千亿赛道：微生物组的黄金时代

谷禾健康

微生物市场

当今全球生物医药投资领域，资本的嗅觉正在追逐下一个能够颠覆行业的风口。微生物组疗法正凭借其在慢病治疗领域的巨大潜力，迅速成为最受瞩目的焦点，它为无数传统药物难以解决的健康难题提供了全新的解决方案。

随之而来的，便是对其上下游的巨大需求，一个全新的、千亿级的市场正在悄然形成。

最新数据显示，2025年，全球微生物组制造市场规模预计将达到315.9亿美元，并有望在2034年飙升至约1303.7亿美元（约合人民币9200亿元），预测期内（2025-2034年）的复合年增长率高达17.06%。

这预示着一个新兴的生物技术赛道正在从潜力股转变为绩优股。如此强劲的增长势头并非偶然，其背后是由基础研究的资金支持、创新疗法的监管批准、市场需求的激增、生产能力的全球扩张等多重核心因素共同驱动的结果。

本文，我们基于Precedence Research机构最近出的2025年~2034年微生物制造市场规模及预测报告及其他最新资讯，来了解一下这个充满活力的市场。从占据主导地位的益生菌到潜力无限的活生物治疗产品到微生物检测应用，其产业链的各个环节，并探讨人工智能等前沿技术如何赋能这一变革，以及在迈向千亿市场的征途中，行业必须克服的复杂工艺和高昂成本等挑战。旨在为广大投资者、科研人员和相关产业从业者提供一个全面的微生物制造市场前景分析。

市场概览：从实验室到产业化的飞跃

微生物组制造市场涵盖了用于人类健康、营养和诊断的活体微生物疗法、益生菌和微生物群落的开发与规模化生产。

其核心是利用先进的发酵技术和生产系统，在严格受控的环境中培养复杂的微生物群落，以确保产品的效力、稳定性和治疗精度。

该领域的成熟度在监管层面得到了印证。美国食品药品监督管理局（FDA）在2022年和2023年相继批准了Rebyota和Vowst这两款用于治疗复发性艰难梭菌感染的微生物组产品。这两项里程碑式的批准，不仅为活体微生物产品的商业化铺平了道路，也确立了其科学和监管路径。与此同时，欧洲药品管理局（EMA）和加拿大卫生部等机构也纷纷出台支持性框架，标志着全球正在协同推动微生物组产品的应用。

市场核心驱动力、制约与机遇

■ 驱动力：慢病高发与个性化需求催生巨大市场

慢病和生活方式相关疾病的日益流行，是推动微生物组制造市场增长的核心引擎。胃肠道疾病、代谢综合征、自身免疫性疾病和肥胖等问题，为基于微生物组的疗法创造了巨大的应用场景。医疗保健正从“对症下药”转向“调节失衡”，即通过靶向调节微生物群来从根源上解决问题。

根据世界卫生组织（WHO）2024年的报告，2022年全球有25亿成年人超重，其中8.9亿人患有肥胖症。此外，美国疾病控制与预防中心（CDC）2024年的数据显示，约有240万~310万美国成年人患有炎症性肠病。这些庞大的患者群体，为微生物组产品的治疗靶点提供了坚实的市场基础。

“微生物组产业有哪些新的市场细分或应用正在打开？

除了肠道健康之外，四个新兴应用领域代表了超越传统肠道健康应用的显著扩张机会，每个领域都针对未满足的临床需求，并拥有不同的监管途径。

• 女性健康应用专注于阴道微生物组疗法，用于治疗细菌性阴道病和预防早产。该市场影响 30%的育龄女性，现有治疗的复发率在30-50%之间。像 Luca Biologics 这样的公司正在开发针对根本原因而非症状的靶向干预措施，瞄准一个价值超过 30 亿美元的潜在市场。
• 口腔健康是一个被忽视的微生物组应用领域，具有巨大的商业潜力。牙周病影响30岁以上的50%的成年人，而口臭影响了数百万人的生活质量。益生菌含片和靶向口腔微生物组疗法通过细菌再平衡而非破坏口腔生态的抗生素方法来解决这些状况。

• 运动表现和恢复应用针对日益增长的运动员和健身市场。特定的细菌菌株通过代谢物产生和免疫调节来增强运动能力、减少炎症和加速恢复。这种专业应用要求高价，并吸引了与职业体育组织的合作。
• 儿科营养和过敏预防是早期干预机会，对长期健康有重大影响。研究表明，微生物组的建立存在关键时期，这些时期会影响一生的疾病风险。针对这些时期的产品解决了家长对孩子接触抗生素和食用加工食品的担忧。

“下一代测序和生物信息学成本快速下降

全基因组测序价格从2020年的每样本1万美元下降到2024年低于1000美元，同时计算成本降低了60%，实现了内部分析和患者分层的大众化。鸟枪法宏基因组学的普及使中型生物技术公司能够快速迭代细菌群落，指导个性化剂量，并为预测宿主-微生物药效的机器学习模型提供数据。这些进步降低了试验成本，提高了微生物组治疗市场临床成功的可能性。

“加速风险投资资金和大型制药公司合作

2024 年风险投资承诺额达到 5 亿美元，同比增长 40%，投资者优先考虑具有多适应症潜力的平台。雀巢健康科学的收购 VOWST™权利凸显了大型制药公司的兴趣，并预示着主流市场的广泛接受。战略联盟经常捆绑临床资产和独家生产名额，反映了稀缺发酵产能的需求。

合作伙伴关系现在强调人工智能驱动的发现和菌株级别的知识产权组合，为微生物组治疗市场在 2030 年之前继续保持交易活动奠定了基础。

同时，消费者对肠道健康的认知不断提升，对根据个人需求量身定制的个性化营养解决方案兴趣浓厚，这进一步推动了市场的扩张。

■ 制约：高昂的制造复杂性构成挑战

尽管前景广阔，但微生物组制造的道路并非一帆风顺。其最大的挑战在于高度的制造复杂性。活体生物治疗产品通常需要培养多种微生物菌株，每一种都需要高度受控的生长条件。发酵过程中的微小偏差都可能导致批次间的差异，增加成品不合格的风险，从而对规模化生产构成挑战。此外，高昂的生产和运营成本也可能对盈利能力产生负面影响，制约着市场的发展。

■ 机遇：研发投入激增，加速制造需求

幸运的是，全球对微生物组研发的投资正在以前所未有的力度增长。数十亿美元的资金正涌入微生物基因组学、合成生物学平台和人体临床试验等领域。科技巨头、制药公司和国际组织纷纷资助专注于新型微生物疗法的生物技术初创公司。

例如，美国国立卫生研究院（NIH）在2024年宣布，其超过25%的微生物组相关资金将用于支持活体生物治疗药物的规模化生产和制造准备。欧盟的“地平线欧洲2024”计划也包含了对微生物组项目的专项资助。这些投资不仅推动了生物加工技术的创新，也为满足严格的监管要求提供了保障。

技术前沿：人工智能如何重塑微生物制造

人工智能（AI）正在为微生物制造领域带来一场革命，它使整个价值链的流程变得更智能、更快速、更可靠。

• 菌株发现：研究人员利用AI工具破译复杂的微生物群落，识别出最具治疗和诊断潜力的菌株。
• 过程优化：AI驱动的平台可以实时控制发酵参数，如调整营养供给和预测产量。这有助于企业在降低浪费和生产成本的同时，保持产品的高度一致性。
• 预测分析：通过机器学习和深度学习模型，AI可以分析海量数据点，预测个体微生物组构成与健康状况（如衰老过程）之间的关联，为个性化产品开发提供依据。

AI的融入，正在显著提升微生物组制造的效率和成功率，为市场的指数级增长注入了强大动力。

相关产业市场细分深度解析

■ 按产品类型：益生菌主导，活体生物疗法潜力巨大

2024年，益生菌细分市场占据了主导地位，市场份额高达40%。这得益于其在胶囊、粉剂、饮料等多种剂型中的稳定配方，以及在消化和免疫支持方面得到证实的健康声明。

合生元和后生元绕过了冷链障碍，使它们能够在缺乏强大物流的地区渗透。微生物群衍生的代谢物虽然处于早期阶段，但由于小分子熟悉和可扩展的化学性质，吸引了制药行业的兴趣。

然而，增长最快的将是活体生物治疗药物（Live Biotherapeutics）领域。随着监管先例的建立，针对特定疾病的临床项目预计将大幅增加，其利用AI菌株筛选和厌氧发酵控制等先进技术，有望提高GMP批次的效力和一致性。

■ 按制造工艺：发酵为王，制剂与包装成新增长点

在制造工艺方面，发酵在2024年贡献了最大的收入份额（50%）。通过在受控的生物反应器中培养高密度菌株，制造商能够确保临床和商业批次的一致性。

展望未来，制剂与包装环节预计将以最快的复合年增长率增长。随着行业对活体产品稳定性、保质期和靶向递送的日益重视，对冻干、微胶囊化和控释基质等技术的投资正在增加。

■ 按终端用户：药企领跑，CDMO服务需求激增

制药与生物技术公司是2024年最大的终端用户，占据了55%的市场份额。这些公司已将微生物组发现纳入其药物管线，并拥有结合宏基因组学分析、菌株工程和转化药理学的专业团队。

与此同时，合同开发生产组织（CDMOs）预计将成为增长最快的细分市场。

注：合同开发生产组织（CDMO）是指那些为制药、生物技术和其他行业提供药物开发和生产服务的公司。它们为客户提供从药物研发到商业化生产的全过程外包服务。

由于微生物制造的复杂性，越来越多的公司选择外包服务。像Lonza这样的大型CDMO正在投资建设专用的微生物生产套件和一次性发酵罐，以满足日益增长的GMP级别外包需求。

■ 按技术平台：厌氧发酵是基石，微流控技术是未来

厌氧发酵平台在2024年占据了约45%的最大收入份额，是生产严格厌氧菌和肠道共生菌的核心技术。而基于微流控的培养技术（Microfluidics-based Culturing）则被视为未来增长最快的领域。该技术能够实现高通量分离、单细胞培养和受控的共培养，极大地加速了发现和早期生产过程，特别是在开发个性化和精准微生物疗法方面展现出巨大潜力。

■ 按应用领域：肿瘤学从概念验证转变为流程优先

复发性艰难梭菌感染在2024年占据38.45%的市场份额，成为微生物组治疗市场的商业立足点。真实世界数据显示，30天再入院率从24%下降到不到8%，增强了医疗系统需求。

肿瘤学代表增长最快的应用领域，以36.33%的复合年增长率发展，因为联合组织与检查点抑制剂协同作用并减轻免疫相关不良反应。

黑色素瘤和结直肠癌的II期临床试验结果已促成多中心试验，制药合作伙伴将微生物组调节视为伴随诊断机会。

除了这些基础应用外，炎症性肠病试验利用特定菌株恢复黏膜稳态，而代谢紊乱项目则通过胆酸信号调节胰岛素敏感性。神经系统应用从肠-脑轴数据中获得支持，帕金森病和自闭症研究正进入I期试验。

区域市场格局：北美引领，亚太崛起

■ 北美：全球市场规模较大

2024年，北美市场以40%的份额主导了全球市场，其市场规模超过107.9亿美元。美国市场尤为突出，预计将从2024年的75.5亿美元增长到2034年的372.2亿美元。这一领先地位得益于哈佛医学院、斯坦福大学等顶级学术中心的转化研究，以及NIH的大量资金支持。

此外，大型CDMO和设备供应商对厌氧发酵套件、无菌灌装生产线等基础设施的投资，也极大地提升了该地区的生产能力。

■ 亚太地区：增长最快的新兴力量

亚太地区预计将成为预测期内增长最快的市场。2024年，该地区各国政府和机构加大了研发投入、提高了监管透明度并扩大了生产能力。

中国的庞大患者群体加速了试验招募，而海南省的博鳌乐城试验区加速了早期准入计划。

日本药品和医疗器械管理局在2024年采用了以美国食品药品监督管理局为中心的定义，促使他们大型企业获得西方平台许可。

跨国赞助商与区域人才发展的战略联盟，也正在加速技术转让和商业推广，使亚太市场成为不容忽视的新兴力量。

欧洲在绝对收入方面落后，但拥有一个复杂的研究基础。德国和英国是制造中心，利用生物工艺专长和研发税收抵免。监管滞后限制了近期的产品推出，但预计到2027年，欧洲药品管理局的协调将释放被压抑的需求。

行业最新动态 (2025年)

2025年1月

Biohm Technologies 宣布将其长寿肠道报告作为其肠道微生物组检测平台的一部分推出。该功能利用人工智能和先进的生物信息学，评估个人肠道微生物组组成如何影响衰老过程。通过分析超过 1000 万个数据点，并识别出与长寿相关的近 100 种关键细菌和真菌类群，该公司开发了一个由机器学习和深度学习技术支持的可预测模型。

2025年2月

肠道微生物组研究领域的新兴公司MicrobioTx推出了一系列新的益生菌，以满足不同的健康需求。在印度微生物组科学家Palok Aich博士的指导下开发的配方旨在满足印度人群独特的微生物组需求。旗舰产品线包括DigesTx、MoodTx、GlucoTx和LeanTx，分别针对消化健康、心理健康、葡萄糖代谢和体重管理。

2025年2月

华大智造（MGI）推出了微生物组代谢编码测序包（MMSP），该包建立在该公司的DNBSEQ-G99和DNBSEQ-E25测序平台上。该新软件包专为全球微生物组研究人员设计，可使用16S/ITS rDNA测序进行全面的群落分析，为微生物分类和功能探索提供了一种高效且经济高效的方法。该技术使科学家能够研究包括人类健康、环境、工业和农业在内的各个领域的微生物多样性、丰度和相互作用。

2025年4月

全球代谢组学领导者Metabolon, Inc.推出了一种先进的微生物组研究解决方案，该解决方案将宏基因组测序与新型微生物组代谢物小组相结合。该集成工具包不仅可以识别微生物种类和遗传潜力，还可以揭示它们的代谢活动和生物活性化合物的产生，从而更深入地了解与诊断、治疗和精准医学相关的宿主-微生物相互作用。

2025年6月

达能北美公司，全球最大的B类认证公司之一，宣布了2024-2025年度肠道微生物组、酸奶和益生菌奖学金计划的获得者。今年，范德比尔特大学的Owen Hale和莱斯大学的Ella Ramamurthy获得了25000美元的研究资助，用于支持旨在深化对酸奶、益生菌和肠道微生物组科学理解的创新项目。

展望未来

随着科学进步与临床应用的突破，微生物治疗市场的竞争格局正在被重塑。如今，行业领导力取决于跨学科的整合能力、高效的战略合作以及对市场的敏锐洞察——唯此方能驾驭挑战，抓住未来机遇。

全球微生物组制造市场正站在一个历史性的拐点。从不断增长的市场规模，到AI等颠覆性技术的应用，再到日益明朗的监管路径，所有迹象都预示着这个千亿级的蓝海市场正从概念加速走向现实。

与制造端并驾齐驱的是精准检测技术的飞跃。从判别菌群失衡，到评估微生物疗法效果，制造与检测的协同发展，将共同构筑起一个从诊断、生产到治疗的完整产业生态，驱动个性化健康管理的实现。

未来，随着科学研究的不断深入和制造技术的持续革新，我们有理由相信，基于微生物组的创新疗法和健康产品将深刻改变慢性病治疗和大众健康的未来图景。对于身处其中的企业、研究者和投资者而言，这无疑是一个充满挑战与无限机遇的黄金时代。

在微生物组产业的拐点上

告别营销炒作

回归科学实证

创新决定未来

主要参考资料

precedenceresearch. Microbiome Manufacturing Market Driving Innovation in Probiotics and Live Biotherapeutics，Sep 04, 2025

mordorintelligence. Microbiome Therapeutics Market Size & Share Analysis – Growth Trends & Forecasts (2025 – 2030)