我们的一些经验｡

谷禾成立于 2012年，是最早从事肠道菌群健康事业的公司，技术骨干源自浙大。建立了完整的pcr分子实验室｡

我们比较专注,一直在做肠道菌群检测,从整个样本量来说,我们更关注来自于临床的有病理的信息,以及临床辅助诊断的数据样本。所以我们在这方面积累了相当大一部分的数据集｡

而且这些临床样本相对来说,对于我们后续将肠道菌群检测应用于临床辅助诊断当中有很大的帮助。

我们其实不只是检测一下肠道菌群的构成,以及哪些菌有异常,我们是希望将肠道菌群检测直接做成一个临床辅助诊断的产品｡

不只是告诉你可能有哪些疾病风险,我们希望可以直接给出包括结直肠癌、胃癌、甚至肝癌、抑郁症、自闭症的临床辅助诊断提示｡

从这个角度上来说,可能跟目前已有的检测,包括这几天嘉宾分享的一些研究，可能就会有很大的不同｡

你可以通过检测找到很多肠道菌群构成的显著性差异,比如自闭症患者跟健康人之间有相当大一部分的菌是存在丰度上的显著差异，但是：

能不能准确告知,哪个是自闭症患者,哪个是健康人,或者是他甚至有中间型的状态？

那么这个过程当中就需要解决几个问题｡

第一个问题,首先是准确度

不仅仅是告诉你一个概率的问题,而且需要临床辅助诊断,那么就需要提高样品的处理本身,以及疾病诊断模型的准确度｡

第二个是稳定性

大家都知道肠道菌群其实受的影响因素非常多,你的饮食方式、生活、地域、健康状态、甚至情绪状态都可能对菌群有巨大的影响｡

这种巨大的影响的来源有这么多的情况,那么如何保证无论你什么时候检测，都能够是可靠稳定的？

假设一个结直肠癌患者,他今天做了,和隔了一个礼拜之后再去做,从病理的状态上来说,他还是个结直肠癌患者,但是他的菌群状态可能会产生巨大的变化｡

那么这些变化本身是否会对我们的检测和临床结论产生巨大的影响,这种波动如何去消除,所以这个是个稳定性的问题。我等会也会讲到｡

再一个是可解释性

因为菌群相对来说,实际算是一个大的数据。我们现在如果采用高通量测序的方式来做,一次性可以拿到大量的数据集｡

这些数据集本身会有各种各样的菌的构成差异,我们的经验是差不多每个人,从婴幼儿开始到成年人,大概两岁以上的婴幼儿，菌群构成会从200到2000种菌不等，也就是说每个人会有这么大的菌的种类。

但是总的数据集有多大呢？我们自己有几万例的人群的样本,构建了一个人的肠道菌群的参考数据集，这个数据集里目前包括7500多种菌。但是我们自己的评估,全人类的肠道当中可能出现的定植菌应该会超过10万例｡

那么这么大的数据量当中的异常菌如何去进行解释,如何给临床上提供更有意义的,病理上也好,或者机制上的一种解释,以及可以量化的干预方案,这就是可解释性｡

最后一个是经济性

因为如果希望肠道菌群检测能够作为一个临床辅助诊断的项目，或者是针对具体的临床疾病的辅助诊断来说,它不仅仅要做到准确,它要具有足够大的经济性｡

也就是说成本必须要得到控制,几千块钱的项目可能能做,但是它无法做到普及,也无法在临床当中被大量的应用,所以如何控制成本也是个巨大的一个问题｡

我们做了很多的工作，尝试在上面提到的方向去努力实现在临床应用当中的可能，以下几方面我后面会逐一讲一下我们所做的工作。

第一是取样和储存运输，然后是如何大规模、低成本、高效准确的去处理样品。

再一个是参考数据库,完整的数据库的建立,其实也是非常重要的｡

然后是大规模人群队列和临床数据。我们的核心经验,由于肠道菌群的多样性，以及受各种因素的影响比较多,那么大规模的人群队列就变成一个非常重要的点｡如何去构建大规模的临床队列,以及从这个大规模的临床队列当中,我们能不能拿到一些信息和有用的经验｡

再有是全方位的解析,我们等会儿会讲到不只是在菌群层面上,也不只是在代谢层面上，我们甚至可以基于肠道菌群,把代谢营养,生理生化指标,免疫指标,我们都是来自于临床的,包括血常规,尿常规,我们都能够进行解析｡

还有重要的一点是如何使用人工智能的高可用性的模型,从这么大的数据当中精细化的提高检出率的同时,又能够保证它的特异性和敏感度,这是个巨大的一个挑战,这个我后面也会讲到｡

第一个方面,可能我们现在采用的这个取样方式,应该相对来说最简便和最小的一个取样方式,我们直接可以用棉签从厕纸上蘸取,直接洗脱在取样管当中｡

你可以看到取样颜色达到左侧第二个管子的这种颜色的粪便量,我们就可以完成整个检测,从使用体验上来说,会比较简便,而且需要量少｡

样本保存也可以在室温下至少可以保存一个月,运输过程当中就不需要涉及到冷链,可以直接快递，便捷性也会大大提高｡

有了这个取样管之后,实际上从临床和门诊当中可以快速的拿到大量的方便的样品,因为不需要采用非常复杂的取样和储存的方案｡

我们讲第二个方面,刚才提到菌群的构成特点是很多样性的，而且跟很多因素包括取样时间有关,比如说早上取、晚上取,取的粪便的部位以及取样的量的多少,可能出来的菌群构成都会有一些区别｡

如何再将这些区别和波动有效地控制，并且从中提取稳定准确的信息

这就涉及到一个我们能够从菌群数据当中能拿到一些什么结果,我主要从几个维度来讲｡

——首先是菌群丰度和菌群结构

你首先可以知道每一种菌大概有多少的量,相对比例是多少｡你还会知道菌群构成，也就是说都有些什么菌。

——然后是菌群结构｡

所谓菌群结构就是说,有一些菌它会共同出现。甚至你会发现你检测到了有几种菌，并不代表其他的菌可能就没有出现｡我们的肠道菌群总共可能会有七万多种菌,每个人差不多200到2000种,但是在99%的人当中都出现的菌,可能不超过30几种｡你的肠道当中有这种菌,但是很多人当中都没有这种菌,那么很多的信息是稀疏的。但是通过构建菌群结构之后,你会发现这两种菌,可能一个在你这里有,一个在另外一个人当中有,但是这两种菌它其实代表的意义和内涵是类似的｡

——再一个方面,我们通过数据的模型的挖掘,可以拿到更高维的特征。

这些特征反应的是生理的,比如说你的尿酸量,你的尿蛋白,你的血液当中的高密度脂肪酸，包括一些代谢的指标,这些指标的生理的特征和病理的特征,我们也可以通过菌群结构来进行提取｡

那么从信息的维度上提升了之后,你可以看到数据的稳定性在不断提高。

最底层数据菌种的丰度波动性是非常大的｡前一天的饮食如果有改变,跟你日常的饮食习惯有一些稍微的改变,第二天的检测,菌群的构成丰度上,波动甚至会达到30%｡这种菌群丰度的变化,就代表如果你单纯依据少量的几种菌的丰度变化去检测它的异常,或者是这个疾病的状态的话,稳定性是很差的｡那么你就需要控制各种场景,各种条件,才能拿到一个稳定的结果。但是菌种丰度又代表了一个非常高的信息量｡

那我们尝试的更多的是从第二个维度开始,就菌群的构成,菌群的结构以及高维的菌群特征这个角度,因为它的稳定性更好｡我们通过不断的去加入各种各样的临床病例的数据的方式来提取这些菌群的附加信息｡

这就涉及到第二个问题,我们要把这更多维度的信息量能够提出来的话,你就必须要有涉及到非常大规模的样本人群，包括疾病状态、年龄、社会生活区域、饮食方式等各种因素的情况｡

那么大量样本的话,我前面提到我们在取样盒上的改进,对应的我们还提供了一个快速的提取方式｡就是通过磁珠法,来完全全自动化的来配合我们的取样盒,来做到大规模,自动化的,低成本的快速提取｡

因为一般来说像MoBio这一类的试剂盒它对于样本的起始量有一个比较高的要求,并不适用于我们前面那种非常低当量的一个量｡

我们自己改进之后的方法，稳定性和可靠性也是相当高的,这样是极大地降低了我们的整个实验处理过程当中的成本,同时又能够有效地保证这个检测结果的可靠性。我们的方法已经有文章发表｡

那么当有了大量的样本之后,第二个问题就是

需要你更精准,更精细化的去提取这些数据

提取这些数据的过程当中我们自己也做过比较｡用公共数据库包括Greengene、RDP或者HMP这些数据参考集,我们大概也就只能最多到95%的数据是能比对上去的，到种属的鉴定甚至会更低一些。

我们自己大概用了24000例的来自全球各地的样本,包括我们自己大概测了将近有17000多例的我们早期测的样本，还有各种来源的,特征的,包括疾病状态的,包括我们纳入了从各种基因组数据库拿到的肠道疾病和人体病原物的这些菌的数据,总共汇总之后,我们有24000多人的样本｡

最后,我们构建了一个全新的人体肠道的一个参考集,这个参考集大概有75000多种OTU的菌，然后我们做了大量的注释，超过99.5%的菌是都能够完成比对的,这就大大的提高了对于菌属和样品当中菌构成的分辨率｡

我们目前总的样本量已经接近快20万了,估计今年应该会超过20万例｡

多种相关疾病互相存在干扰

这个是遇到的另外一个问题。

当我们解析了这些菌之后,我们尝试去做不同的疾病状态下菌的构成丰度和这些菌的特征信息，我们去尝试做疾病的分类。

前期做的时候效果相对还是非常不错的,因为它的特征菌比较明显。但是实际上面对临床的时候会遇到第二个问题，临床当中没有一个人的样品是非常干净,他可能会有结直肠癌,但是同时又会有高血压,或者是有消化道的疾病。

这些样本在你做检测之前你其实不知道他的状态，在试验或者研究型论文当中，你可能做的队列一个是健康人,再加一个某种疾病的患者,那么这两类的样本做出来,统计差异是非常明显的｡但是如何在临床样本当中做到非常精准地将这两类人区分,而且不受任何中间因素的干扰,比如说阴性干扰样本的这个影响，这是需要面临的问题。

图解

上面图的左侧,我们自己做了一个结直肠癌的模型｡结直肠癌我们现在检测的准确度可以达到非常高了｡

但是,最开始做的时候,其实我们做了一下测试,单纯的模型去做预测分析的时候，会有其他中间疾病的大量干扰。尤其是消化道出血的情况下,会对整个菌群状态有非常大的影响｡

包括腺瘤的阶段，刚才几位也都提到肠癌,肠癌其实是一个菌群变化要早于癌症发生的过程｡但是菌群变化和癌症的阶段是有一些特征性的影响的,那么腺瘤的阶段跟肠癌是有大量的菌群特征是重叠的｡

我们前期由于收集来自于各个来源的病例样本,所以可以大量的去寻找哪一些疾病是和我们要检测的目标疾病存在干扰因素的，我们可以挑选出这些疾病作为一个控制集,那么可以大大的减少假阳性和干扰的因素｡

这也就是另外一个因素,就是我们在构建人群队列的时候,务必不能以一个相对干净的样本集去做｡对于研究来说,它可能是很好的一个方式,你可以做前瞻性来寻找这是否可能以及效果｡但是实际临床过程当中,你需要纳入大量的,可能影响你这个菌群,或者跟这个疾病有相互干扰和影响的相应的疾病来作为控制集,才能够提高它的可靠性和准确度｡

图解

这个图是我们自己有完整的临床病例,我们跟大量的医院和研究所在合作,我们自己构建了大量的人群队列规模,全部都是住院病人,有明确的临床的诊断和所有的病例信息,这个样本规模差不多有4.7万例。

图的左侧是各种疾病的类型,我们也通过各种疾病和菌群的模型构建，分析了七大类系统,包括呼吸系统,泌尿系统,免疫系统,内分泌系统,神经系统和消化系统,还有循环系统,跟肠道菌群能够有相对可靠的临床应用和检测，用于临床疾病的辅助诊断的可能性的。

右边这里是一个疾病的构成,其中有很多病跟菌群的关系目前甚至都没有发表过论文,就是说并不知道肠道菌群跟它有关｡我们实际通过大规模的临床样本的实际筛查和模型构建之后,发现有很多病,通过肠道菌群可以做到非常精准｡

另外一个问题就是，我们对于一个病的预测也好,或者进行辅助诊断也好,基于肠道菌群

需要多大样本的量才能够做到足够的准确度

来看一个我们自己做的一个模型,是拿实际真实临床样本的数据来做的

图解

这个图实际上是拿二型糖尿病的患者的诊断来做的，可以看到不同的曲线丰度。

我们自己做了从50例、300例、1000例到3000例,这些都是病人的样本量,对照集的样本量一般会在两到三倍的量来进行构建模型。

从我们自己的这个模型数据来看,50例的样本,你可以有效地判断菌群到底能否对这个疾病进行一个相对较好的评估；那么如果是300例,你基本上可以拿到一个相对可用的模型，进行初步评估。

如果是要达到一个相对稳定的有临床应用价值的模型,我们认为差不多要1000例｡因为你要纳入各种来自于不同临床疾病状态的样本,因为可能这个患者虽然有这个病,但是他同时还会有其他的疾病,包括不同的年龄和饮食习惯的这些背景因素要做控制,至少要1000例｡

如果想要得到稳定可靠的检测结果,而且因为不是所有的病，菌群都是在其中起到绝对性的作用,有些是属于间接的,那么你希望菌群本身的检测,它需要有一个贡献度的上限，也就是说,菌群本身与这个疾病的参与度和关联性的上限｡那么要达到这个上限,我们认为差不多要3000例的临床的阳性样本,就是病例患者的样本,可以达到上限的结果｡

再下来,就是我们需要构建可靠的模型。

因为菌群是一个相对数据源,你的各种生活方式,疾病状态,营养健康的情况都会影响它｡可能这个菌既在肠癌当中属于特征菌,同时也是一个炎症性疾病的特征菌,那么这些状态都会影响同一个菌的结果｡

如何将这个菌的结果的变化反馈到去解释它到底是哪一个病的问题呢？

我们通过数据标准化和多维度的提升来构建一个判断的模型｡

我们用人工智能和深度学习的方法,通过足够大的样本数据,来提取各种各样的菌群特征,并不直接用菌群自身的信息,而是用高维度自主学习的方式来提取这些菌群特征｡

然后纳入各种各样数据,

比如有营养学的数据,有质谱的数据,

也有一些病理的数据,包括一些生理生化的数据，

都纳入之后,我们去解析它｡

而且我们并不是用一个模型来做,我们现在是用三个模型来做。

我们第一轮是将所有的可能的干扰性疾病和有影响的疾病,全部作为一个病的类型,来进行模型的分析,筛出所有可能有问题的人｡

然后第二轮我们需要精准化的去提取,到底哪些病是明确就是单一这种疾病的。

第三个模型,就是我们要对目标疾病与其他干扰的疾病进行区分｡

通过多个模型之后,我们可以极大地提高菌群检测的稳定性,以及这个疾病当中的特异性程度｡

图解

这个图是我们自己在做的一些疾病的检测结果。从目前来看,很多疾病的稳定性和效果都相当不错,这里每一个病至少都有将近500例病人的样本数据,来去做一个验证｡每一个疾病的类型,我们差不多都有两到三个中心的检测结果数据去汇总。

通过多维度之后,我们就可以探寻不同的菌群变化背后,它可能真实驱动的因素｡

我们还加入了营养的部分,这些营养其实我们是通过营养调查和一些质谱的数据,然后通过机器学习的方式来去把它解析出来｡

我们也加入了像血常规,尿常规,生化,免疫组化,代谢组产物指标,肿瘤标志物,还有激素水平｡我们将这些数据纳入之后,通过构建模型,可以将菌群的结果转换为这些生理生化相应的指标。也就是说,你如果只给我菌群的数据,我可以将这些生理生化的相应指标也能够给你体现出来｡

甚至还有包括艾滋病的特征的,以及另外一些其它疾病,这里没有列出来,但是效果也是相当不错｡

但是你可以看到,它的解释并不是指这个菌群直接的特征变化。我们通过菌群解析,像艾滋病,我们有免疫组化的数据解读了之后,我可以明确告诉你,CD4和CD8的比值会有特征性的差异｡但它本身的菌群特征上并没有直接体现出这个东西,是通过生理生化指标的转换之后,我就可以告诉你,菌群特征的变化在具体哪些生理生化方面产生一些影响｡

这个是我们现在提供给包括临床和健康检测的一些基本的内容。

可以提供菌群的总体状况,以及致病菌的情况,益生菌的情况｡因为本身测的就是菌群,所以它直接就能提供这些最基本的一些信息。当然正常范围都是我们基于将近上万人的健康人群来做的正常范围的评估｡

这个是除了来自文献之外,我们自己通过算法提取到的相关的菌，每一种菌在这个疾病内的相关性情况,以及它在正常人群的基本的正常范围是多少｡然后我们通过检测这个是否异常,在临床当中给医生来做快速判断的一个内容和信息｡

再有一个我们现在给一个疾病的辅助诊断,这些部分它可以相对有效的提供整个维度的不只是一个专科的信息，可以给到包括我们前面讲到七个系统的相关疾病的一个提示｡

这些提示可以帮助我们来做一些专科性的疾病辅助诊断,能排除一些其他科室可能漏掉的一些疾病症状。另外包括消化道症状的解读,我们也会有一个菌群异常的评估提示｡

包括营养的部分,我们也单独加入营养摄入水平,维生素摄入水平,氨基酸摄入水平。

这个值目前来说我们是基于人群分布数据，就是说我们通过菌群来预测模型构建之后,评估出人群基础的水平,然后再基于人群的营养调查的水平,我们做拟合。现在来看,准确度还是相当的高｡

那另外也包括微量元素,现在重金属的部分我们已经完成了,也很快会加入包括饮食特点、盐摄入、精制糖摄入对应的信息,还有短链脂肪酸的这些指标｡

另外这里还有包括有心脑血管、神经系统的疾病的风险评估,包括过敏的一些问题。

过敏的话现在我们也在开展一个比较大的多中心的项目｡关于过敏Broad Institute(博德研究所)去年还是今年有一篇文章,他们做的是一个大的欧洲的队列｡

也就是通过菌群的数据,从刚出生开始持续采集,差不多到六岁,然后再去评估过敏以及过敏原。目前他那个数据我们做过测试，完全基于菌群的数据,对于过敏包括过敏体质的评估,我们差不多现在能到0.78左右｡那如果你是做特异性的过敏原的检测的话,我们甚至也能够进行过敏源的评估,完全基于菌群数据｡

所以我们自己的大量的数据检测完了之后,会发现,通过菌群数据本身,不止是能够告诉你菌群的结果,甚至能够反映非常非常多原来你意想不到的,需要用其他手段来进行检测的结果｡

另外,我们现在的检测全部是基于16S,16S大家知道它本身的精细度可能还是有缺陷,就是它并不能到菌株；另外它只测细菌的部分,你的病毒和真菌是没有的｡

但是我们这里可以看到有一项检测是病毒性腹泻,就是说我测的是肠道菌群,但是我们能够发现,这个病毒的感染,也会对整个肠道菌群产生一个巨大的影响｡

所以我们通过整个菌群结构的特征变化,能够只检测细菌,也仍然能够发现病毒性的这种变化｡

最后我说一下挑战。

第一个挑战，到目前为止我们做了这么多的数据和这么多样本量之后,竟然发现要真正去完整的解析整个菌群的特征,我们需要更大规模和全面多维度的数据集｡不只是菌群检测本身的或者疾病的信息,我们需要纳入比如代谢组,以及其他的一些数据的情况,来构建更完整的数据集｡

第二,我们发现不同的疾病,它的诊疗需求和特点是不一样的。虽然信息很多,但如何去跟临床辅助诊疗特定的疾病去做对接和结合是很重要的一点｡

第三,我们现在的肠道菌群干预的手段其实也蛮多的,但是这些干预手段呢,现在缺乏量化,就是如何去评估每个人的干预手段,包括饮食的习惯，益生菌的菌株的水平的评估,益生元的效应,甚至粪菌移植的配体｡这些量化的方面需要有大量的工作去做。

以上是我们这么多年做的实际临床大量样本的菌群检测的一些经验,跟大家分享一下,谢谢｡

深度解读 | 肠道菌群和中枢神经系统的关系

原创：  谷禾健康

说话晚、读书读不进、每天不开心不全是我们的错，还可能是肠道菌群有问题。肠道菌群不仅影响消化吸收，还影响神经系统。近年来，科学家们研究发现，肠道细菌可能在神经发育，焦虑和抑郁症的诱发过程中，甚至很多中枢神经系统疾病中，都起着重要的作用。

菌群与神经障碍和发育

肠道菌群究竟是什么

首先，我们了解下肠道菌群。
肠道菌群包含居住在胃肠道中的大约100万亿微生物的集体基因组，我们肠道细菌的基因库包含比人类基因组多150倍的独特基因。

在人体定植的许多微生物群落中，肠道菌群正在成为影响宿主健康状况的主要参与者。肠道菌群的组成是在宿主发育早期建立的，并且可以在一生中经历无数的变化。越来越多的证据表明，肠道微生物组与中枢神经系统（CNS）相通 。

肠道菌群和我们的发育同步
是伴随和影响我们一生的伙伴

  从怀孕时期就影响我们的神经发育

神经发育过程

经研究发现，神经发育的主要过程与母体和新生儿肠道微生物的变化一致

肠-脑轴参与婴儿早期神经发育与感受

接下来我们看看胃肠道是怎么构成的

胃肠道的构成

胃肠道（GI）长5米，上皮表面积约32平方米。它是身体70-80％免疫细胞的家园，超过1亿个神经元，以及多达100,000个外在神经末梢。

微生物组包含多达40万亿个细胞和至少数百种不同的物种。胃肠道的一个重要功能是感知和响应外部线索。

胃肠道由不同的横截面隔室组成。外在的，交感神经和副交感神经纤维通过肠系膜进入胃肠道并且可以延伸遍及肠组织的所有层。各种免疫细胞驻留在肌层，但在固有层中也非常丰富，特别是在Peyer氏斑块和淋巴滤泡中。

这些免疫细胞也与神经元和神经胶质细胞紧密相连。这里显示的上皮由5种不同的细胞类型组成，包括吸收肠上皮细胞，肠内分泌细胞，杯状细胞，潘氏细胞，微细胞。

胃肠道（GI）对于营养物质的吸收，粘膜和全身免疫反应的诱导以及健康的肠道微生物群的维持是必不可少的。

你会发现不只是消化的细胞

还有大量的神经元和免疫细胞

以及海量的肠道菌群

为什么有句话说

“肠胃不好顺带着心情和脑子也不好了”？

肠道又是如何联系到大脑

从而影响神经系统的呢？

经过大量的研究，我们逐步揭开了肠道菌群与大脑之间的联系。

肠-脑轴

人体肠道微生物组以多种方式影响人类大脑健康：

（1）结构性细菌成分如脂多糖为先天免疫系统提供低级强直性刺激。由细菌生态失调，小肠细菌过度生长或肠渗透性增加引起的过度刺激可能产生全身和/或中枢神经系统炎症。

（2）细菌蛋白质可能与人类抗原交叉反应，刺激适应性免疫系统的功能失调反应。

（3）细菌酶可产生神经毒性代谢物，如D-乳酸和氨，甚至有益的代谢物如短链脂肪酸也可能发挥神经毒性。

（4）肠道微生物可以与人类产生相同的激素和神经递质。这些激素的细菌受体影响微生物的生长和毒力。

（5）肠道细菌直接刺激肠神经系统的传入神经元，通过迷走神经向大脑发送信号。通过这些不同的机制，肠道微生物塑造了睡眠和下丘脑 – 垂体 – 肾上腺轴的应激反应的结构。它们影响记忆，情绪和认知，并且在临床和治疗上与一系列疾病相关，包括酗酒，慢性疲劳综合症，纤维肌痛和不安腿综合征。

在健康和疾病的背景下，多个途径引导微生物组 – 肠 – 脑轴的向下和向上方向。

（A）向下，CNS通过影响营养的可用性饱食信号肽，影响肠功能和神经通路的内分泌物来控制肠道微生物组成。

皮质醇的HPA轴释放调节肠道运动和完整性。

免疫途径（细胞，细胞因子和sIgAs）可以开启，用以响应肠道功能的改变。内分泌和神经通路还可以调节来自特化肠上皮细胞的分泌，包括潘氏细胞，肠内分泌细胞和杯状细胞。它们的分泌产物影响菌群的存活和居住环境。

（B）向上，肠道微生物组通过神经（通过微生物组直接激活神经元），内分泌（例如5-羟色胺的肠内分泌细胞释放），代谢（神经活性分子的菌群合成）和免疫（CNS浸润免疫细胞和全身炎症）途径来控制CNS活动。

菌群在健康状态（神经发育）和疾病（一系列神经免疫和神经精神疾病）状态影响CNS。肠腔菌群，其产物由APC取样，附着上皮的SFB(肠内节丝状菌)介导外周免疫培养。

肠道微生物组成，菌群内的特定菌株，益生菌处理，菌群衍生产物和其他因素构成微生物组研究的范围。

由肠道微生物及其产物

直接或间接驱动的基本发育过程

细分来看，肠神经系统（ENS）就是肠道的大脑，同时还是联系着肠道外部（微生物群，代谢物和营养物）和内部（免疫细胞和基质细胞）微环境。

肠神经系统

胃肠生理学的关键方面由肠神经系统（ENS）控制。ENS由神经元和神经胶质细胞组成。

肠神经元位于粘膜下或肌间神经丛中。两个丛都位于两个肌肉层之间。副交感神经纤维释放乙酰胆碱，交感神经释放去甲肾上腺素。这些外在神经纤维可以支配肠神经元，但也与平滑肌，固有层和上皮细胞相关。肠神经元可以相互支配或延伸到固有层，特定的肠道真菌（IFAN）可以突触到交感神经节。

肠神经胶质细胞产生和释放神经营养因子，与肠神经元结合，并延伸到整个粘膜。左列和中间列用颜色编码，分别代表产生特定条件的细胞和分子以及从这些特定条件产生的结果。

肠神经元与胶质细胞的连接

此外肠道菌群还通过释放不同物质和干预免疫系统最终影响血脑屏障和中枢神经系统（CNS）产生联系。

肠道用于收集营养和能量，防止有害的毒素和病原体，并清除废物，它是一个高度动态的环境，受到蠕动活动的周期性波动的影响。这些功能主要受两个肠神经系统（ENS）和驻留在肠道内的亿万共生细菌调节和控制。斑马鱼研究实验表明ENS调节肠道微生物群落成员身份以维持肠道健康。通过施用代表性抗炎细菌菌株或恢复ENS功能来预防ENS突变体中的炎症。

肠-脑之间通讯途径

肠道微生物群与大脑之间可能存在五种通信途径，包括肠道神经网络，神经内分泌 – HPA轴，肠道免疫系统，肠道菌群合成的一些神经递质和神经调节因子，以及包括肠粘膜屏障和血脑屏障在内的屏障。在这个通信网络中，大脑影响肠道运动，感知和分泌功能，来自肠道的内脏信号也影响大脑功能。

肠道微生物群与脑之间可能存在的五种通讯途径

神经递质和代谢产物

很多肠道菌群能代谢产生大量神经递质及其类似物，此外肠道菌群的部分代谢物质也会通过免疫系统影响神经系统。

连接菌群和大脑的

还离不开一个重要通道

——血脑屏障

血脑屏障越来越多的证据表明，菌群与中枢神经系统（CNS）相互作用，并可以调节其许多功能。这种相互作用的一种机制是在血脑屏障（BBB）的水平上。

细菌可以直接将因子释放到体循环中或可以转移到血液中。一旦进入血液，微生物组及其因子可以改变外周免疫细胞，促进与BBB的相互作用，并最终与神经血管单元的其他元素相互作用。

在菌群影响下从外围部位释放的细菌及其因子或细胞因子和其他免疫活性物质可穿过BBB，改变BBB完整性，改变BBB转运率，或诱导屏障细胞释放神经免疫物质。

由菌群代谢产物，例如短链脂肪酸，可穿过BBB以影响脑功能。通过这些和其他机制，微生物组-BBB相互作用可以影响疾病的进程。

Logsdon et al, Experimental Biology and Medicine, 2018
图中1层
菌群与全身免疫细胞相通，可影响血脑屏障（BBB）和CNS功能。肠腔不断暴露于来自外部环境的细菌。肠上皮屏障的破坏可允许肠道菌群不受调节的移动进入固有层。

图中2层
细菌可以渗透GALT(肠道相关的淋巴组织)和血腔，它们与各种免疫细胞相互作用，包括T细胞。

图中3层
某些细菌可以刺激效应型T细胞分化。调节性T细胞测量在GALT，血液和脑脊液中局部菌群的变化可促进T细胞脑浸润。

图中4层
循环细菌可以上调炎性细胞因子水平，影响BBB完整性并促进神经炎症。LPS（脂多糖）由细菌因子产生，并且可以作用于内皮TLR（Toll样受体）以促进神经炎症和CNS疾病。

图中5层
细菌代谢物可以上调紧密连接蛋白并改善BBB完整性。

图中6层
代谢物也可穿过BBB以影响神经胶质细胞和神经炎症。微生物组对周细胞的作用仍不清楚。

那么肠道菌群如果发生变化，

会带来哪些神经系统疾病和问题呢？

神经系统疾病的相关菌

目前已经发现一些与神经系统疾病（包括多发性硬化症，自闭症，帕金森病等）研究相关的菌。研究发现，这些疾病患者的某些菌群的数量明显发生变化，具体如下表：

菌群干预或异常会导致的问题

目前有越来越多的证据表明，肠道微生物群在指导和促进大脑发育过程中发挥着重要作用，对健康具有长期的影响。

菌群和菌群产物的扰动

会影响小鼠模型和人类的行为结果

产前效果

产后效果

菌群如何影响中枢神经系统疾病

免疫介导的CNS疾病

多发性硬化症

多发性硬化症（MS）是由针对中枢神经组织的自身反应性免疫攻击介导的慢性CNS脱髓鞘疾病。这是通过研究患者和使用称为实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的MS动物模型来实现的。

如在一系列研究中观察到的，用单一细菌或细菌混合物口服治疗可调节EAE。益生菌动物双歧杆菌减少了大鼠EAE模型中症状的持续时间。

乳酸杆菌（包括LcS），单独施用或与其他双歧杆菌属菌株组合施用，倾向于通过相互调节促炎细胞因子和抗炎细胞因子反应来缓解小鼠EAE症状。

脆弱拟杆菌和乳酸片球菌（菌株R037）的益生菌治疗也显着降低了小鼠对EAE的易感性。

视神经脊髓炎

视神经脊髓炎（NMO），是一种CNS自身免疫疾病，其特征在于视神经和脊髓的免疫介导的脱髓鞘。

研究发现水通道蛋白血清阳性的NMO和NMO谱系疾病患者血清对胃肠道的抗原（最常见的饮食蛋白）抗体水平高于健康对照组，暗示NMO患者微生物群组成和免疫状态的改变。

格林 – 巴利综合征

格林 – 巴利综合征（GBS）是一种周围神经系统的自身免疫性疾病。

空肠弯曲杆菌在家禽中发现的肠道共生物种是由食物污染引起的人类肠炎的主要原因。研究表明弯曲杆菌肠炎患者的GBS风险高。

此外，弯曲杆菌与几种GBS的病理形式有关。不同的弯曲杆菌菌株以及宿主因子在GBS发育过程中形成自身反应性免疫反应中起重要作用。

因此，空肠弯曲杆菌代表了一种介导神经自身免疫的肠道相关病原体。

其他免疫介导的疾病

脑膜炎是CNS保护膜的炎症。病毒或细菌感染可能导致脑膜炎。据报道，成年肠道共生大肠杆菌 K1能够通过母体转移给新生儿引起脑膜炎。

慢性疲劳综合征（CFS），也称为肌痛性脑脊髓炎（ME），目前尚不清楚病因。据推测，共生细菌的转运升高可能是某些CFS患者疾病活动的原因。

非免疫介导的CNS疾病

自闭症

自闭症谱系障碍（ASD）是一系列发育性神经行为障碍，其特征是社交互动和沟通受损。新出现的数据表明肠道微生物组与ASD之间存在联系，可能是直接因果关系，也可能是间接的非典型摄食和营养模式的结果。

肠道微生物群的破坏可能促进产生神经毒素的细菌的过度定殖，从而导致自闭症症状。据报道，在自闭症儿童的粪便样本中存在的梭菌属下的物种数量更多，Bacteroidetes和Firmicutes门的不平衡也表现在自闭症儿童身上。

此外，其他肠道共生物的水平改变，包括双歧杆菌，乳酸杆菌，Sutterella，普氏菌和Ruminococcus属以及Alcaligenaceae家族，与自闭症相关。

肠道微生物组介导的新陈代谢也会影响自闭症。

抑郁症

抑郁症是由神经精神障碍或免疫失调导致的情绪障碍的主要形式。益生菌治疗已经显示出抑制动物抑郁症模型的功效。乳杆菌属下的物种特别表征为抗抑郁剂，包含鼠李糖乳杆菌和瑞士乳杆菌菌株的益生菌混合物通过使皮质酮水平正常化来改善母体分离诱导的抑郁。

类似地，鼠李糖乳杆菌菌株JB-1通过以迷走神经依赖性方式调节皮质酮和GABA受体来减少抑郁相关行为。

双歧杆菌的种类也是有效的抗抑郁药。

如大鼠强迫游泳试验（FST）和母体分离模型所示，Bifidobacterium infantis减轻了抑郁症。涉及的机制包括促炎细胞因子的减弱，色氨酸代谢的调节和CNS神经递质。

此外，含有高水平多不饱和脂肪酸（PUFA）n-3的饮食配方通过与瑞士乳杆菌和长双歧杆菌相似的机制减弱大鼠MI后抑郁症。

焦虑和压力

焦虑和压力是具有神经，内分泌和免疫学基础的情绪障碍的常见形式。暴露于诸如化学，生物或环境刺激的压力因素可引发压力和焦虑反应，其涉及激活HPA轴（下丘脑-垂体-肾上腺轴）。如前所述，焦虑和压力的共病已经在剧烈和轻微的肠功能障碍类型中被感知，强调了肠 – 脑信号如神经递质和免疫因子的作用。

与具有正常肠道微生物群的SPF小鼠相比，GF小鼠显示出增加的运动活性和减少的焦虑。这种行为表型与GF小鼠的CNS中更高水平的神经递质和降低的突触长期增强相关。

后来的研究证实了GF条件下焦虑样行为的减少，这可以通过其他神经化学变化来解释，例如神经递质受体减少和色氨酸代谢增加。因此推测肠道微生物组调节HPA轴的设定点。

有益的益生菌可以改善焦虑。乳杆菌属和双歧杆菌属的特定种类具有抗焦虑作用。用长双歧杆菌，婴儿双歧杆菌，瑞氏乳杆菌或鼠李糖乳杆菌的某些菌株进行益生菌处理单独或联合使用，在动物焦虑模型中归一化行为表型。

Lactobacillus farciminis还抑制了应激诱导的肠道泄漏并减弱了HPA轴应激反应。

由瑞士乳杆菌和长双歧杆菌组成的益生菌制剂显示出在大鼠中的抗焦虑样活性和对健康人受试者的有益心理作用。

痛

通过益生菌调节微生物组可以减轻由对刺激的外周神经反应和对CNS的信号转导引起的伤害性疼痛。在乳杆菌属的种中可见抗伤害感受作用。

罗伊氏乳杆菌还减轻正常大鼠CRD诱导的内脏疼痛。

L. paracasei使抗生素扰动小鼠的CRD内脏超敏反应正常化。

嗜酸乳杆菌通过诱导阿片样物质和大麻素受体在肠道疼痛中产生镇痛作用。

此外，两项研究支持IBS背景下特定婴儿双歧杆菌菌株的抗伤害感受作用。

其他神经精神症状

微生物组与其他神经精神疾病有关，其中经常发生基于免疫和非免疫的病因的混合物。GF动物表现出缺陷的记忆和认知能力。用小鼠菌群重新定殖GF小鼠可以增强或减少探索行为。海马脑源性神经营养因子水平与探索行为正相关。

益生菌能够改善感染引起的记忆功能障碍和糖尿病引起的认知缺陷。肠道微生物组的膳食改变也调节了小鼠的认知和学习行为。

总而言之，肠道菌群的研究对于CNS疾病相关的诊断，预后和治疗都有很大的意义。

主要参考文献

Sharon G et al. (2017) The Central NervousSystem and the Gut Microbiome. Cell. 167: 915–932.

Cong et al. (2016) Early life experience and gut microbiome: the Brain-Gut-Microbiota signaling system. Adv Neonatal Care. 15(5): 314–323.

Rolig et al. (2017). The enteric nervous system promotes intestinal health by constraining microbiota composition. PLoS Biol. 15(2): e2000689. 

Logsdon AF et al. (2018) Gut reactions: How the blood–brain barrier connects the microbiome and the brain. Exp Biol Med. 243(2): 159–165.

Wang HX and Wang YP (2016). Gut Microbiota-brain Axis Chin Med J (Engl). 129(19): 2373–2380.

Vighi G et al. (2008) Allergy and the gastrointestinal system. Clin Exp Immunol.153:3–6

Hooper LV et al. (2012) Interactions between the microbiota and the immune system. Science. 336:1268–1273

Mowat AM. (2003) Anatomical basis of tolerance and immunity to intestinal antigens. Nat Rev Immunol. 3:331–341.

Bryan B. Yoo et al. (2018) The Enteric Network: Interactions between the Immune and Nervous Systems of the Gut. Immunity. 46(6): 910–926.

Johansson MEV et al. (2016) Immunological aspects of intestinal mucus and mucins. Nat Rev Immunol. 16:639–649.

Gerbe F et al. (2016) Intestinal epithelial tuft cells initiate type 2 mucosal immunity to helminth parasites. Nature. 529:226–230.

Howitt MR et al. (2016)Tuft cells, taste-chemosensory cells, orchestrate parasite type 2 immunity in the gut. Science. 351:1329–1333.

Shivani Ghaisas et al. (2016) Gut microbiome in health and disease: linking the microbiome-gut-brain axis and environmental factors in the pathogenesis of systemic and neurodegenerative diseases. Pharmacol Ther. 158: 52–62.

Yatsunenko T et al. (2012) Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature. 486:222–227.

Dogra S et al. (2015) Dynamics of infant gut microbiota are influenced by delivery mode and gestational duration and are associated with subsequent adiposity. MBio. 6 

Villaran RF et al. (2010) Ulcerative colitis exacerbates lipopolysaccharide-induced damage to the nigral dopaminergic system: potential risk factor in Parkinson’s disease. J Neurochem. 114:1687–1700. 

Wang Y, Kasper LH. (2014) The role of microbiome in central nervous system disorders. Brain Behav Immun. 38: 1–12.

Mayer EA et al. (2017) The gut and its microbiome as related to central nervous system functioning and psychological wellbeing: Introduction to the Special Issue of Psychosomatic Medicine. Psychosom Med. 79(8): 844–846.

Cryan JF et al (2012). Mind-altering microorganisms: the impact of the gut microbiota on brain and behaviour. Nature reviews. Neuroscience. 13:701–712.

Belkaid Y, Naik S. (2013) Compartmentalized and systemic control of tissue immunity by commensals. Nature immunology. 14:646–653. 

Knuesel I et al. (2014) Maternal immune activation and abnormalbrain development across CNS disorders. Nat Rev Neurol. 10:643–660. 

Möhle L et al. (2016) Ly6Chi Monocytes Provide a Link betweenAntibiotic-Induced Changes in Gut Microbiota and Adult HippocampalNeurogenesis. Cell Rep. 15:1945–1956.

Matcovitch-Natan et al. (2016) Microglia development follows astepwise program to regulate brain homeostasis. Science

Desbonnet L. et al. (2015) Gut microbiota depletion from earlyadolescence in mice: Implications for brain and behaviour. Brain Behav Immun. 48:165–173.

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肠道菌群样品送样要求和质控标准

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电泳检测：主带明显，无明显RNA条带。若是可以，请提供质量检测相关数据和图片，如：Nanodrop仪器检测数据或电泳胶图。

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处理方法：重新送样，或者尝试扩增。

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粪便大小适中（黄豆大小），样品管中含有大量保存液/裂解液。

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样品管内液体无明显颜色变化，且无固体存在——视为不合格样品

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常温寄送：含有样品保存液的样品选择常温寄送。

君验精准健康检测报告更新日志

20251120

将以下菌列入病原菌列表，单独显示

解齿放线菌 Actinomyces odontolyticus
摩氏摩根氏菌 Morganella morganii
无乳链球菌 Streptococcus agalactiae
粘质沙雷菌 Serratia marcescens
索氏志贺氏菌 Shigella sonnei
化脓链球菌 Streptococcus pyogenes
解脲脲原体 Ureaplasma urealyticum
肺炎支原体 Mycoplasma pneumoniae
共生梭菌 Clostridium symbiosum

20250825

疾病模型有较大更新 ， 胃 病 、 胆 病 、 肝 病 、 甲 状 腺 疾 病 、 I I 型 糖 尿 病 、 肺 部 疾病，大幅增加了临床病例样本数量，改善了检出率，部分疾病的假阳性也大幅改善了。

20250419

宏基因组报告采用新的版式

20240823检测报告

增加了【核心菌属】这个指标。

增加了【肠道炎症】和【肠道产气】两个指标

20240312

更新新增加了包括肠道屏障、菌群代谢物以及神经递质在内的19个指标。

20231116

对菌群多样性，菌群平衡，有益菌有害菌评估指标的分值评估标准进行了更新，以便更好地指导和区分状态

V20181010

修正苹果手机使用微信浏览器查看提示信息无法点开的问题

开始启用v3.3疾病预测模型，疾病之间干扰会更加少

修正认知障碍风险提示总览与详情部分分值不一致问题

V20180913
修正疾病总分计算中对于年龄的识别错误，原来部分低年龄段样本由于年龄识别判断bug会因为不符合年龄段的疾病风险导致疾病分值偏低。
修正后部分样本的疾病分值会提高，相应的健康总分也会更新。请以修正后的分值为准。

V20180808:
打印版增加个体食物推荐列表
雌激素水平评估修正完善

v20180801:
在线版更新
修正说明？点击不消失问题
修正侧边菜单栏窗口尺寸变化异常问题
加强报告主菜单栏阴影，便于快速识别
修正儿童总分计算偏低问题

修正管理版后台不同报告版本跳转问题，正确识别菌群版

v20180725：

打印版更新

修正建议文字清晰度

修正指标范围清晰度

在线版更新

增加40岁以上绝经女性非卵巢雌激素水平评估指标

更新健康人群队列数量，增加0~7岁健康儿童参照人群数量

v20180718：

更新在线绑定页面，减少问题填写

v20180714：

打印版更新

重新设计版式，全面更新以页面模式展示

增加厚壁菌、拟杆菌比例

增加香浓指数和菌种数量

更新疾病风险分值分布图，以实际验证人群检验模型和风险分值分布

在线版更新

以分栏式页面展示不同内容

新增分项健康评估分值

使用v20180710疾病模型，大幅增加结直肠癌、肝病等人群数量，部分疾病检出率大幅上升，总体分值相对统一

v20180615：

在线版更新

增加菌群详情部分，在页面中给出具体门、纲、目、科、属、种对应注释具体菌及丰度

修正部分文案错误

去除血清素缺乏建议中的药物建议

v20180610：

在线版更新

重新增加抗生素抗性中beta-内酰胺类药物的抗生素抗性风险评估

v20180510：

在线版更新

胃病调整，增加检测模型敏感度，增加胃癌样本

新增菌群检测版本，仅提供菌群信息

v20180420：

疾病模型更新，部分疾病使用深度神经网络模型，使用7万例样本进行基础网络构建。迁移学习提升少样本疾病预测可靠性。

v20180310：

在线版更新

增加个体化食物推荐

增加自闭症疾病风险评估

v20180114：

菌群注释大幅增加人体致病病原菌增加至340种，并全部注释到种，已去除25种分辨精度不足的菌

v20171210：

增加菌群详情，提供完整的菌群构成丰度和菌注释

v20171116：

更新疾病预测模型，提高疾病检出率，增加疾病风险预防提示，将潜在风险人群分值提升至0.3~0.5区段

v20170730：

更新疾病预测模型，使用新的机器学习方法，减少疾病之间相互干扰

v20170503：

暂时下线肥胖、慢性疲劳综合征以及季节性过敏和骨质疏松，因样本数量尚不足以使模型获得稳定预测，转入alpha测试阶段

调整肝病风险，精细化预测乙肝、肝功能异常、肝癌

增加营养部分，加入各种氨基酸、加入维生素A、B族维生素、D

v20170415：

君验专业版上线

完整提供菌群构成、疾病风险和营养构成三大模块

在线版更新

重新排版并增加说明和背景知识

增加疾病风险评估的准确度及人群分布图

v20161013：

增加血清素代谢及睡眠质量

增加人群分布，扩增为2.4万人

v20160715：

疾病增加胃病、肾病、肝病、胆病、心脑血管疾病、抑郁症、老年痴呆

v20160322：

增加疾病风险评估

首批疾病包括：IBS、IBD、结直肠癌、II型糖尿病以及自体免疫疾病

肥胖、慢性疲劳综合征以及季节性过敏

另外初步测试骨质疏松

v20151005：

增加代谢和6种营养成分分析内容

增加抗生素抗性评估内容

v20150712：

首个正式在线评估版上线

提供菌群多样性及菌群失调

健康人群分布

具体菌群情况

v20150510：

首批1万例临床病理样本检测完毕，疾病模型及人群菌群分布初步构建完成。