技术

菌群16s测序

谷禾菌群测序是通过对细菌的16S V4可变区域及部分病毒、真菌和寄生虫以及毒力和耐药基因进行靶向扩增测序，来对肠道菌群的种属和基因丰度进行检测。

肠道菌群DNA/RNA样本使用辅助自动化移液工作站自动提取和分液后进行PCR扩增。

再经过凝胶电泳和荧光定量PCR双重质检，最终进入上机基因测序。

严格的质量和扩增管控：

• 高保真酶
• 扩增循环数控制在24循环
• 严格空白对照与阳性对照试验
• 独立barcode控制数据切分

我们的测序平台使用二代高通量测序平台。

以下是谷禾测序检测的数据参数：

检测技术及方法：

自主粪便肠道菌群取样和提取方法

高通量测序

Q30质量大于93%

平均10万reads，最低5万reads

细菌16SDNA，V4区，引物：F515-R806

70%到种，致病菌95%特异性

最低质检标准1万reads

谷禾肠道菌群取样储存盒

肠道菌群是由活菌构成的生态群体，如果储存和运输不当菌群结构就会发生变化，进而导致菌群测序不准确。

因此便捷可靠的取样和存储是肠道菌群检测的第一步。

谷禾经过多年肠道菌群检测实践和研发，开发出适用于肠道菌群取样和常温储存的取样管，可以采集并稳定DNA，用于定量肠道菌群组成分析。

下图是取样装置：

整个取样盒包括：棉签、取样管（内含裂解液和稳定液）、回寄袋

每个取样管上均有唯一条码。

主要特征

1. 在家中轻松自行采样高质量样品
2. 起始样品需要量低至0.01g，快速且稳定
3. 常温下运输和储存稳定的DNA 7天 – 不需要冷链
4. 标准样品适合手动或高通量自动处理
5. 获得适用于16S ，宏基因组和qPCR等的高质量DNA
6. 条形码化全样本可追溯性

谷禾取样管的独特特点使得取样变的异常简便，下面是取样演示：

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仅需使用棉签从厕纸上沾取粪便，然后洗脱到取样管的保存液中即可，使保存液可见粪便颜色即表示取样量足够。

取样储存管性能

1. 适用于-20°C至65°C下保持DNA完整性
2. 与新鲜样本一致的菌群构成特征
3. 低成本

下面来看一下取样管在不同条件下的保存效果，我们使用凝胶电泳来检测不同保存处理条件下提取菌群DNA的状态：

可以看到，使用谷禾保存管的DNA样品即便在存储至60天仍然没有出现明显的DNA降解情况。

独有专利肠道菌群DNA提取方法

配合谷禾肠道菌群取样保存管，适用于提取极低当量菌群DNA。

具备以下特点：

• 磁珠法-适用于自动化高通量提取
• 起始量限制低
• 与MoBio试剂盒一致性高

下图可以看到我们使用谷禾提取方法与MoBio试剂盒比较以及重复提取的菌群相关性。另外同时比较了使用谷禾取样管保存不同天数后的提取菌群结果。